生信基地第二课
回想四年前，自学生信倍感痛苦的我由己及人，毅然决然下场开始做生信教程。面对平台现有的流量、致谢我的文章，真的能够感受到自己在为行业做贡献。想了很久的生信基地已经落地，我们也开始积极探索为生信领域做贡献的新方法。现如今，生信教培行业2~3天的生信快餐比比皆是，我们一直希望能够给大家提供系统性、形成性、规范性的生信教学。
这次我们邀请到的主讲老师华哥在我们的生信基地(南京市江宁区，详细地址报名了解)完成12月6~8日为期三天的线下教学，并持续在线上对大家完成后续的一个月(12月8日~1月12日)的系统性训练。
华哥介绍：中山大学博士，师从加州大学终身教授，深耕于单细胞多组学数据分析和机器学习算法研究，发表过多篇CNS子刊，参与过多项国自然重点、国家重大专项、孔雀计划等项目申报，在国内多家著名医院担任国自然标书指导老师，与多位院士团队和国外top实验室合作，指导过多篇CNS文章生信分析。
报名联系方式(线上线下参加均可)：
培训目标
一对一指导、包教包会是我们开培训班五年来一贯的宗旨。我们敢承诺包教会的底气是来自多年的讲课经验和认真负责的态度。课程结束，答疑不结束！
五年来华哥培训班的学员发表Cell、Nature、Science主刊文章7篇，子刊及一区文章累计超过90篇！部分学员成果展示如下：
从19年开始到现在，华哥在生信教育领域深耕五年之久，时间是最好的证明！
培训计划
3.授课方式采用线上线下相结合，同步进行。线上腾讯会议直播课，互动答疑。线下在南京，现场教学更踏实！
第一节：编程基础学习--R语言
1.R和Rstudio的安装、环境配置
2.R语言简单语法及常见命令
3.以Cell文章方法描述学习R包的安装及使用
第二节：编程基础知识---数据结构
1.向量、矩阵、数据框和列表的创建和索引
2.多种数据结构的合并【Cell】
3.自定义Function函数构建
第三节：以Nature文章源代码学习转录组数据表达矩阵处理基本处理
1.重复基因和缺失值的删除
2.不同分组样本的批量归类【Nature】
3.多个样本的表达矩阵合并
第四节：以Cell文章源代码学习生存曲线
1.临床预后信息的批量整理
2.创建生存对象、拟合曲线【Cell】
3.特定基因的筛选构建预后分组
第五节：差异分析 RNAseq数据分析
1.芯片数据上游分析【Cancer Discovery】
2.多个样本的数据归一化处理
3.分组矩阵系统讲解【Nature】
4.Deseq2分析流程【Science】
第六节：以多篇CNS文章源代码学习画图
1.ggplot体系画图包括热图
2.火山图 箱线图 小提琴图【Nature】
3.多分组显著性p值添加方法【Nat Med】
4.三维pca图展示差异特征【Science】
第七节：基因集富集分析
1.over representation
2.GSEA 富集 【Cancer Cell】
3.包括自定义基因集的富集分析
4.富集通路网络图【Nat Genet】
第八节：以Nature文章为例系统讲解单细胞转录组基本分析
1.单细胞在CNS文章思路解析及常见图形解读
2.数据质控、数据放缩、PCA降维、聚类
3.三维tSNE、UMAP可视化【Science】
第九节 ：单细胞转录组拟时序分析
1.monocle拟时序分析 【Nature】
2.细胞排序，构造一棵生成树
3.基因随轨迹分析变化热图【Cell】
4.BEAM轨迹分支分析【Nature】
5.自测和挖掘单细胞项目思路归纳总结
第十节：空间转录组理论及分析内容
1.空间转录组技术发展历程和原理介绍
2.空间转录组CNS文章思路解析及常见图解读
3.10x Visium 基本分析流程【Cancer Cell】
第十一节课：高分辨空间转录组分析
1.Xenium 空转数据分析【Nature】
2.Visium HD空转数据分析【Cell】
3.Stereo-seq “亚细胞级分辨率”测序介绍
4.空间测序多截面3D邻域重建【Nature】
第十二节课：机器学习基础理论
1.随机森林和支持向量机（SVM）
2.弹性网络回归算法Enet【Cell】
第十三节课：表观遗传研究
1.ChIP-seq、ATAC-seq在CNS文章中应用
2.ChIP-seq数据分析峰值可视化【Nature】
3.ATAC-seq数据peak注释【Cancer Cell】
第十四节：加权基因共表达网络分析 (WGCNA）算法系统讲解以nature文章为例
1.构建邻接矩阵和拓扑重叠矩阵
2.无尺度网络模型【Nature】
第十五节：免疫浸润计算
1.CIBERSORT反卷积算法，以TCGA数据为例
2.非监督共识聚类算法【Science】
3.转录因子富集【Cell Stem Cell】
第十六节：大数据分析在基金申请中应用
第十七节：实践课（课程总结，带领学员使用自测数据完成整体分析流程）
周六下午2:30--5:30、周日上午9:00--12:00、
周日晚上7:00--9:00
线上：腾讯会议线上直播
每人：￥3880元（可开会务费 、培训费、数据分析费、测试费、测序技术服务费等发票）
如何联系我们
2024年度国自然医学部50大科研热点中标数统计如下：
本团队从国自然、省市级课题申报、学术代表作规划、实验方案设计、科研技能教育培训等提升年轻科研者科研水平，真正掌握国自然课题设计的核心要点、精妙逻辑和标书撰写技巧，提高标书水平和质量，最终中标国自然。
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