肠型分析（Enterotyping）是一种基于微生物组数据的分类方法，用于将人类肠道微生物群落根据其组成和功能分为不同的类型，即“肠型”。这种分类方法首先由Arumugam等人在2011年提出，他们通过分析不同个体的肠道微生物组数据发现，尽管个体之间的微生物组成存在巨大差异，但可以根据主导的细菌属归为几种相对稳定的群落类型。
肠型分析是什么
课程更新内容
1. 肠型划分：
通过无监督聚簇(PAM)进行聚类得到不同的簇,再通过各簇的主导菌种定义他们的肠型
肠型的PCA图
2. 肠型详情：
可以对各肠型的物种组成以及肠型与患病概率做一个初步的判断
各肠型患病概率
各肠型物种组成
3. 肠型多样性分析：
可以对关注的肠型做多样性分析判断他内部的微生物多样性的情况
Alpha多样性
Beta多样性
参考文献
1, Deterministic transition of enterotypes shapes the infant gut microbiome at an early age. Genome Biol 22, 243 (2021). https://doi.org/10.1186/s13059-021-02463-3
2, The impact of gut microbiome enterotypes on ulcerative colitis: identifying key bacterial species and revealing species co-occurrence networks using
machinelearning.GutMicrobes,16(1). https://doi.org/10.1080/19490976.2023.2292254
3, Enterotypes of the human gut microbiome. Nature. 2011 May 12;473(7346):174-80. doi: 10.1038/nature09944.
