在组学科研的世界里，选择合适的技术平台和方法总是令人头痛的难题。随着蛋白质组学研究的深入和技术方法的发展，科研工作者们往往面临着众多选择：TMT/iTRAQ vs Labelfree，非标记定量 vs 标记定量，DDA vs DIA，3D vs 4D，传统质谱仪vs新兴的技术……仅各类专业名词、英文缩写是不是已经让人头晕目眩了。在繁忙的实验研究中，时间就是金钱，精准的分析工具则是研究成功的关键。随着Orbitrap Astral质谱仪横空出世，做蛋白组研究您再也不需要纠结于选择了。
Orbitrap Astral质谱仪到底有什么优势呢？实际表现到底如何呢？在我们前面的文章中（震撼登场！质谱黑科技——Astral，引领未来分析新潮流！点击查看），已详尽的帮大家做了总结。Orbitrap Astral上市之后在蛋白组各个研究领域有着非常广泛的应用，之前我们也做了一些调研和总结供大家参考（问世一载 | 震撼科研界的Astral蛋白组学成果表现如何？点击查看）。今天主要想跟大家唠一唠，Astral蛋白组为什么可以治愈大家的选择困难症，让科研更高效！
Question 1
Orbitrap Astral质谱仪与传统质谱仪有何区别？
PSN
与传统质谱仪相比，Astral质谱仪在几个关键方面表现更优越。首先，它的分辨率远高于普通质谱仪，这意味着它可以更精细地区分分子量非常接近的肽段。例如，传统质谱仪可能无法清晰地区分两种质量差异极小的分子，而Astral则可以通过其超高分辨率有效分离这些分子。其次，Astral的灵敏度更高，能够检测到样品中微量的蛋白质，这对于研究低丰度蛋白质非常重要。而且，Astral的扫描速度也更快，能够在短时间内处理大量复杂样品，这对高通量实验非常有利。简单点说就是Astral可以更快、更准、更灵敏，以更少的时间、更少的样品鉴定到更多的蛋白。
Question 2
相较于其他质谱仪，Astral在低丰度蛋白检测方面的优势是什么？
PSN
低丰度蛋白是指在生物样品中浓度极低、但可能对生物功能至关重要的蛋白质。传统质谱仪通常难以检测到这些低丰度蛋白，特别是在样品背景复杂的情况下。Astral质谱仪配合DIA扫描方法，通过提高灵敏度、扫描速度，能够检测到这些低丰度蛋白，并且通过其高分辨率，能够更好的区分低丰度蛋白与背景噪音。这种优势使Astral特别适合用于发现新的生物标志物，或者研究在疾病状态下表达量发生显著变化的蛋白质。以血浆蛋白组为例，血浆当中有着非常丰富的高丰度蛋白，而大量重要蛋白丰度却极低，这一直以来都是血液蛋白组研究最大的瓶颈，Astral平台可以很好的解决这个问题，在8 min和24 min分析方法中分别可以鉴定到2900+和4400+的血浆蛋白，且展现出极高的稳定性。
血浆Astral-DIA蛋白组实测数据
Question 3
Astral蛋白组还需要纠结标记、非标记、DDA还是DIA吗？
PSN
不需要。同位素标记技术如TMT蛋白组，由于价格昂贵正逐步被市场抛弃；传统非标记Labelfree由于缺失值过多、数据稳定性差，也经常被诟病；DDA建库-DIA由于建库成本高、蛋白鉴定通量受限，其受欢迎程度正大幅降低。Astral direct-DIA（非建库DIA）方法在国内外多家不同实验室都得了非常稳定的测试结果：8 min蛋白鉴定量可达8000+，24 min蛋白鉴定量高达10000+。超高的鉴定量、极快的分析速度、低于千元的价格让Astral direct-DIA极具性价比，迅速成为了蛋白组学研究的不二选择。
Question 4
Astral-DIA的180SPD、60SPD、24SPD等分别代表什么含义，如何选择？
PSN
SPD即Samples Per Day，每天处理的样品数量，例如180SPD即每天处理180个样品，意味着8 min即可分析处理一个样品，各家公司根据自己的运营策略，会推出不同梯度的产品，区别就是上机时间的长短，理论上相同条件下时间越长鉴定到的蛋白越多。现在应用比较多的有180SPD、100SPD、60SPD、24SPD等，其中180SPD（8 min）和60SPD（24 min）应用最为广泛，180SPD可以以8 min的时间实现8000+的鉴定量，而样品单价低至百元级，若经费预算有限、又想要一个非常高质量的蛋白数据，180SPD Astral-DIA绝对是您的首选，堪称性价比之王；如果经费充足、想要更好的数据，60SPD Astral-DIA可以满足您绝大部分需求。
Question 5
Astral在蛋白质翻译后修饰（PTMs）研究中有什么优势？
PSN
蛋白质的翻译后修饰（PTMs）是指蛋白质在合成后经历的化学修饰过程，如磷酸化、乙酰化、糖基化等。这些修饰在调节蛋白质功能、信号传递和细胞活动中起关键作用。Astral质谱仪的高分辨率、高扫描速度，使其能够精确识别更多微小而量低的修饰信息，Astral能有效分辨修饰的肽段分子、鉴定更多的修饰位点。这使得Astral成为研究PTMs的理想工具，有助于深入理解细胞信号通路和疾病机制。
Question 6
Astral的高扫描速度对大规模蛋白质组学研究有何帮助？
PSN
蛋白质组学研究通常需要处理大量的样品，特别是在大规模的临床研究或药物筛选中，快速的样品分析至关重要。Astral质谱仪的扫描速度非常快，这意味着它可以在很短时间内处理大量样品，而不会牺牲数据的准确性或分辨率。相比之下，传统质谱仪在处理大量样品时可能需要更多的时间，这会限制实验的效率和进展。因此，Astral质谱仪在大规模蛋白质组学研究中表现出色，极大地提高了研究的通量。现在常用的180SPD的方法，一台仪器一天就能分析180例样品，一周1260例，一个月就是5400例样品，几乎是传统仪器的10-15倍，且蛋白鉴定量和定量稳定性更高。
Question 7
使用Astral质谱仪时，样品制备与传统质谱方法是否有不同？
PSN
Astral质谱仪的样品制备流程与传统质谱方法非常相似。研究人员通常需要将复杂的生物样品进行预处理，如蛋白质提取、酶解、液相色谱分离等步骤。然而，由于Astral的高灵敏度和分辨率，它对样品的质量要求更高，因此样品制备过程中可能需要更精细的分离和纯化步骤，以减少杂质的干扰，从而充分发挥Astral的技术优势。自动化前处理系统将会大幅提升实际样品处理和分析通量，同时还能保障结果的稳定性。
总体来说，Astral质谱仪作为蛋白质组学研究中的新兴技术，具有非常广阔的前景。随着蛋白质组学在生物医学、药物开发和精准医学中的应用不断扩大，研究人员需要能够提供更高分辨率、更高灵敏度和更高通量的工具。Astral质谱仪完美契合了这些需求，它不仅能够应对未来更大规模、更复杂的蛋白质组学项目，还能为疾病研究、药物靶点发现、个性化治疗等提供全新的视角。未来，Astral质谱仪有望在蛋白质组学的多个领域发挥更大作用，推动科学研究和临床应用的进一步发展。派森诺自从引入Orbitrap Astral质谱仪，蛋白组学的服务能力和质量上升了一个台阶，欢迎各位专家学者、科研工作者以及同行合作交流。
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