扩增子测序是检测和分析环境样本中微生物群落的多样性和分布规律的一种重要手段，其基础分析囊括了α多样性分析、β多样性分析、微生物群落展示、OTU分布维恩图、群落组成柱状图、物种丰度聚类热图、物种分布进化树等一系列分析，更高级的分析还包括了LEfSe分析、共现性网络图分析等。扩增子测序在很多领域都有应用，但是其分析对于刚入学的一些研究生或者一些刚接触扩增子测序的老师而言是较为困难的，当测序公司返回测序结果时，面对一堆文件夹和模板化的测序报告时，也难免令人头疼，尤其是对于一些想深入了解分析过程的小伙伴而言更是毫无头绪。
为了帮助大家了解如何使用R语言进行扩增子测序数据的分析（当然，小编自己也还在学习过程中），小编整理了有关于使用R语言进行扩增子测序数据下游分析的很多基础代码（很感谢网上各位大佬形形色色的教程
），包括了前面提到的α多样性分析、β多样性分析、微生物群落结构组成分析等，具体可见下图：
文件夹中包括了各种分析的基础R语言代码以及所用到的示例数据、输出文件等，而且小编也为代码提供了注释以便于大家更好的了解每一步的目的，输出部分图片效果见下：
整理不易，所以本篇文章设置为付费可见，希望理解！
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