基于 neofleX 质谱仪的空间多组学解决方案

科技   2024-09-27 10:41   上海  

前言

空间组学是继蛋白质组学和代谢组学之后、一门新兴的分子维度表征技术,用于探索生物分子与机体之间的关系。MALDI质谱成像作为一种免标记、高灵敏度、在组织原位实现分子检测的表征手段,通过与其他的多组学技术相结合,可实现对动物/植物组织和细胞中的蛋白质和内/ 外源性代谢物的种类、含量和空间分布的精准测定,经过研究人员不断地丰富与发展,逐渐形成了“MALDI成像-空间多组学”综合性分析策略。

布鲁克公司于今年的ASMS会议上推出了一款全新的、MALDI成像质谱仪 –— neofleX™ MALDI TOF/TOF。neofleX™专为质谱成像而设计,采用布鲁克顶配的smartbeam 3D激光器,保证了高灵敏的 “方形像素点”MALDI成像采集能力,同时配备了全新的增强型成像检测器,可实现持久稳定、高可重现的质谱数据采集性能。neofleX™还配备了多分子维度空间组学解决方案,可实现组织内靶标蛋白质、聚糖分子、代谢物、脂质、内源性多肽、外源性分子、以及RNA/DNA的MALDI成像空间表征,以实现每一帧像素分子信息的最大化。

在本实验中,我们将从一块结直肠癌样本出发,通过neofleX™获取脂质、蛋白质等多种分子的空间表达谱,并将其与组织形态学图谱相匹配,进而获取了跨技术维度的整合信息。

图1: 空间多组学分析流程(多分子维度 & 多模态整合)


实验部分

experiment

将收集到的人结直肠癌样本制备成厚度为10μm的切片,随后附着到IntelliSlides®导电载玻片上。利用HTX M3+基质喷涂仪喷涂DHB基质,通过neofleX™ MALDI TOF/TOF进行正离子模式的MALDI成像数据采集。质量范围是m/z 500-1100,raster width采用20µm。采集前利用红磷标品进行仪器校准, 采集中开启“online calibration”功能模块、依据已知的内源性脂质分子进行实时在线校准。对结直肠癌样本切片实施MALDI HiPLEX-IHC工作流程,采用了14通道质量标签用于抗体染色(图3给出了部分靶标蛋白质的成像结果)。MALDI成像产生的OME-TIFF文件直接导入到SCiLS™ Scope软件中以实现空间可视化分析。MALDI成像后的切片经过H&E染色后,置于Hamamatsu nanozoomer之下以获得高清的显微图片。空间多组学与多技术模态的数据整合、统计分析及空间可视化呈现均在SCiLS™ Lab 2024b软件中完成。

结果与讨论

result & discussion

图2中的两个列表为正离子模式下、MALDI成像所获得的脂质分子信号及相应的分子注释结果,包括质荷比、脂质的名字、离子加合形式及相应的分子式。所有的分子注释结果均经过了高分辨timsTOF fleX质谱仪一级谱图及二级谱图的验证。图2右展示了三个脂质分子PC 30:0、PC 32:0和SM 40:1;O2的离子成像热图。可以看到,三个分子在结直肠癌样本切片上具有显著的差异性空间分布。

图2: MALDI成像实验获得的脂质分子注释结果及三个代表性脂质的离子成像热图

图3A为SCiLS™ Lab 2024b所展示的多模态成像数据的多重叠加图片(overlay)。蓝色通道代表脂质分子PC 30:0;黄色通道代表CD68,作为巨噬细胞标志物,它可以描绘出免疫细胞的浸润区域;红色代表PanCK(肿瘤的标志物),用以描绘肿瘤区域。叠加图的最底层为H&E染色图片。通过调整上述各个颜色通道的“空间表达强度”,可以同时呈现出多种类型分子在病理区域的空间表达特征及潜在的共定位关系,从而找出它们在空间上的关联性。图3B、3C为局部放大图,与图3B相比,图3C采用了90%的透明度,将分子的“空间表达”部分地隐藏起来,这样可以更好地查看组织的形态学特征。对比图3B与图3C,可进一步观察上述分子在空间表达上与特征组织微区的相对位置关系,从而揭示其背后“隐藏”的生物学意义。

图3:结直肠癌样本的脂质成像、双通道靶标蛋白质成像及H&E染色图片在SCiLS Lab 2024b中的整合分析结果。

图4为亚铁血红素(Heme)成像热图、肌动蛋白质(Actin-alphaSM)成像热图与H&E染色结果的三重叠加图片。图片经过40-倍放大,可以清晰地呈现出血管的截面。红色代表亚铁血红素分子,集中地分布于血管的内部;绿色代表肌动蛋白质分子,主要分布于血管的外壁。

图4:结直肠癌样本多模态成像数据的40-倍放大图片。


结论

conclusion

布鲁克的neofleX™ MALDI TOF/TOF空间成像质谱仪具有顶级的激光器及增强型检测器配置,专为MALDI成像-空间多组学而设计。与多模态成像技术相结合,将空间蛋白质组学数据与脂质分子成像结果及H&E染色的空间特征信息相结合,进而实现了跨分子尺度、跨技术维度的综合性空间成像分析。本实验作为将空间多组学与多模态数据进行关联的技术探索,希望它能成为空间生物学及转化医学研究的补充工具。


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布鲁克质谱
布鲁克公司质谱部事业研发生产各类先进质谱,主要包括: timsTOF、MALDI-TOF、QTOF和MRMS等。同时,我们还开发了蛋白质组学、代谢组学、生物制药、质谱成像等一系列解决方案和软件产品。
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