1
PCFF+力场适用于哪些体系?
PCFF+为有机力场,适用多种有机体系,包括针对常见阴阳离子、水分子以及酮类、碳酸酯等有机物体系。
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请问LJ力场参数的指令是什么?
LJ(Lennard-Jones)力场,使用“pair_style lj/cut”命令,指定一个截断半径;使用“pair_coeff”命令设置特定原子类型间的势函数参数。
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请问MedeA如何生成LAMMPS格式的文件,例如轨迹文件?
MedeA LAMMPS计算流程中,NVE/NVT/NPT系综中,先设置Trajectory数值,然后勾选Add LAMMPS native format选项。计算结束后,会生成LAMMPS格式轨迹文件。
4
请问CI-NEB计算得到中间点能量比初态、末态低,是什么原因?
中间点能量低于初态、末态,可能原因:
(1) 初态、末态之间至少存在一个极小点;
(2) 初态、末态不是稳定结构,建议提高精度(如ECNUT、K点等)重新优化初态、末态;然后再计算过渡态。
5
请问MedeA VASP中如何查看已经结束的作业计算界面?
打开MedeA VASP参数面板,点击Restore from job,选择对应作业后,选中VASP.out即可查看计算参数。
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请问Langevin热浴的LANGEVIN_GAMMA、LANGEVIN_GAMMA_L、PMASS参数需要调整吗?
需要调整。建议先计算一段时间,看效果进行调整。注意被固定的原子LANGEVIN_GAMMA=0。LANGEVIN_GAMMA_L太大的话,会导致晶格自由度受到限制;太小会导致变化太剧烈可能出现预期外的结构。
注:部分问题来源于网络论坛,如侵则删。
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