问题集锦 | VASP & MedeA第94期

科技   2024-12-16 17:00   上海  

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关于机器学习力场(MLFF),请问:(1)可以用训练得到的MLFF进行结构优化吗?(2)用了某个泛函训练的力场,后续引入别的结构继续训练力场是否也要用同一个泛函呢?(3)bulk体系训练的MLFF,能用于slab计算么?

(1)可以用训练得到的MLFF进行结构优化。

(2)建议采用同一个泛函,另外训练MLFF过程中,尽量保证截断能、K点(K点可用Auto方法设置)等参数一致,保证训练集数据可信。

(3)Bulk体系训练的MLFF,可用于slab计算,但是由于没学习到slab表面的局部化学环境,结果会不准确。如需准确结果,建议在bulk训练好的MLFF基础上,再训练slab所需的MLFF。



2


请问AIMD中Nose mass怎么设置呢?

MedeA VASP的Calculation面板,计算类型更换为Molecular Dynamics,Nose mass中设置,数值不得小于0。Nose mass空白处点击右键 → Help,会有更详细说明。



3


请问怎么计算体系G点处振动频率?

MedeA VASP的Calculation面板中,Type of Calculation选中Single Point,然后Properties中勾选Zone center Phonon。



计算结束后,在Job.out文件中会输出振动频率:




4


请问MedeA中有没有随机取代原子功能?

有随机取代功能(Random substitution)。Builders → Random substitutions

随机取代面板中,可用百分比或任意数目原子被其他原子或空位取代,也可根据需求创建多个随机取代结构。



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用LAMMPS计算SiO2非晶体系,计算正常结束,但没有轨迹文件,请问轨迹文件如何获得呢?

LAMMPS计算结束,没有轨迹文件原因,没有保留运动轨迹。需要在NVT或NPT系综中,Trajectory设置数值,保留运动轨迹



LAMMPS计算结束后,去相应的stage文件夹中,会有Trajectory.xyz文件




6


请问K点一般依据什么来估算?

通用:k1*a≈k2*b≈k3*c(α=β=γ=90°);要是体系比较大(a、b、c均大于10埃)K点可设为(1 1 1);对于表面体系,Z轴方向有真空层,C较大,k3取1即可。通常对k点需求,金属>>半导体、绝缘体;块体>表面。



注:部分问题来源于网络论坛,如侵则删。


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