问题集锦 | VASP & MedeA第93期

科技   2024-12-11 17:00   上海  

1、运行LAMMPS模拟,遇到报错Atom type ‘?’ does not exist in forcefield ‘pcff+’怎么办?


体系中存在pcff+力场不识别的元素导致的。建议打开atom spreadsheet确认哪些原子原子对应的atom type是“?”,然后手动指定原类型,若指定原子类型不成功,则建议更换更合适的力场,直到没有类型为“?”的原子。如下图确认FF atom type




2、请问MedeA VASP中可以读取自己写的POTCAR吗?

可以。在MedeA VASP的Add to INPUT面板将POTCAR写入即可,具体写法见下图:


注:POTCAR中元素顺序需与POSCAR中顺序一致。



3、请问如何设置能带计算K点?怎么确定能带计算的总K点数目?

(1)MedeA VASP中Band structure面板,勾选Manual define the path,MedeA VASP自动匹配最佳高对称点,也可手动设置能带高对称点。



(2)能带计算K点总数目:图中右侧Line segments之和+1;图中能带计算K点总数为39。



4、请问在非磁性体系的Slab中加了一个磁性原子,MedeA VASP中Magnetism提示non-magnetic,请问这样的体系有没有磁性?若是考虑磁性怎么设置?

体系应呈现非磁性,因为单个原子磁性对整个体系影响有限。建议对比分析:(1)体系整个不考虑磁性,正常计算;(2)考虑磁性计算。选中磁性原子,右键 Atom → Edit,在Magnetic moment中设置磁矩,其余原子不设置,然后提交计算。




5、请问计算之前,怎么知道Fe,Co,Ni等原子磁矩?

建议查参考文献,文献Method部分会有明确说明;其次若有实验值,建议设置磁矩为实验值的2-3倍。



6、文献中指定了体系的电荷,跟MedeA自动分配的不一致,请问如何调整呢?

参考文献中的数值,到Atom spreadsheet中,选中待修改的原子,修改FF Charge:


若批量原子修改电荷,请参考以下链接:“MedeA魔法工具箱| 操作技巧再进阶,科研效率从容提升!(点击阅读原文) 。


注:部分问题来源于网络论坛,如侵则删。


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