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文献图片展示：
1、加载R包（未安装需要自行安装）：
library(ggplot2) # Create Elegant Data Visualisations Using the Grammar of Graphics
library(dplyr) # A Grammar of Data Manipulation
library(reshape2) # Flexibly Reshape Data: A Reboot of the Reshape Package
library(psych) # Procedures for Psychological, Psychometric, and Personality Research
library(tidyr) # Tidy Messy Data
library(ggh4x) # Hacks for 'ggplot2'2、加载数据（随机编写，无实际意义）并根据要求计算、处理数据：
##加载数据
#物种表格，并根据绘图需求对其进行编辑和转换
df <- read.table("Genus.txt",header = 1,row.names = 1,check.names = F,sep = "\t")
df <-data.frame(t(df))
#基因数据
Gene <- read.table("gene.txt",sep="\t",header = T,row.names = 1,check.names = F)
##将OTU数据与环境因子数据合并
df$sample <- rownames(df)
Gene$sample <- rownames(Gene)
data <- merge(df, Gene, by = "sample")
#将样本名赋值为行名并删除样本名列
rownames(data) <- data$sample
data <- data[-1]
#计算OTU与环境因子之间的spearman相关性
data2<-as.matrix(data)
cor<- corr.test(data2, method="spearman",adjust="BH")
##提取r值与p值
r.cor<-data.frame(cor$r)[1:22,23:46]
p.cor<-data.frame(cor$p)[1:22,23:46]
##将数据转换为长数据格式
r.cor$Species = rownames(r.cor)
p.cor$Species = rownames(p.cor)
p_value <- p.cor %>%
gather(key = "Gene", value = "p", -Species) %>%
data.frame()
cor.data<- r.cor %>%
gather(key = "Gene", value = "r", -Species) %>%
data.frame() %>%
left_join(p_value, by=c("Species","Gene")) %>%
##根据p值划分变量
mutate(
Sig = ifelse(p < 0.05,"1", "-1")
)
##将p值转换为对数
cor.data$p2 <- cor.data$p
cor.data$p2 <- log10(cor.data$p2)
##合并分组数据
Facet <- read.table("group.txt",header = 1,check.names = F,sep = "\t")
cor.data <- merge(cor.data, Facet, by = "Gene")
cor.data$Gene <- factor(cor.data$Gene, levels = c("gene1","gene2","gene3","gene4","gene5",
"gene6","gene7","gene8","gene9","gene10",
"gene11","gene12","gene13","gene14","gene15",
"gene16","gene17","gene18","gene19","gene20",
"gene21","gene22","gene23","gene24"))3、绘图模板展示（模板部分注释源码及原始测试数据可在公众号后台查看具体获取方式）：
最后在AI中进行细节调整可得到如下效果图：
需要附带注释的源码及测试数据请查看下方绘图模板获取方式！！
PS: 以上内容是小编个人学习代码笔记分享，仅供参考学习，欢迎大家一起交流学习。
「R绘图模板」跟着New Phytologist学绘图—共发生网络图的绘制！！！！！！
「R绘图模板」环形多组火山图+标签！！！
「R绘图模板」组合图系列—相对丰度柱状堆积图+单组柱状图+显著性！！！
「R绘图模板」气泡图+分组+标签+拟合曲线！！！
「R绘图模板」多变量热图+r值+p值+其他变量！！！
「R绘图模板」用于两组比较的多图形并列组合图-小提琴图+箱线图+散点图！！！
「R绘图模板」跟着Science学绘图—世界地图+采样点标记气泡图+分布频率注释侧图！！！
「R绘图模板」基因注释+箭头图+分面+标签！！！
「R绘图模板」组合图系列-箱线图+散点+分组散点注释！！！
「R绘图模板」世界地图+采样点标记+柱状堆积图！！！
「R绘图模板」环形无分组排序柱状堆积图！！！
「R绘图模板」多y轴组合图-柱状堆积图+箱线图！！！
「R绘图模板」环形分组气泡图（重发版-修改标题）！！！
「R绘图模板」蝶形图系列-并列箱线图与并列柱状图组合！！！
「R绘图模板」mantel test分析拓展——多样式多形式展示数据！！！
「R绘图模板」多层嵌套柱状图+字母标记+标签嵌套！！！
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「R绘图模板」进化树+分组注释+配对连线！！！
「R绘图模板」组合图-并列柱状图+数字标签+误差棒+占比饼图！！！
「R绘图模板」箱线图+显著性差异着色+分组差异检验！！！
「R绘图模板」柱状堆积图+柱间连线+文本标签+误差棒+字母标记！！！
「R绘图模板」嵌套柱状图+柱状堆积图+显著性！！！
「R绘图模板」环形分组散点图+误差棒+分组标签+灰白间隔背景+辅助线！！！
「R绘图模板」箱线图+散点+配对连线+显著性+分面！！！
「R绘图模板」组合图-进化树+柱状图+箱线图+热图！！！
「R绘图模板」内向环形柱状图+分组+分面！！！
「R绘图模板」层级网络图的绘制！！！
「R绘图模板」世界地图+采样点标记+分组条形图+柱状图嵌套！！！
「R绘图模板」多分组箱线图+不同组字母标记+条纹填充！！！
「R绘图模板」并列柱状图+不同组字母标记+组间显著性标记！！！
「R绘图模板」组合型热图+分组标记+R值与P值同时可视化！！！
「R绘图模板」mantel test拓展—多图绘制与组合！！！
「R绘图模板」热图+分组+配对连线+统计差异！！！
「R绘图模板」跟着Food Chemistry学绘图——散点+误差棒+折线+字母标记！！！
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「R绘图模板」环形水平条形图+柱状堆积图的绘制方法！！！！！！
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「R绘图模板」跟着Nature Communications学绘图—世界地图+采样点标记+饼图+柱状图！！！
「R绘图模板」跟着Nature Communications学绘图—并列柱状堆积图+误差线+显著性！！！
「R绘图模板」双层环形热图+不同方式显著性标注！！！
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R可视化——一文带你打通ggplot2个性化绘制散点图！！！
