从呼吸道系统采集样本有几种方法，每种方法各有利弊。在人上面，诊断肺炎的标准操作是痰培养，但是这需要患者的合作。只有在极少的情况下可以看到动物的痰液，然后进行微生物培养。但是通常认为痰培养对诊断犬肺炎起到的作用很低。
在犬上，通过口腔拭子采集样本也做过评估，一项研究显示分离支气管败血伯氏杆菌的效果有限。虽然口腔拭子已经用于PCR检测，但是检测结果需要结合临床症状和实验室标准的仔细评估。
偶尔会对肺局灶性病变做细针抽吸，但是常常用于怀疑有肿瘤的病例，很少用于怀疑有感染性疾病（如：肺炎）。此外，虽然肺细针抽吸会有更高的诊断率，但是肺部细针抽吸可能与医源性气胸等并发症有关。
气管冲洗用于大多数怀疑有下呼吸道疾病的病例样本采集 ，其操作简单，成本低。气管冲洗采集到的样本可用于气管的细胞学评估以及细菌培养和药敏测试。临床医生通常会寻找细胞学上诊断依据，比如：炎症（中性粒细胞）、感染（变性中性粒细胞伴随细菌吞噬）、过敏（嗜酸性粒细胞）、寄生虫（幼虫）或者罕见的气管肿瘤。气管冲洗样本的细菌培养结果应结合细胞学做判断，因为较大的气道并非是无菌的，单纯的细菌阳性培养结果并不能区分气道定植菌和致病菌。
支气管肺泡灌洗液中存在的衬里细胞类型
| 气管和支气管 | 纤毛柱状上皮细胞、杯状细胞 |
| 细支气管 | 柱状到立方状上皮细胞、有纤毛到无纤毛 |
| 肺泡 | I型肺泡细胞 |
健康犬猫支气管肺泡灌洗样本中非上皮细胞的占比
| 巨噬细胞 | 中性粒细胞 | 嗜酸性粒细胞 | 淋巴细胞 | 肥大细胞 | |
| 犬 | 71% | 5% | 5% | 17% | 2% |
| 猫 | 70% | 6% | 18% | 4% | 1% |
血涂片 —瑞士染色—放大100×
图示退化白细胞伴随胞内细菌吞噬（白色箭头所示)； 细胞外大量杆状菌（黑色箭头所示）
图A 犬过敏性反应支气管肺泡灌洗液—瑞士染色—放大250×
图示大量染色明亮的嗜酸性粒细胞，以及染色不明显的细胞
图B 左侧图A的放大—瑞士染色—放大1000×
图示中央区的嗜中性粒细胞，胞浆呈淡色嗜酸性染色，细胞核多分叶。嗜酸性粒细胞具有明亮染色的嗜酸性颗粒，左侧为无分叶核，推测为球状白细胞，右侧为三叶核，典型的嗜酸性粒细胞
二、方案选择
支气管肺泡灌洗可通过经口腔(TransoralTtacheal =TOTW)和气管壁(Transtrachceal=TTW) 两种方法进行，方法的选择取决于临床医生的偏好和患病动物的特征。TOTW是在短暂麻醉，做气管插管的犬身上进行，而TTW是在患病动物清醒或者轻度镇静的情况下进行（避免麻醉风险），而且样本不会被口腔污染，所以是做微生物培养样本收集的首选方法，适量注入生理盐水，咳嗽反射也是收集样本回收的必要条件。操作方法就是插入一根导管穿过气管进入呼吸道。在这两种操作方法中，都会注入生理盐水以帮助回收气道分泌物。
根据作者的经验，TOTW更适用于小型犬（<10kg）、猫和短头犬，因为通常它们的气管直径较小，颈部较粗，这就使得气管的触诊定位更具有挑战性。虽然TTW在中、大型犬中更受欢迎，但是TOTW在大型犬中也可以进行操作。在非常大的犬中（比如：大丹犬），采用TTW，穿刺针导管的长度可能会限制样本的采集；然而，使用长导管的TOTW是首选方法。
三、采样前、后准备
无菌润滑剂；导管；麻醉药（通常是丙泊酚与低剂量阿片类药物或者和苯二氮卓类药物联合使用）；供氧设备；监护仪（脉搏血氧仪、心电图）；无菌气管插管（选择型号比平时小0.5~1号）；无菌手套和喉镜；三等份无菌生理盐水；红色无菌橡胶导管；无菌采尿杯；EDTA管收集样本用于细胞学检查；细菌培养转运培养基。
（一）进行短暂全身麻醉（一般静脉使用丙泊酚4~8mg/kg）。丙泊酚不仅可以快速恢复，而且对于喉功能的评估也有很大帮助。作者认为可以将阿片类或者苯二氮卓类药物加入到麻醉方案中。（动物麻醉后建议预吸氧）
（二）无菌操作气管插管。如果使用无菌润滑剂，要小心地在导管外壁少量涂抹。作者认为选择比正常所需型号稍小的气管插管更容易操作。（不建议涂抹润滑剂，有潜在干扰细胞学检查和微生物培养的可能。）
经气管壁灌洗
(Transtrachceal=TTW)
局部麻醉剂（利多卡因）；剪刀；外科手术消毒液；穿针导管或者针联合聚丙烯或者红色橡胶导管；三等份无菌生理盐水。
二、操作流程
（一）将犬保定在处置台上，颈部适当伸展（过度伸展会增加口咽污染的机率），触诊环状软骨缘腹侧，会发现一个小的三角形凹陷，这就是环甲韧带和进针点，仔细触诊穿刺点的位置，少量注射1%~2%的利多卡因到皮下（结合轻度镇静更有利于操作），通过无菌操作在进针点皮肤上剪一小切口。大型犬也更容易识别环甲韧带。
（二）使用大规格商用静脉导管针套组，穿刺针呈向下斜角，缓慢进针，穿过皮肤、皮下组织和环甲韧带，进入气管腔内，一旦进入气管腔内，穿刺针将平行于气管。
（三）将导管穿过针进入气管腔并向下推进，直到位于隆突上方（心脏基部，约第四肋间），这时导管会很容易通过气管，如果没有，说明可能导管内嵌入气管壁背侧或者没有进入气管，这时需要拔除针和导管再重复进行操作，穿刺针插入和导管的通过会引起大多数动物咳嗽，将针从皮肤上取出，并固定好，以防止导管意外撕裂。
（四）通常在注入生理盐水之前，动物就开始咳嗽，这时就可以开始抽吸回收样本。注入温和生理盐水（5~10ml），然后抽吸回收样本，重复做三次（抽吸回收要在短时间内进行，长时间进行可能会收集到更多的样本，但是样本污染的概率也会加大，）。轻拍胸腔有助于刺激咳嗽，以提高样本质量。回收的液体只占注入其中的一部分（30%~80%），残留在气管支气管内的液体很快会被吸收，无需担心。操作完毕，拔出导管，轻压穿刺点几分钟或者用自粘绷带适度加压包扎（12~24小时），以防止皮下气肿的发生（发生概率极低）。
操作演示
经气管壁灌洗
(Transtrachceal=TTW)
