课程简介
泛基因组分析是研究微生物种内遗传多样性，群体结构，群体进化及适应性的重要手段，尤其是在大样本量的细菌基因组研究中几乎成了绕不开的必做内容。通过泛基因组分析可以获得菌群样本中核心共有基因、每个样本或者每个特征群体的特有基因、不同群体和样本之间的附属基因等等，结合着各类表型数据和样本来源等信息，可以为功能基因组学，如微生物致病性、微生物耐药性、微生物环境适应性、工业微生物育种改良等研究提供重要的候选基因/元件。同时在临床微生物学中也使用泛基因组分析方法，来揭示细菌的致病潜力和抵抗抗菌素的能力，鉴定特定序列并预测抗原表位，从而为设计分子或血清学检测方法及疫苗研发提供科学可靠的依据。
本套课程旨在从实用性角度为微生物领域的科研人员提供全套的微生物泛基因组指导，包括泛基因组研究的重要理论依据、全套操作方法、详细结果解读以及经典案例剖析，让大家知其然并知其所以然。本套课程的实操部分，重点讲解两款软件：经典款Roary和流行款BPGA，满足Windows和Linux双系统操作需求及获得更全面的比较分析。同时，Roary软件可以广泛应用于各类微生物，而BPGA则专注于原核物种。
（1）泛基因组的产生及驱动因素；
（2）泛基因组的遗传动力学；
（3）泛基因组的组成；
（4）影响泛基因组分析结果的因素；
（5）Roary软件的算法介绍、软件安装、基础分析及高级分析、结果解读、注意事项；
（6）BPGA软件的算法介绍、Windows/Linux系统软件安装；
（7）BPGA在Windows/Linux系统下的软件实操、结果解读、注意事项。
课程包含
（1）20个课时；
（2）Roary和BPGA一键化安装包；
（3）示例数据及结果+重要参考文献。
（1）理论与实践结合，不止会做；
（2）保姆级软件教学，全程跟做；
（3）一键化软件安装包，便捷安装；
（4）不止课程，一年免费线下售后，一对一指导。
（https://iicb.res.in/）
（DOI: 10.1038/srep24373）
(https://doi.org/10.1016/S2666-5247(22)00338-X)
课程目录
课时1：微生物泛基因组介绍
①泛基因组的产生；
②泛基因组的驱动因素；
③泛基因组的遗传动力学；
④泛基因组的组成及类型；
⑤泛基因组研究的意义及方向；
课时2：细菌泛基因组研究影响因素及软件介绍
①泛基因组研究的条件；
②泛基因组研究的影响因素；
③泛基因组研究方法介绍及比较；
课时3：Roary软件介绍
①Roary与其他软件的比较；
②Roary的分析逻辑及工作流介绍；
③Roary软件的输入文件说明；
课时4：Roary软件安装
①不同安装方法介绍；
②Roary安装详解；
③常见问题及解决办法；
课时5：输入文件准备
①Roary输入文件类型；
②输入文件格式要求；
③输入文件来源；
④输入文件的处理；
课时6：Roary程序运行
①常用参数介绍；
②常用命令实战演练及相关说明；
课时7：Roary基础结果查看及解读
①结果类型汇总说明；
②基础结果详细说明；
③后续分析建议；
课时8：Roary高级数据处理-query_pan_genome功能及实战
①应用场景一实战演练；
②应用场景二实战演练；
③应用场景三实战演练；
④应用场景四实战演练；
⑤应用场景五实战演练；
课时9：Roary高级结果查看及解读
高级分析部分结果详解
课时10：Roary结果可视化
①roary_plots.py功能介绍；
②roary_plots.py重要参数解读；
③roary_plots.py实战演练；
④roary_plots.py结果解读；
⑤roary2svg.pl的使用及结果解读；
课时11：BPGA软件介绍
①BPGA软件与其他软件的比较；
②BPGA软件特色分析介绍；
③BPGA工作流介绍；
④BPGA工作原理详解；
⑤BPGA安装说明；
课时12：BPGA的Linux系统软件安装
Linux系统下完整BPGA安装过程详解包括配套软件的安装
课时13：BPGA的Windows系统软件安装
①Windows系统下完整BPGA安装过程详解包括配套软件的安装；
②常见问题及处理方法；
课时14：BPGA的Linux系统运行-一键化运行
①输入文件要求及准备；
②重要参数说明；
③一键化运行实战演练；
④注意事项；
课时15：BPGA的Linux系统运行-分步运行
①输入文件要求及准备；
②各个步骤重要参数说明及调整；
③分布式实战演练；
④结果比较说明；
⑤注意事项；
课时16：使用CD-HIT进行基因家族聚类
①CD-HIT原理；
②CD-HIT安装；
③实战：如何在BPGA中使用CD-HIT进行基因家族聚类；
④注意事项；
课时17：BPGA高级分析
①BPGA高级分析项目说明；
②重要参数及中间文档说明；
③分析实战；
④注意事项；
课时18：BPGA的Windows系统运行-一键化运行
①输入文件要求及准备；
②重要参数说明；
③一键化运行实战演练；
④注意事项；
课时19：BPGA的Windows系统运行-分步运行
①输入文件要求及准备；
②各个步骤重要参数说明及调整；
③分布式实战演练；
④结果比较说明；
课时20：BPGA的结果解读
结果详解及应用说明
【课程】微生物比较基因组精品系列课——全套自学必入的系统课程
课程链接：微生物比较基因组精品系列课【全套】
【课程】微生物比较基因组与群体进化——基因组变异专题研究
课程链接：微生物比较基因组与群体进化
【课程】微生物分子分型-MLST课程——分型全套（含理论、软件、方法）
课程链接：微生物分子分型-MLST课程
【课程】BRIG绘图——结构比较专题2
【课程】
课程链接：肺炎克雷伯菌毒力系统分析方法与思路
【课程】微生物基因组生信必学课程
课程链接：微生物基因组生信分析必学课程
【课程】微生物生防菌研究
课程链接：生防菌的系统化研究
【资料】耐药专题材料
【资料】生防专题材料
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1、耐药毒力专题
