IF21.7,机器学习高光时刻!预后模型创新玩法,纯分析拿顶刊!临床高分就看这篇!

文摘   2024-10-24 19:02   陕西  

趁着机器学习斩获双诺贝尔奖的热潮,光宝前段时间持续分享了几篇机器学习的文献,小伙伴们关注度都挺高。

但是也有粉丝留言反馈,用机器学习做预后模型,好像来回就那几种模式,还有其它更新颖的玩法吗?

带着这个问题,光宝正好查到今天这篇21.7分的顶刊文章《Journal of the American College of Cardiology》,发现作者也是用机器学习构建复发性心包炎的临床模型,特别的是,作者提出了新风险分层模型,值得小伙伴一起来关注。

1、创新的风险分层模型建立作者基于365名复发性心包炎患者的数据,开发了机器学习生存分析模型。除了传统Cox模型,还整合了随机森林、SVM和梯度提升等先进算法。通过多种机器学习算法的整合应用,作者首次成功的构建了复发性心包炎分层模型。创新算法应用与疾病细分类型的筛选,是发高分的基本保证!

2、传统统计+机器学习算法的整合:作者利用SHAP值,从患者的多种临床特征中,筛选出与模型紧密相关的变量。在提升模型预测能力的同时,还保证了其可解释性,利于临床应用。

PS:机器学习新思路已经送到眼前,机会总是留给有准备的人,而我们,就是您准备的第一步,想抓热点选题、想整合多样化数据、想要创新性分析?都可以直接联系光宝,背靠坚实团队,服务一步到位~

定制生信分析

云服务器租赁

(加微信备注99领取试用)


题目:预测复发性心包炎患者的长期临床预后

杂志:Journal of the American College of Cardiology

影响因子:IF=21.7

发表时间:2024年9月

公众号回复“XXX”领取原文PDF,文献编号:241024

研究背景

复发性心包炎(RP)影响超过30%的急性心包炎患者。治疗复杂,常规疗法效果有限。本研究分析大量RP患者数据,旨在识别关键因素,建立风险评估模型。

数据来源

这项研究基于2012至2019年克利夫兰诊所连续365名复发性心包炎(RP)患者的数据。

研究思路

本研究回顾2012至2019年连续365例复发性心包炎患者的医疗记录,应用五种机器学习生存模型预测5年内临床缓解概率,将患者分为高、中、低风险组。利用SHAP值优化模型,确定10个关键变量。通过Kaplan-Meier曲线和ROC评估风险分层效能,Cox回归验证缓解率差异。

研究结果

1.整体队列和结果组的基线特征

研究分析了365例复发性心包炎患者,随访35个月(16-88月),平均年龄46岁。数据显示复发中位数为3次,利用机器学习模型,结合多种变量预测临床缓解概率。结果显示,32%患者实现了CR,且这些患者往往为男性,年龄较大,且有特发性或PCIS病因,心率中位数较低,复发次数较少。

表1:整体队列和结果组的基线特征

2.XGB模型在测试集上的表现及特征重要性分析

本研究采用XGB模型,基于34个变量进行训练,未进行特征选择。模型比较显示,XGB预测表现最佳,C指数为0.778。SHAP分析识别出20个关键变量,其中类固醇依赖、复发次数和心率对预测临床缓解至关重要。

表2:比较不同模型的预测性能

图1:XGB模型和功能重要性的全球解释

3.连续变量对模型输出影响的SHAP分析

研究利用SHAP依赖图分析了心率、心包炎复发次数、年龄、LVEF对临床缓解(CR)的影响。发现心率增快降低CR概率;复发3次后对CR影响稳定;55岁以上CR概率上升;LVEF超60%时CR概率减少。这些发现帮助将变量分组,优化模型预测精度。

图2:SHAP特征依赖图

4.风险模型和模型评估

研究采用递归筛选法选出10个关键变量,并运用多变量分析验证了这些变量。比较了多种模型,发现CPH和GBSA模型在测试集上均获得了最高的C指数0.800。基于易解释性和临床适用性,选择了CPH模型进行风险分层。通过β系数为变量赋分,计算了患者的总风险分数。风险分层表明,随着风险分数的增加,CR率下降。Kaplan-Meier和时间-ROC曲线验证了模型在不同风险组中预测CR的有效性。Cox回归分析也显示,低风险组的CR率显著高于高风险组。这些发现突显了该模型在识别复发性心包炎高风险患者中的潜力。

表3:风险模型和模型评估

文章小结

本研究采用先进方法,如机器学习、Cox模型和SHAP分析,预测复发性心包炎的临床结果。研究基于克利夫兰诊所的丰富数据,揭示了关键影响因素,方法创新,逻辑严密,样本量大,发表在高影响力期刊,实至名归在当前“机器学习”如日中天之际,如何将其应用进我们自己的研究,提升下B格?如何创新地构建预后模型?答案尽在光宝团队!我们不只是提供服务,我们提供专属于您的解决方案,量身定制让科研每一步都精准有力!


光之密语





生信光公众号持续为大家带来最新生信思路,更多创新性分析思路请查看往期推荐。想复现这种思路或者定制更多创新性思路欢迎直接call光宝,我们团队竭诚为您的科研助力!


文献思路复现

定制生信分析

服 务 器 租 赁

扫码咨询光宝



【往期推荐】







生信光
生信前沿知识分享
 最新文章