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医疗机构病理科（中心）是疾病诊断的重要科室，主要任务是针 对取自人体的各种细胞、体液、分泌物、组织、器官等标本，通过大体和显微镜观察，运用免疫组织化学、分子生物学、特殊染色以及电子显微镜等技术进行分析，结合病人的临床资料，做出疾病的病理诊断。具备条件的病理科（中心）还应开展尸体病理检查。医疗机构内的病理科（中心）应当集中设置，统一管理。
病理科（中心）设计遵循三区（污染区、半污染区、清洁区）、两通道（人员通道、标本通道）设计原则。
设计应功能分区合理，洁污路线清楚，实验区与诊断区以及办公区相对独立，标本污物通道与工作人员进出通道分开设置，避免或减少交叉污染或感染。
应按照工艺流程设置功能房间，保证流程方便可行，标识清晰。要求该流程对病理诊断、分析最为有利，对实验室人员操作起到保护作用。通常根据平面位置、规模、区域形状，建设布局模式可为单通道式、双通道式、回字式、组合式等形式。
病理科（中心）污染源主要是临床送检的标本和属于危险品的化 学试剂。根据生物因素与化学制剂污染，划分为清洁区、半污染区和污染区，污染和半污染区之间设立缓冲区。污染区和相对清洁区设计独立的排风及排污系统，必要时另设门禁系统。
污染区主要包括标本接收、取材、细胞学标本处理、标本存储、术中冰冻、组织脱水等环节，部分教学医院还设有标本陈列室。
由于细胞学标本流程相对独立，因此宜将其单独设置，使用专门通道接收标本，且更邻近电梯，方便穿刺病人前来该区。
半污染区主要包括已经行福尔马林固定的组织包埋、常规制片、特殊染色、免疫组化、病理诊断、科内与院际会诊以及切片、蜡块、病理申请单等资料的临时存储等技术流程。
清洁区主要包括医技办公室、会议室、休息室、资料室等用房，有条件单位如已开展远程病理诊断，应设于该区。
医务人员通道。医务人员先通过更衣、清洗室进入工作区。电梯或楼梯→办公室（清洁区）→更衣室（缓冲区）→工作区（半污染区或污染区）。
标本通道。病理标本自门诊和手术室通过标本送检通道送至病理科标本接收室，最后经污物通道运出门诊、手术室等→标本接收→病理检查流程→洗消、暂存→污梯。
此外，洁净物品如实验器具、试剂、耗材等通过专用电梯运送到病理科（中心）专用库房和实验室。
常规物品库房存放玻片、包埋盒、手套、口罩、文具、纸张等常用耗材。
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