转录组时序数据分析课程上架

文摘   科学   2024-06-06 11:33   北京  

时序分析(time series analysis)在生物学中,尤其是在基因表达研究中,是一种重要的分析方法,用于分析随时间变化的数据。在基因表达研究中,时序分析可以帮助研究人员理解基因在特定条件下如何随时间变化而调控,以及它们如何响应生物学刺激或环境变化。

时序分析是什么

时序分析涉及数学和统计技术,用于分析按时间顺序排列的数据点。在基因表达研究中,这通常意味着分析在不同时间点收集的基因表达数据,以识别表达模式、周期性变化、趋势以及外部因素的影响。

课程更新内容

近期,组学大讲堂在《转录组》课程基础上进行了升级和更新,加入了时序分析,新增了以下内容:

1. mfuzz包:

使用流行的mfuzz包,借助cmeans 的软聚类算法,绘制聚类图

基因表达的聚类分析图

2. ClusterGVis包:

使用ClusterGVis包,直接生成发表级别的图片,除了常见的聚类图和热图,还可以直接将两个图结合得到更美观的结果

聚类图

热图

合并图


github地址

Jun Zhang (2022). ClusterGVis: One-step to Cluster and Visualize Gene Expression Matrix. 

https://github.com/junjunlab/ClusterGVis



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https://bdtcd.xetslk.com/s/29EigM



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