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文献图片展示:
1、加载R包(未安装需要自行安装):
library(ggplot2) # Create Elegant Data Visualisations Using the Grammar of Graphics
library(dplyr) # A Grammar of Data Manipulation
library(ggsignif) # Significance Brackets for 'ggplot2'
2、加载数据(随机编写,无实际意义)并根据要求计算、处理数据:
##加载数据(随机编写,无实际意义)
df <- read.table("data.txt",sep="\t",header = T, check.names = F)
#####手动计算均值并指定其在x轴上的位置
df %>%
group_by(group) %>% summarise(mean_value=mean(value)) -> df1
3、绘图模板展示(模板部分注释源码及原始测试数据可在公众号后台查看具体获取方式):
ggplot(df, aes(group, value))+
stat_boxplot(geom = "errorbar", width=0.3,linewidth=0.4)+
geom_boxplot(aes(fill=group),outlier.color = NA,
linewidth=0.4, show.legend = F)+
geom_jitter(fill = "white", shape = 21, color = "black",
width = 0.3, size = 2.5)+
geom_line(data = df1, aes(group, mean_value, group = 1),
linetype = 4, linewidth = 0.6)+
geom_point(data = df1, aes(group, mean_value),
fill = "#ff8a00", size = 3, shape = 21)+
geom_signif(comparisons = list(c("group1","group2"),
c("group2","group3"),
c("group3","group4"),
c("group1","group3"),
c("group1","group4"),
c("group1","group5")),
map_signif_level = T,
test = t.test,
y_position = c(32,35,40,42,50,58),
tip_length = c(0.03,0.03,0.03,0.03,0.03,0.03),
vjust = 0.5,
size=0.4,color="black",textsize = 5)+
geom_signif(comparisons = list(c("group2","group4"),
c("group2","group5"),
c("group3","group5"),
c("group4","group5")),
map_signif_level = T,
test = t.test,
y_position = c(3,-2,-7,18),
tip_length = c(-0.03,-0.03,-0.03,-0.03),
size=0.4,color="black",textsize = 5,
vjust = 2)+
labs(x=NULL, y = "This is y-axis")+
scale_fill_manual(values = c("#0ebeff","#47cf73","#ae63e4","#fcd000","#ff3c41"))+
scale_y_continuous(limits = c(-10,70),expand = c(0,0))+
theme_bw()+
theme(axis.text.x = element_text(size = 10, angle = 45, vjust = 1, hjust = 1),
axis.text.y = element_text(size = 10),
axis.title = element_text(size=12, color = "black"))
最后在AI中进行细节调整可得到如下效果图:
需要附带注释的源码及测试数据请查看下方绘图模板获取方式!!
PS: 以上内容是小编个人学习代码笔记分享,仅供参考学习,欢迎大家一起交流学习。
「R绘图模板」跟着New Phytologist学绘图—共发生网络图的绘制!!!!!!
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「R绘图模板」组合图系列—相对丰度柱状堆积图+单组柱状图+显著性!!!
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「R绘图模板」用于两组比较的多图形并列组合图-小提琴图+箱线图+散点图!!!
「R绘图模板」跟着Science学绘图—世界地图+采样点标记气泡图+分布频率注释侧图!!!
「R绘图模板」基因注释+箭头图+分面+标签!!!
「R绘图模板」组合图系列-箱线图+散点+分组散点注释!!!
「R绘图模板」世界地图+采样点标记+柱状堆积图!!!
「R绘图模板」环形无分组排序柱状堆积图!!!
「R绘图模板」多y轴组合图-柱状堆积图+箱线图!!!
「R绘图模板」环形分组气泡图(重发版-修改标题)!!!
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「R绘图模板」多层嵌套柱状图+字母标记+标签嵌套!!!
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「R绘图模板」柱状堆积图+柱间连线+文本标签+误差棒+字母标记!!!
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「R绘图模板」环形分组散点图+误差棒+分组标签+灰白间隔背景+辅助线!!!
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「R绘图模板」组合图-进化树+柱状图+箱线图+热图!!!
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「R绘图模板」层级网络图的绘制!!!
「R绘图模板」世界地图+采样点标记+分组条形图+柱状图嵌套!!!
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「R绘图模板」并列柱状图+不同组字母标记+组间显著性标记!!!
「R绘图模板」组合型热图+分组标记+R值与P值同时可视化!!!
「R绘图模板」mantel test拓展—多图绘制与组合!!!
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R可视化——一文带你打通ggplot2个性化绘制箱线图(更新版)!!!
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