孟德尔随机化卷死了？中南大学湘雅三院陆瑶团队1区8分+，肠道菌群+GWAS，更受期刊青睐！
文摘
科学
2024-07-06 19:00
陕西
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孟德尔随机化（MR）是一种基于遗传变异推断生物学因素与疾病之间的因果关系的方法。近年MR研究层出不迭，光宝也在此跟大家分享一下自己的发现，希望可以帮助到大家。
光宝认识到进行一项MR研究，首先必须确定研究对象，即“因”和“果”，再选择与混杂因素和“果”无关，与“因”相关的工具变量（IV），最后通过MR分析IV与“果”的影响关系，推断出“因”通过对IV的影响达到对“果”的影响。
MR的流程看似简单，但要想发出一篇不错的文章，少不了找创新的路子。光宝今天分享的这篇文章用的是“单因多果”的招式，选取肠道微生物作为“因”，缺血性卒中的三种亚型作为“果”，SNP为IV，做完推测做验证，作者又采取了敏感性分析的方法对结果加以验证，成功拿下8.3分，不可谓不妙！大家跟光宝一起学习下吧~（ps：不知道怎么创新的宝宝来找光宝！这里有新鲜出炉的生信热点方向，还有一茬接一茬的创新型思路…感兴趣的直接来找我噢！）
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题目：肠道微生物组和缺血性卒中的风险:一项全面的孟德尔随机化研究
杂志：European Journal of Preventive Cardiology
影响因子：8.3
发表时间：2023年3月
缺血性中风(IS)目前的治疗策略主要是药物治疗和血管内治疗，但长期使用抗血小板药物可能会增加大出血的风险，甚至导致立即死亡。越来越多的证据表明微生物组是缺血性卒中(IS)的易感性因素。这一证据的解释是困难的，因为微生物组的组成受到各种因素的影响，并且在IS亚型中可能有不同的影响。这篇文章使用孟德尔随机化(MR)将单核苷酸多态性(SNP)作为IV，推断肠道微生物组与包括大动脉卒中(LAS)、小血管卒中(SVS)和心脏栓塞性卒中(CES)在内的IS亚型发生之间的因果关系，并提出预防IS的潜在方法。
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为了验证肠道微生物组与IS亚型风险之间的因果关系，作者选择与肠道微生物组显著相关的SNP作为IVs，每个IVs使用两个阈值进行选择。作者使用逆方差加权(IVW) MR、加权中位数、MR-Egger和最大似然方法进行MR分析，以确定与IS亚型相关的肠道微生物组。在这些方法中，使用IVW作为主要方法，同时假设所有SNP都是可用的。在所有与IS相关的肠道微生物组中，作者选择了那些与一个以上IS亚型相关的肠道微生物组。在194种肠道细菌特征中，大多数肠道微生物组与IS亚型无关，有4种细菌特征可能与LAS风险增加相关，而其他5种细菌特征与原发性IVW-MR分析中较低的LAS风险相关（表1）。使用最大似然算法也观察到类似的结果。然而，加权中位数的MR估计显示，四种细菌特征与LAS风险显著相关。在MR-Egger分析中，遗传预测细菌特征(1门3属)与LAS呈正相关，但无统计学意义，剩余的肠道微生物组对LAS风险没有影响。同时，采用相同的方法探讨肠道微生物组对SVS和CES的因果关系。表1SNP-Gut组与IS亚型风险之间的因果关系的阳性MR结果
和genus_lachnospiraceaenk4a136组与1个以上IS亚型相关。Genus_Intestinimonas组与LAS和SVS均呈负相关，genus_lachnospiraceaenk4a136组与SVS和CES均呈负相关(表2)。![]()
表2 Intestinimonas和Lachnospirae enk4a136组对IS亚型的影响
首先，通过Cochran’s Q和MR-PRESSO检验，在表1和表2中没有发现异质性和异常值。其次，采用MR-Egger回归截距估计SNP的潜在多效性，p值均>0.05，表明不存在水平多效性。此外，作者对森林图和漏斗图进行了视觉检验，采用留一法分析也揭示了主要结果的稳健性。
这项孟德尔随机化研究支持肠道微生物组对缺血性中风的因果影响。几种类型的肠道细菌特征被检测到可能增加或减少发生缺血性中风的风险。这些可能对预防不同的缺血性脑卒中亚型具有前景。这篇文章除了针对疾病的几种亚型进行MR分析，以及采用敏感性分析验证的亮点外，肠道菌群这一热点方向的选取也不容忽视，相信大家也能够从中得到对自己课题的启发，想获得更多生信热点方向和新思路尽管联系光宝哦。
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