网络药理学是中药人的研究利器!但是常规分析已内卷严重,还想0实验发文,就得提高创新性了!
数据库的完善和升级、算法和模型的开发与完善:网药分析的质量严重依赖于药物组分数据库,靶点数据库等,所以数据库升级是根本性创新!但是对技术和资源有高度要求,不适用于每个人。
湿实验验证,是最标准的方向,检测分析和预测是否真实的根本手段。但是存在实验风险、成本和周期的限制,大家能避则避。
分析新思路,与更多的生信方法和热点相结合,比如单细胞、多组学、机器学习等相结合,这是光宝重点推荐的方向,大家可以高度关注。
除了以上内容外,光宝今天再提供一个新角度----期刊选择。好的选刊,已经成功了一半!
光宝今天分享的这篇网药文章,能17天接收2区,也很依赖于成功的选刊----Foods。
这个期刊为中科院2区4.7分,够大部分小伙伴用了
1,网药等纯生信分析友好;
2,审稿速度奇快。提交后14.3天提供第一个决定;
除此之外,该期刊还具有如下优势:
发文量大(年发文4417篇);
接受率高(50%左右)
版面费(2900瑞士法郎,大概2w4 RMB。不过能接受纯分析,省下来的实验经费和时间,也是划算的)。
好了,接下来光宝就对该期刊的一篇17天接收的网药纯分析文章进行分享。光宝团队就是专业找新方向的,跟紧光宝的每日推荐,思路的事就迎刃而解啦!有思路依然不会复现?那就直接联系光宝啊,个性化思路设计、生信分析都能做,十年经验,包满意的哟~
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题目:茶叶中儿茶素抗高血压的潜在机制:网络药理学、分子对接和分子动力学模拟的整合
杂志:Foods(IF=4.7)
发表日期:2024年8月
公众号回复“999”领取原文PDF,文献编号:241112
研究背景
研究表明茶儿茶素可能对抗高血压有效,但其有效成分、作用路径和治疗目标尚待深入探究。作者通过网络药理学、分子对接和动力学模拟等计算方法,旨在阐明其降压作用的机理和关键靶点。
研究思路
作者从PubChem数据库中筛选出8种儿茶素成分,并探究其结构。通过SEA搜索服务器和SwissTargetPrediction数据库,他们收集了儿茶素的潜在靶点数据。同时,利用DisGeNET、OMIM和GeneCards三个资源,研究人员确定了与高血压相关的靶点。接着,对儿茶素靶点和高血压靶点进行了交集分析,并构建了蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,进行了GO和KEGG通路富集分析。此外,还对药物成分和靶点基因进行了分子对接和分子动力学模拟,以揭示儿茶素治疗高血压的潜在机制和靶点
图1:研究思路图
主要结果
研究团队筛选出8种儿茶素成分,预测其对23个可能的高血压治疗靶点的影响。通过蛋白质互作分析,他们锁定了三个主要靶点:MMP9、BCL2和HIF1A。进一步的KEGG路径和GO富集分析揭示了这些靶点在血管功能调节中的多重作用,包括血管平滑肌的收缩控制、血管新生的促进以及血管内皮生长因子受体信号的传递。实验中,这些关键靶点能与儿茶素成分(CG、GCG、ECG、EGCG)通过氢键及疏水相互作用形成稳定结合。分子动力学模拟结果支持了这些结合的稳定性,为儿茶素作为抗高血压治疗提供了科学依据。
图2:网络药理学分析
图3:潜在靶点的功能富集分析
图4:分子对接
图5:分子动力学模拟
小结
如上所述,本文是一篇标准的网药+分子对接文章。在分析思路和方法上相对常规,而且也未做任务湿实验验证。所以,如光宝所述,本文能半个月接收二区,应该是精准的选刊贡献不小。无论小伙伴是需要创新分析思路,或者分析技术的协助,甚至包括优秀期刊推荐,光宝都是您可靠的选择。专业团队为你保驾护航,1V1定制创新思路~
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