抵押条款当然有效，借条当然也有效，但问题是你的抵押权并未设立，就是关于物权的担保作用未发生效力。
所以你这个问题其实并没有表述清楚，在法律上有效和生效是两回事，如果只有约定的内容，只要不违反法律的规定，是当事人的真实意思表达，一般自合意达成时起就有效了。但是物权的担保并未产生效力，没有设立，所以不能发挥作用。
01
借条为什么有效？
首先，借条是民间借贷合意达成后，书写的载明借款信息的合同行为，虽然内容简单，一般借条由借钱的人书写并签字，上面可以体现出他主观借钱的意图，在发生纠纷时法院会反推理，用质疑的态度问你“你没有给人家借钱，你为什么要打借条”？
其次，就你所描述的情况，是想在借款合同上增加一担保条款的行为，但是因未完成抵押生效的全部程序，所以这个条款未生效，但这本身并不影响借条的效力。
02
房屋的抵押权设立要经过房管部门登记才能设立
虽然你们关于房屋抵押权的设立达成一致意见，朋友也把房产证给你控制，但是借条上面的抵押权并没有设立。
房屋抵押权的设立要经过有关部门在产权上做抵押登记， 这样才会发生抵押权的设立，之前的一切行为充其量能说是达成房屋抵押合计，但是没有设立权利。
如果朋友有其他纠纷，其他人申请强制执行他的财产，你并没有优先受偿权，因为官方没有认可你的抵押行为，一切都是白搭。
03
数额不多的借款没必要办理抵押，程序麻烦，不如叫他找一个有财产的人做人的担保
物的担保看起来效果很好，自己也放心，但是好多时候因为程序瑕疵没有发生效力，并不能请求实现担保的权利，所以不如协商人的担保。
协商第三人为借款合同担保，要注意的是：
首先第三人要有财产能力，要有担保的民事能力。
其次要将第三人的担保，写为愿意为债务承担连带责任保证，这样发生纠纷时你可以直接起诉担保人。
最后，人的担保有一个保证期间的限制，所以在发生纠纷后不要忘记及时向保证主张承担担保责任。
结语
朋友之间的借钱，有时候碍于情面不得不借，但借的时候朋友还会以什么证之类作担保，但这些基本不用，比如，房屋、车辆、股份等都需要进行登记，才会发生担保的作用。
所以在协商借钱的时候，就要把话说清楚，我可以帮你，但是该走的程序我们要走完，也不是我不相信你，只是这样才会让我的配偶更加放心，这才是最正确的处理方式，避免不必要的麻烦，将来才有继续做朋友的可能。
