Abstract
摘 要
2024年11月9日，中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所刘昶课题组团队在植物线粒体基因组研究领域获新进展，相关成果以PMGA: A Plant Mitochondrial Genome Annotator为题，发表在Plant Communications。
https://doi.org/10.1016/j.xplc.2024.101191
研究背景
Background
研究内容
Contents
为了解决这些问题，刘昶课题组开发了植物线粒体基因组注释工具PMGA（http://www.1kmpg.cn/pmga/）。研究团队首先构建了三个参考数据集；其次，集成了第三方工具以注释植物线粒体基因组的基础和高级特征。在构建了这三个数据集后，研究团队开发了两个功能模块来注释植物线粒体基因组。模块1注释了基因组基础特征，包括蛋白编码基因（PCGs）、RNA基因、线粒体质体基因（MTPT基因）和重复序列；模块2注释了RNA编辑位点。
1、输入。PMGA的输入为FASTA格式的完整线粒体基因组序列，可以允许输入是一条或多条序列（同一个个体）。多个序列会被连接成一个序列进行注释。
3) 319 Mitogenomes：包含319个植物线粒体基因组的参考基因序列，仅基于多重序列比对校正。
3、分析模块。PMGA有两个模块。模块1包括四个子管道（SP），分别注释PCGs（SP1）、MTPT基因（SP2）、rRNA和tRNA基因（SP3）以及重复序列（SP4）。在SP1中，PMGA调用MAKER工具，根据数据集1或2中的序列识别所有PCGs的外显子，由用户指定。在SP2中，PMGA调用CPGAVAS2工具识别MTPT基因。在SP3中，PMGA调用BLASTn工具识别rRNA，使用ARAGORN和tRNAscan-SE工具识别tRNA基因。在SP4中，使用MISA、TRF和Vmatch工具识别重复序列。模块2是通过调用Deepred-mt深度学习算法来预测RNA编辑位点。
PMGA可在线访问：http://www.1kmpg.cn/pmga/
源代码以singularity容器的形式发布于Figshare: https://figshare.com/articles/software/Source_code_of_PMGA/27201798
本项工作，中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所为第一通讯单位，中国医学科学院药用植物研究所博士研究生李京凌为论文第一作者，药用植物研究所生信中心副主任刘昶研究员为通讯作者。药用植物研究所陈海梅副研究员，博士研究生倪阳，硕士研究生陆骞淇参与了此项研究。该研究得到了中国医学科学院医学与健康科技创新工程（2021-I2M-1-022）的资助。
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