研究背景
为应对脱靶挑战，科学界提出了多种检测方法，包括基于生物信息学的预测、生物化学检测和细胞水平检测方法。然而现存方法普适性较低，仅是针对有限的编辑系统或细胞类型设计的，并且大多数方法无法应用于离体及体内编辑时的脱靶检测。
图1. Tracking-seq示意图
近日，清华大学蓝勋课题组与李寅青课题组合作开发了新型脱靶效应检测技术Tracking-seq。相较于现有的GUIDE-seq和DISCOVER-seq等脱靶检测技术，Tracking-seq不仅展现了高召回率，而且具备极高的检测精确度。其高度的泛用性使其能够适用于Cas9、CBE、ABE以及PE等各类主流基因编辑工具，并能适应不同的细胞类型及不同的编辑环境（包括体外、离体及体内编辑）。此外，Tracking-seq的高灵敏度使其能够在仅有数千到数万个细胞的样品中，有效地进行脱靶检测，并保持优异的结果。
图2. Tracking-seq检测不同编辑工具的链特异性信号
得益于Tracking-seq的高泛用性，本研究发现当使用相同的向导RNA时，Cas9、CBE、ABE和PE的脱靶效应存在明显差异，其中Cas9和CBE之间观测到了许多近似于互斥的脱靶位点。此外，不同类型的细胞中也观察到了脱靶效应的异质性，脱靶事件似乎更容易在染色质开放和活跃的区域发生。这些脱靶效应的异质性提示，使用替代性编辑系统或在不同细胞类型中进行的脱靶检测，可能无法准确反映目标细胞中实际的脱靶情况。相比之下，Tracking-seq技术能够直接对原始编辑系统进行脱靶检测，因此具有广阔的应用潜力和前景。
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