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1、设置坐标轴以百分比形式显示：
#加载包
library(ggplot2)
library(ggprism)
library(reshape)
library(ggalluvial)
#构造数据
df<-data.frame(Species=c('Species01','Species02','Species03','Species04','Species05'),
A=c(0.3,0.25,0.1,0.2,0.15),
B=c(0.6,0.1,0.05,0.2,0.05),
C=c(0.4,0.2,0.1,0.15,0.15),
D=c(0.1,0.2,0.3,0.3,0.1))
#变量格式转换,宽数据转化为长数据,方便后续作图
df1 <- melt(df,id.vars = 'Species',measure.vars = c('A','B','C','D'))
names(df1)[1:2] <- c("group","X") #修改列名
#绘图
ggplot(df1, aes( x = X,y=value,fill = group,
stratum = group, alluvium = group))+
geom_stratum(width = 0.7, color='white')+
# geom_flow(alpha = 0.3,width = 0.5)+
geom_alluvium(alpha = 0.5,#透明度
width = 0.7,#宽度
color='white',#间隔颜色
size = 1,#间隔宽度
curve_type = "linear")ggplot(df1, aes( x = X,y=100*value,fill = group,
stratum = group, alluvium = group))+
geom_stratum(width = 0.7, color='white')+
# geom_flow(alpha = 0.3,width = 0.5)+
geom_alluvium(alpha = 0.5,#透明度
width = 0.7,#宽度
color='white',#间隔颜色
size = 1,#间隔宽度
curve_type = "linear")+#曲线形状，有linear、cubic、quintic、sine、arctangent、sigmoid几种类型可供调整
scale_y_continuous(expand = c(0,0))+#
scale_x_discrete(expand = c(0,0))+# 调整x轴属性，使柱子与X轴坐标接触
labs(x="Samples",y="Relative Abundance(%)",#设置X轴和Y轴的名称以及添加标题
fill="group")+
theme_bw()+
scale_fill_prism(palette = "candy_bright", name = NULL)+#使用ggprism包修改颜色
theme(legend.position = 'right',
axis.text.y = element_text(color = "red", size = 10),
axis.line.y = element_line(color = "red"),
axis.ticks.y = element_line(color = "red"))
ggplot(df1, aes( x = X,y=value,fill = group,
stratum = group, alluvium = group))+
geom_stratum(width = 0.7, color='white')+
# geom_flow(alpha = 0.3,width = 0.5)+
geom_alluvium(alpha = 0.5,#透明度
width = 0.7,#宽度
color='white',#间隔颜色
size = 1,#间隔宽度
curve_type = "linear")+#曲线形状，有linear、cubic、quintic、sine、arctangent、sigmoid几种类型可供调整
scale_y_continuous(expand = c(0,0),
limits = c(0,1),
breaks = c(0,0.25,0.50,0.75,1),
labels = c("0%","25%","50%","75%","100%"))+#
scale_x_discrete(expand = c(0,0))+# 调整x轴属性，使柱子与X轴坐标接触
labs(x="Samples",y="Relative Abundance",#设置X轴和Y轴的名称以及添加标题
fill="group")+
theme_bw()+
scale_fill_prism(palette = "candy_bright", name = NULL)+#使用ggprism包修改颜色
theme(legend.position = 'right',
axis.text.y = element_text(color = "red", size = 10),
axis.line.y = element_line(color = "red"),
axis.ticks.y = element_line(color = "red"))
2、设置坐标轴以对数形式显示：
library(palmerpenguins) # Palmer Archipelago (Antarctica) Penguin Data
library(tidyverse) # Easily Install and Load the 'Tidyverse'
library(scales)
#使用palmerpenguin包中的数据
df <- penguins
#使用tidyverse包对数据进行处理
df <- df %>%
drop_na()
##绘制一个简单的箱线图
p <- ggplot(df, aes(species, flipper_length_mm))+
geom_boxplot(aes(fill = species))
p
##log10
p+scale_y_continuous(
trans = log_trans(),
breaks = trans_breaks("log10", function(x) 10^(x)),
labels = trans_format("log10", math_format(10^.x))
)
##log2
p+scale_y_continuous(
trans = log_trans(),
breaks = trans_breaks("log2", function(x) 2^(x)),
labels = trans_format("log2", math_format(2^.x)))##自然对数
p+scale_y_continuous(
trans = log_trans(),
breaks = trans_breaks("log", function(x) exp(x)),
labels = trans_format("log", math_format(e^.x))
)
ggplot(df, aes(species, log10(flipper_length_mm)))+
geom_boxplot(aes(fill = species))
PS: 以上内容是小编个人学习代码笔记分享，仅供参考学习，欢迎大家一起交流学习。
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