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文献图片展示：
1、加载R包（未安装需要自行安装）：
library(ggplot2) # Create Elegant Data Visualisations Using the Grammar of Graphics
library(dplyr) # A Grammar of Data Manipulation
library(reshape2) # Flexibly Reshape Data: A Reboot of the Reshape Package
library(stringr) # Simple, Consistent Wrappers for Common String Operations
library(ggpubr) # 'ggplot2' Based Publication Ready Plots2、加载数据（随机编写，无实际意义）并根据要求计算、处理数据：
###加载原始数据（随机编写，无实际意义）
df <- read.table(file="data.txt",sep="\t",header=T,check.names=FALSE)
#查看前6行
head(df)
##按照物种合并重复的数据
df2 <- df %>%
group_by(Tax) %>%
summarise_at(vars(1:9), sum) %>%
as.data.frame()
##修改行名
rownames(df2) <- df2$Tax
df3 <- df2[,-1]
##计算物种总丰度并降序排列
df3$rowsum <- apply(df3,1,sum)
df4 <- df3[order (df3$rowsum,decreasing=TRUE),]
df5 = df4[,-10]
##求物种相对丰度
df6 <- apply(df5,2,function(x) x/sum(x))
##选取想要的物种进行展示，这里我们选择Pantoea、Pseudomonas、Erwinia三个物种进行展示
df7 <- df6[c(1,3:4),]
##其余物种归类于others
df8 <- 1-apply(df7, 2, sum) #计算剩下物种的总丰度
#合并数据
df9 <- as.data.frame(rbind(df7,df8))
row.names(df9)[4]="Others"
df9$Tax <- rownames(df9)
###将数据处理为绘图格式
data <- melt(df9, id.vars = c("Tax"), variable.name = "Sample")
data$Tax <- factor(data$Tax, levels = c("g__Pantoea","g__Pseudomonas",
"g__Erwinia","Others"))
##利用正则表达式重新将分组信息添加进去(本地数据将分组添加到绘图数据中就行)
data$group <- str_sub(data$Sample, 1, 6)3、绘图模板展示（模板部分注释源码及原始测试数据可在公众号后台查看具体获取方式）：
需要附带注释的源码及测试数据请查看下方绘图模板获取方式！！
PS: 以上内容是小编个人学习代码笔记分享，仅供参考学习，欢迎大家一起交流学习。
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