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VASP-Q&A
1Q：用VASP复现MLFF算例（INCAR、POSCAR、ICONST文件相同），采用相同计算步数计算，后续分析压力分布图，发现体系压力并未平衡，请问是哪里出现了问题呢？
A：从MD计算中获得有意义的系综平均值，前提是体系必须处于平衡状态。然而复现算例用的原始INCAR文件，提高了温度（TEBEG = 200；TEEND = 500）导致体系无法处于平衡状态，温度参数设置会不断向体系输送能量，因此时间平均值没意义。尽管控压器试图调整晶格以达到所需压力，但不会成功，恒温器会不停加热体系。
建议关闭升温并设置固定恒温，统计平均压力，适当平衡体系（如检测能量、温度、晶格参数等不再漂移），再看平均压力。需注意：小体系（几十到几百个原子）想要实现低误差平均压力比较耗时，因为压力波动巨大，需要较长模拟时间才能得到时间平均值。建议增加原子数量如一万个，延长模拟时间，但计算资源较昂贵。
2Q：请问针对两种不同原子形成的界面在VASP里面训练一个机器学习力场，应该用什么步骤？
A：首先针对其中一种原子所属的晶胞进行机器学习力场训练，在此基础上加入另一种原子的晶胞继续训练，然后再加入两种原子形成的简单界面。在使用该力场之前，最好先进行Benchmark，用DFT和MLFF分别计算若干结构的能量，看看误差是否在合理范围内。
3Q：请问VASP计算中涉及同位素，如何修改POTCAR？
A：MedeA VASP计算同位素，修改POTCAR步骤如下：
（1）同位素影响原子核的质量，需要修改体系原子质量，以Fe晶胞为例，选中体系中相应Fe原子，右键 → Atom → Edit Atom，修改Mass数值，此处由55.847改为60；修改好后点击Apply
（2）调出VASP计算面板，点击Add to Input，在此加入修改后的POTCAR文件。
注意：需要添加“Begin input file: POTCAR”和“End input file: POTCAR”两行，在两行中间添加修改后的POTCAR文件。
下图是Fe晶胞修改后的POTCAR，POMASS=60；即为修改后同位素质量
4Q：请问针对层状材料训练VASP中机器学习力场，研究它在不同温度下性质，需要准备哪些结构作为训练集呢？
A：需要以下结构：（1）层状结构x、y方向拉伸/压缩不同比例的结构；（2）层状材料缺陷结构和扭曲结构；（3）不同温度下的分子动力学模拟轨迹。
5Q：请问如何设置能带计算K点？怎么确定能带计算的总K点数目？
A：（1）MedeA VASP中Band structure面板，勾选Manual define the path，MedeA VASP自动匹配最佳高对称点，也可手动设置能带高对称点。
（2）能带计算K点总数目：图中右侧Line segments之和+1；图中能带计算K点总数为39。
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LAMMPS-Q&A
1Q：请问用MedeA LAMMPS模拟能得到配位数曲线么？
A：可以。操作步骤如下：
（1）先把想要分析的两组原子（例如Si和O）分别设置为subset，然后再LAMMPS流程图中NVT或NPT阶段点击Analysis面板，添加PairCorrelations
（2）Subset 1和Subset 2分别选择之前设置的Si和O的subset
（3）参数设置好后，提交作业计算。计算结束后，在LAMMPS对应的Stage文件夹里找到PairCorelation_all_x.out（x是数字序号），第二列是距离，第四列是配位数，作图得到配位数曲线，类似下图所示
2Q：请问LAMMPS作业中出现报错“ERROR: fix npt/nph has tilted box too far in one step - periodic cell is too far from equilibrium state”是什么原因导致的？
A：报错的原因是在模拟过程中晶胞在一步之内发生了较大的体积变化。一方面，可能是因为时间步长设置偏大，比如一般ReaxFF力场的话，0.1-0.5fs步长比较合适，如果设置1fs可能会导致一步内结构变化太剧烈；另一方面，也可能是初始结构或力场不合理导致的，建议排查是否存在问题，或先试着做一个能量最小化看看能否得到一个更稳定的初始结构。
3Q：请问如何检测NPT系综中密度变换？作图时有什么办法让曲线更平滑？
A：在NPT系综对应的Stage文件夹里找到instantaneous.txt，第6列为体系密度随时间的变化。
作图让曲线更平滑，可以仅对体系平衡后的时间段作图，也可在作图是适当稀疏地取数据点。
4Q：运行LAMMPS模拟，遇到报错Atom type ‘?’ does not exist in forcefield ‘pcff+’怎么办？
A：体系中存在pcff+力场不识别的元素导致的。建议打开atom spreadsheet确认哪些原子原子对应的atom type是“？”，然后手动指定原类型，若指定原子类型不成功，则建议更换更合适的力场，直到没有类型为“？”的原子。如下图确认FF atom type
5Q：在文献中看到Tdamp参数，请问这个参数在MedeA LAMMPS哪里修改？Tdamp是什么含义？
A：Tdamp是分子动力学中热浴质量相关参数，双击NVT/NPT系综即可修改。推荐值是时间步长的100倍。
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MedeA-Q&A
1Q：请问Ru(0001)面如何切？
A：Ru(0001)实际上是Ru(001)面，（0001）是四个指数（h k I l），这四个指数不是完全独立的，i=-(h+K)，因此切Ru(001)面即可。
2Q：请问如何把整个体系中的双键碳设置为一个Subset？
A：首先选择一个合适的力场（例如PCFF+）用来给这个体系分配原则类型和电荷，然后激活体系，点击右键 → Subset → Create；点击Add new criterion，选择Forcefield atom type，输入“c=”，点击Apply，这样就能将体系中所有双键碳原子设置为一个subset了。
3Q：想针对体系中一部分原子进行随机取代，请问如何操作？
A：（1）选中这部分原子，右键 → Subset → Create subset from selection，将它们创建subset；（2）打开菜单中Builders → Random substitution，选择筛选标准为“atoms whose subset”，在后面的方框中填上第一步创建的subset，并按需设置其他参数，点击OK，即可进行随机取代。
4Q：请问MedeA中氢键显示的粗细能调节吗？
A：可以调节。可通过两个按钮，调节氢键显示。
5Q：请问用Thermoset Builder模块计算后，哪里可以读取交联度？
A：Job.out中读取GelNunConnections_calc，即可获取交联度：
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