本套课程是《微生物比较基因组精品系列课》的子课程，将大型课程中的微生物变异检测分析的板块独立出来汇编成了《微生物比较基因组与群体进化》课程。本版块的课程侧重于讲解微生物基因家族、微生物变异位点和基因检测、微生物群体进化的内容，旨在快速掌握重测序分析、SNP检测和大样本量的SNP群体进化分析的内容。
微生物比较基因组研究思路与方法
第一节：比较基因组学导论
·微生物组学层面的研究热点
·比较基因组学研究的底层逻辑
·比较基因组学的研究内容和典型案例
解读
第二节：微生物基因家族研究方法
·基因家族的基本概念
·基因家族研究的意义
·基因家族研究的方法和思路
·微生物基因家族分析典型案例剖析
第三节：微生物泛基因组学研究方法和
同源基因分析
·泛基因组学研究的意义
·泛基因组学研究方法和思路总结
·微生物泛基因组学典型案例剖析
微生物变异检测与群体进化生信实操
第一节：微生物重测序研究理论知识
串讲
·微生物微进化和群体进化分析方法
·微突变的类型和生物学意义
·研究微生物SNP、缺失插入突变的
软件
第二节：如何使用Snippy软件分析样
本间的SNP和插入缺失
·Snippy软件的工作原理和流程
·Snippy软件需要的各类软件和环境
检测
·Snippy软件使用实操和注意事项
·Snippy软件分析结果的生物学意义
解读
第三节：使用Mauve软件基于组装
结果找SNP实操课
·Mauve软件的安装与应用范围
·Mauve软件在分析微生物基因组差异
中的优点和局限性
·基于Mauve软件分析多个样本之间的
SNP差异
第四节：使用kSNP3软件分析大样本
量基因组之间SNP并构建进化树
·kSNP3软件的应用范围和参数解读
·kSNP3软件进行大样本量微生物基因
组群体进化分析实操
·结果解读和经验分享
本课程是《微生物比较基因组精品系列课》大型课程的一部分，
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【课程】微生物比较基因组与群体进化——基因组变异专题研究
课程链接：微生物比较基因组与群体进化
【课程】密码子偏好性分析——全套（含理论、软件、脚本、方法）
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【课程】微生物比较基因组精品系列课——全套自学必入的系统课程
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【课程】铜绿假单胞菌基因组研究和分子分型实战
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【课程】BRIG绘图——结构比较专题2
【课程】微生物基因组生信必学课程
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【课程】微生物生防菌研究
课程链接：生防菌的系统化研究
【资料】耐药专题材料
【资料】生防专题材料
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3、肺炎克雷伯菌专题
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7、软件脚本分享
9、知识干货
10、分泌系统
11、软件下载
12、书籍下载
