科研神器,MedeA魔法工具箱助您抢占先机!

科技   2025-01-23 17:01   上海  

在科研的浩瀚星空中,每一步探索都离不开精准的工具和高效的方法。MedeA作为一款多尺度材料模拟平台,凭借强大的计算能力和直观易用的界面,为用户的科研创新提供强有力的支持。我们特别推出【MedeA魔法工具箱】系列,旨在推广MedeA软件中各种实用小技巧,涉及建模、快速性质预测、流程图、作业管理等各方面,接下来一起回顾这些内容。


精准建模,洞悉分子世界



分子内坐标

MedeA推出了批量修改分子内坐标的功能,可以通过移动滑块直接输入的方式任意修改各项键长、键角和二面角数值。当鼠标置于选项上时,分子体系对应位置会高亮显示,操作方便且直观。



快速预测分子性质

对于我们创建好的分子,MedeA中内置QSPR(构效关系)Tools模块,能在MedeA中依据自己设定的描述符,创建构效关系模型,预测分子性质。



常用掺杂工具

空位掺杂:

Edit菜单中的Find Empty Space功能可以用于寻找体系中的空位,以不同颜色显示,并输出空位半径、配位数和坐标。右键对应的空位还可以直接插入掺杂原子。



随机取代掺杂

Builders菜单中的Random Substitutions功能可以进行随机取代掺杂,将某种/某主族。某周期/某子集的原子替换为目标原子或缺陷位。可以批量生成多个备选结构,生成结构列表。


取代掺杂搜索:

Builders菜单中的Substitutional search功能可以进行随机取代掺杂,将特定数量的某种原子替换为目标原子或缺陷。结果区域会输出不同取代程度的(比如下图1-4个Ti原子)所有可能性,并输出对应的分布概率、对称性、取代原子距离等相关参数。




批量修改,智能化并行计算



批量修改原子电荷

批量调整各原子所带对的电荷操作方法:

选择其中一个待修改的原子,修改FF Charge:



然后右键,点击Copy FF Charge



再选中所有同类型原子(可以用Ctrl和Shift按键简化连选操作)



右键,点击Paste to FF Charge



这样,同类原子的电荷就批量修改好啦,其他类型原子也可以使用同样的操作批量设置电荷。


智能化批量计算

MedeA软件中的很多模块都支持自动提交多任务作业,即一个作业(job)可能会包含几十甚至上百个计算任务(task),如声子模块Phonon、力学热力学模块MT、拉伸剪切模块Deformation等,其目的都是为了方便用户,节省时间,以达到智能化批量计算的目的。


MedeA流程图中,以添加Mechanical Properties组件为例,勾选Run different strains simultaneously,20个task可以并行,大大减少作业总耗时。当然,也可根据自己的计算资源来设置同时并行的task数目。


个性化显示组件颜色

当需要从多个名字相同的组件中标注其中某个,对该组件右键,选择Color,即可修改颜色。



如复杂作业流程个性化显示:




MedeA魔法工具箱中更有一键读取作业参数、一键打包作业、超清作图技巧等。


因篇幅有限,更多内容请点击下方标题标题查看详情:

√ MedeA魔法工具箱 | 提升作业管理体验小技巧(上篇)

√ MedeA魔法工具箱 | 提升作业管理体验小技巧(下篇)

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√ MedeA魔法工具箱 | 操作技巧再进阶,科研效率从容提升!

√ MedeA魔法工具箱 | 关于分子的这些隐藏操作,你知道吗? 


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