G09安装实践教程(VMware+Linux (Ubuntu)+G09)

其他   2023-01-01 18:05   上海  


为什么要安装g09呢?为什么还要安装linux系统的呢?

1. 有时候要计算某些分子的吸收谱或者结构大小,来印证某些猜测。送样出去分析这些分子的吸收谱需要准备分析的纯品物质太麻烦,其次是这些简单计算普通电脑就完成,搭好软件后自己算也简单。

2. 我的Win11不支持Win版的g09,安装成功,但一跑就报错,贼恶心。

原因是:

某大佬发现XEON v3(对于v4等其它型号可能也有)系列的一些CPU运行win32版Gaussian09/16时会失败,这应当是CPU和程序兼容性的原因,目前没有发现好办法解决(不过这不是什么大问题,一般也不会有人用几十核的服务器去跑win32版Gaussian)。

来自http://sobereva.com/439


 

VM虚拟机的安装


在安装过程也是不平坦。安装完VMware 15后,系统报错说着这版本会危害系统安全,需要使用新版本,且打开不了安装好的VMware 15。继而我打算安装VMware的更高版本,因此在网上找到了VMware 16,并成功安装,以下是安装方法(我安装时未截图,以下步骤与图片来源于网络,但过程是正确的) 


一、在网上下载最新版的VM虚拟机软件安装包,双击打开。


二、按照提示点击【下一步】。


三、如上图,可以点击【更改】,自定义软件的安装位置。

个人建议不要勾选下面两个用户体验设置


四、设置完毕点击【安装】即可。


五、软件安装可能需要几分钟,请耐心等待,安装完毕会有提示,点击【许可证】。


六、输入密钥(下面随便挑一个),点击【完成】

MC60H-DWHD5-H80U9-6V85M-8280D

4A4RR-813DK-M81A9-4U35H-06KND

NZ4RR-FTK5H-H81C1-Q30QH-1V2LA

4Y09U-AJK97-089Z0-A3054-83KLA

4C21U-2KK9Q-M8130-4V2QH-CF810


七、打开VMware,点开【帮助】 【关于VMware Workstation 17 Pro

可以看到许可证信息为永不过期



 

安装Linux系统-Ubuntu


下载Ubuntu,Ubuntu为开源系统

下载官网 https://cn.ubuntu.com/download

里面有许多版本,直接点击【Ubuntu桌面系统】进去,下载最新版即可。


风味版也行,风味版是一种特别的方式来体验不同默认应用程序、设置的Ubuntu,点进去可以看不同版本的区别。我第一次进去就下载的里面的“Ubuntu Kylin”版,简介是说更符合中国人的习惯,但装完后Linux莫名只剩2GB内存(我给了它40 GB空间,它就是用不了),最后删了重新安装的普通版本。


以下为安装步骤:

一、打开虚拟机,点击【创建新的虚拟机】


二、选择典型或自定义,点击下一步。(我选择的典型)


三、点击【浏览】,选中需要安装的Ubuntu系统,点击打开。此时提示已检测到Ubuntu 64位 22.04.3(可前往官网下载最新版),点击下一步



四、输入安装信息,所有方框都要输入,点击下一步。建议安装信息填写简单点。


五、选择虚拟机位置,注意该硬盘需要有较大的容量,建议至少要有50GB的剩余容量


六、默认设置,点击【完成】。也可以点【自定义硬件】来更改参数,但最低参数应匹配Linux系统的要求。

这是我打算安装版本需要的虚拟机提供的配置。


七、开始安装系统,自动安装。最后如界面所示。



 

设置“共享文件夹”


此项非必须,主要目的就是方便虚拟机内外的文件传输,用SSH或者其它方式都行。


一、点击【安装VMware Tools】,然后按照提示操作就行。


二、 如果已经安装完成,则【重新安装VMware Tools】为灰色,点击【设置】,点击【选项】,按图设置【总是启用】,再点击【添加】,加入你想设置的文件夹作为共享文件夹。


三、Linux下共享文件夹的默认路径为 /mnt/hgfs。所以右击再点击【Open in terminal】,打开终端,cd /mnt/hgfs 进入到共享文件夹下, ls 查看刚设置好的共享文件夹是否显示


如若不显示,进行以下操作:如果没有权限可用sudo获取。

1:输入命令 apt-get install open-vm-tools  #安装工具

2:输入命令 vmhgfs-fuse .host:/ /mnt/hgfs  #完成设置

设置完成后,cd /mnt/hgfs 进入该目录下ls查看共享文件夹是否显示,或者重启cd /mnt/hgfsls查看。



 

安装Linux版G09


一、Gaussian的安装

假设当前用户名是JP,要把Gaussian安装到自己的主目录下,安装过程为:把Gaussian压缩包解压到/home/JP/目录下(三选一),以安装包的格式为主。

cd /home/JP

tar –xvf压缩包名.TGZ

tar  –xvf压缩包名.tar

unzip 压缩包名.zip


解压完成后会出现/g09的目录,此时可以建立一个文件夹用于储存Gaussian运行过程中产生的临时文件,位置随意。比如建立/home/JP/scratch。也可直接用鼠标像windows系统一样建立文件夹,也可打开终端用代码建立。

cd ./home/JP

mkdir scratch


用vi文本编辑器打开/home/JP/.bashrc

cd ./home/JP

vim .bashrc

如果没有安装vim编辑器,则会弹出需要安装该编辑器的提示,按提示输入安装的代码就行(直接复制那个提示代码就行,就是sudo apt-get install vim

其实,如果是root管理员,则主目录是/root/,建议输入以下代码(而非上述两行)首先返回最初目录,进入/root目录后,输入

vim .bashrc


在里面加入以下语句然后保存文件。先光标下滑至底部,按 i进入编辑模式,输入以下代码:

export g09root=/home/JP        #若g09root没设对,会出现报错,应当设为g09所在目录,而不是g09目录本身

export GAUSS_SCRDIR=/home/JP/scratch

source /home/JP/g09/bsd/g09.profile


其中,g09root环境变量用来说明gaussian目录被放在了哪个目录下。GAUSS_SCRDIR环境变量用来说明哪个文件夹作为临时文件夹。source命令用来执行Gaussian自带的脚本文件,其中包含了各种配置gaussian运行环境的命令。

输入完成后,摁键盘【Esc】,再输入 :wq即可,代表保存+退出。


以下非必须,可选:Gaussian目录下的Default.Route用来设定默认用的计算资源(如果没有此文件就新建一个),-M-设置默认用的最大内存量(一般用MB或GB为单位),-P-设置默认用多少CPU核数来并行计算。比如我们想默认用1个核心、最大1GB内存做计算,就在/home/JP/g09/Default.Route里面写入以下内容

-M- 1GB

-P- 1

如果输入文件中也没有设置运行内存和内核,那么G09最多用256MB内存,G16最多用800MB内存。但我是为了省事,在输入文件中就设定好了。

注意:如果你是在Win下用Gaussian View建立gjf输入文件,记得在设置这块“Full Path”不要打钩,不然会报错(听某个教学视频的大佬说的)


最后,切换到/home/JP/g09/目录,运行chmod 750 -R*命令,之后Gaussian就可以使用了。这里-R *代表对当前目录下所有文件和所有子目录下的文件都设置权限(两行代码二选一)。

chmod 750 -R *

chmod -R 750 $g09root

如果没有输入上述代码,有几率出现以下情况:

运行时提示files in the gaussian directory are worldaccessible. this must be fixed这说明你没做设置权限这一步。Gaussian如果发现其可执行文件对于所有用户都可以访问时就不干,这是Gaussian的一个莫名其妙、很固执的地方。 


友情提示:默认情况下,当Gaussian任务运行中途中断,在GAUSS_SCRDIR环境变量设的临时文件夹里就会残留当前运行时生成的临时文件,文件名是任务的pid号。日积月累,可能此目录下的残留的临时文件体积会巨大,把硬盘占满,导致之后的各种Gaussian任务运行一开始就失败。因此,建议定期把临时文件夹里的内容清空,但不要在有任务运行的时候清理(或者,至少清理的时候别清掉当前任务对应的临时文件。用top或ps命令可以查看pid号)。


二、 在Linux下运行Gaussian

这里顺便提一下Gaussian在Linux下的运行方法。常见有以下几种,gaussian输入文件test1.gjf

g09 < test1.gjf > test.out(信息都输出到test1.out里。末尾可以再加上&令任务在后台运行)

g09 < test1.gjf |tee test.out (信息输出到test1.out的同时也同时输出到屏幕上)

g09 test1.gjf (输出文件将默认为当前目录下的test1.log)

(我通常是在home目录这 ./g09/g09 <test.gjf>  test.out &)

以上面第1种或第3种方式运行时,如果你又想把输出信息在屏幕上不断同步显示了,那么可以运行tail -f test.out

使用SSH远程登录服务器时,如果提交了Gaussian任务,则与服务器连接中断后任务也相应地中断。为了能让任务在断开连接后也能一直在服务器上继续跑完,提交任务时应当写

nohup g09 < test1.gjf > test1.out &

并且退出时要用exit命令先优雅地断开连接,而不要直接关终端。这样任务就会在服务器上继续跑直到完成。


以上就是全部内容。如果有需要本文中使用到的软件,可以回复 G09 即可获取VMware 17和G09的安装包。Ubuntu文件过大且为开源,建议自己去官网下载。

以上软件均来自于网络,亲试可行,仅供学习交流参考。觉得有帮助可以关注、点赞、转发

 

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