本套课程不是简单的软件操作指南,而是以常见科学问题为指引,教会大家如何
通过Easyfig软件实现比较基因组研究中常见热点问题的高效解决:
A.目标基因簇结构的进化变异;
B.目的基因遗传环境的多样性分析;
C.基因水平转移分子证据研究;
D.杂合质粒形成的分子证据研究;
E.其他与基因结构变异相关的科学问题的解决。
本套课程中不仅包含对软件所有功能的介绍、操作演示,输入文件的准备、调整、修改,图片的高级加工等,同时对该软件能解决的科学问题进行系统的说明,从理论背景、问题提出、问题解决、结果呈现等环节教给大家问题的解决方案。
1、已配置好的一键化软件安装包,解压即可使用,有效避免各类环境配置问题;
2、共计13个课时,详解了各类情形的应用,案例均附带示例数据及示例结果;
3、软件上手快,从标准化常规出图到高级使用及图片后加工均有详细讲解;
4、数据准备环节的原则和方法均有包含,一站式解决比较分析问题;
5、精选文章案例重现:杂合质粒形成的分子证据、耐药基因遗传多样性分析
6、汇集了软件使用、文件准备等过程中各类可能的问题以及解决方案。
比较基因簇绘图(杂合质粒分析)
比较基因簇绘图(目的基因遗传多样性分析)
基因组共线性绘图(基因组的结构变异)
扫描下方二维码,获取课程
课时1:导言:基于基因簇和大片段研究微生物进化的方法
了解比较基因簇研究的常见方法和应用场景,简述整套课程的内容
课时2:EasyFig软件介绍、安装方法和软件配置修改
提供Eayfig软件安装包
(1)Easyfig的原理、文件要求和运行环境
(2)Easyfig的适用范围
(3)Easyfig的安装方法
(4)Easyfig的初始设置
课时3:基础绘图:使用EasyFig快速绘制比较基因簇图
学习使用Easyfig软件进行基因簇作图(示例文件+操作讲解+进程存储+进程读取)
课时4:高级绘图1:比较结果图片大小、图注、序列排布版式调整
图像整体调整(示例文件+操作讲解)
课时5:高级绘图2:比较结果中基因标签的选择与添加
基因图示和基因标签设置(示例文件+操作讲解)
课时6:高级绘图3:比对相似性阈值设置及图片美化处理
比对相似性区域设置(示例文件+操作讲解)
课时7:论文重现:使用EasyFig软件分析展示杂合质粒形成的分子证据
通过基因簇的图示化呈现杂合质粒各部分的来源(示例文件+绘图+参数调整+手把手教学)
课时8:高阶美化1:基因簇比较分析中序列起始位置调整实操指南
通过对环状序列的起始位置调整和AI后期美化使图像更美观或符合分析的需要(示例文件+结果文件)
课时9:高阶美化2:基因簇序列的截取与方向调整
序列方向的一致性和比对范围设置(示例文件+操作讲解)
课时10:论文重现:耐药基因遗传多样性分析
研究目的基因上下游的基因插入、缺失或排布差异(示例文件+绘图+参数调整+手把手教学)
课时11:高级绘图4:共线性图谱添加GC 含量,GC 偏移及自定义注释
共线性绘图+基因组特征讲解+示例文件+操作讲解
课时12:如何进行参考序列的选择
基本原则+情景再现
课时13:EasyFig软件使用中常见问题及解决方案
常见问题+错误图示+解决方案
课时14:使用Snapgene调整gbk文件起始位置
示例文件+操作讲解+调整后结果展示
【课程】基因组结构分析神器Easyfig实操精品课
【课程】微生物比较基因组精品系列课——全套自学必入的系统课程
课程链接:微生物比较基因组精品系列课【全套】
【课程】微生物比较基因组与群体进化——基因组变异专题研究
课程链接:微生物比较基因组与群体进化
【课程】微生物分子分型-MLST课程——分型全套(含理论、软件、方法)
课程链接:微生物分子分型-MLST课程
【课程】BRIG绘图——结构比较专题2
【课程】密码子偏好性分析——全套(含理论、软件、脚本、方法)
课程链接:遗传密码子偏好性研究课程
【课程】可移动元件研究实战指南——从理论机制到分析实操
课程链接:可移动元件研究实战课程
【课程】肺炎克雷伯菌基因组学研究综合指南
课程链接:肺炎克雷伯菌基因组学研究综合指南
【课程】铜绿假单胞菌基因组研究和分子分型实战
课程链接:铜绿假单胞菌基因组研究和分子分型实战
【课程】微生物基因组生信必学课程
课程链接:微生物基因组生信分析必学课程
【课程】微生物生防菌研究
课程链接:生防菌的系统化研究
【资料】耐药专题材料
【资料】生防专题材料
扫码添加唯那生物技术客服小唯的微信二维码,备注“耐药专题”或“生防专题”,立马获取
1、生信技能课专辑
2、耐药毒力专题
3、肺炎克雷伯菌专题
4、密码子偏好性专题
7、软件脚本分享
9、知识干货
10、分泌系统
11、软件下载
12、书籍下载