【课程】基因组结构分析神器Easyfig实操精品课

学术   科学   2024-08-15 08:23   上海  




本套课程不是简单的软件操作指南,而是以常见科学问题为指引,教会大家如何

通过Easyfig软件实现比较基因组研究中常见热点问题的高效解决:

A.目标基因簇结构的进化变异;

B.目的基因遗传环境的多样性分析;

C.基因水平转移分子证据研究;

D.杂合质粒形成的分子证据研究;

E.其他与基因结构变异相关的科学问题的解决。

本套课程中不仅包含对软件所有功能的介绍、操作演示,输入文件的准备、调整、修改,图片的高级加工等,同时对该软件能解决的科学问题进行系统的说明,从理论背景、问题提出、问题解决、结果呈现等环节教给大家问题的解决方案。


课程特点

1、已配置好的一键化软件安装包,解压即可使用,有效避免各类环境配置问题;
2、共计13个课时,详解了各类情形的应用,案例均附带示例数据及示例结果;
3、软件上手快,从标准化常规出图到高级使用及图片后加工均有详细讲解;
4、数据准备环节的原则和方法均有包含,一站式解决比较分析问题;
5、精选文章案例重现:杂合质粒形成的分子证据、耐药基因遗传多样性分析
6、汇集了软件使用、文件准备等过程中各类可能的问题以及解决方案。


示例图片


比较基因簇绘图(杂合质粒分析)


比较基因簇绘图(目的基因遗传多样性分析)


基因组共线性绘图(基因组的结构变异)

扫描下方二维码,获取课程



课程大纲

课时1:导言:基于基因簇和大片段研究微生物进化的方法








了解比较基因簇研究的常见方法和应用场景,简述整套课程的内容

课时2:EasyFig软件介绍、安装方法和软件配置修改

提供Eayfig软件安装包

(1)Easyfig的原理、文件要求和运行环境

(2)Easyfig的适用范围

(3)Easyfig的安装方法

(4)Easyfig的初始设置

课时3:基础绘图:使用EasyFig快速绘制比较基因簇图

学习使用Easyfig软件进行基因簇作图(示例文件+操作讲解+进程存储+进程读取)

课时4:高级绘图1:比较结果图片大小、图注、序列排布版式调整

图像整体调整(示例文件+操作讲解)

课时5:高级绘图2:比较结果中基因标签的选择与添加

基因图示和基因标签设置(示例文件+操作讲解)

课时6:高级绘图3:比对相似性阈值设置及图片美化处理

比对相似性区域设置(示例文件+操作讲解)

课时7:论文重现:使用EasyFig软件分析展示杂合质粒形成的分子证据

通过基因簇的图示化呈现杂合质粒各部分的来源(示例文件+绘图+参数调整+手把手教学)

课时8:高阶美化1:基因簇比较分析中序列起始位置调整实操指南

通过对环状序列的起始位置调整和AI后期美化使图像更美观或符合分析的需要(示例文件+结果文件)

课时9:高阶美化2:基因簇序列的截取与方向调整

序列方向的一致性和比对范围设置(示例文件+操作讲解)

课时10:论文重现:耐药基因遗传多样性分析

研究目的基因上下游的基因插入、缺失或排布差异(示例文件+绘图+参数调整+手把手教学)

课时11:高级绘图4:共线性图谱添加GC 含量,GC 偏移及自定义注释

共线性绘图+基因组特征讲解+示例文件+操作讲解

课时12:如何进行参考序列的选择

基本原则+情景再现

课时13:EasyFig软件使用中常见问题及解决方案

常见问题+错误图示+解决方案

课时14:使用Snapgene调整gbk文件起始位置

示例文件+操作讲解+调整后结果展示



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