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运动有益身体健康，然而其机制尚不完全了解，运动可以重塑多组织器官的转录组，这种重塑是解释运动收益分子机制的枢纽。基因表达图谱在运动转录组研究中十分重要。当前，基于RNA测序技术的转录组研究在运动转录组研究中居于主导地位。由于不同研究涉及的实验对象、运动类型、实验设计和生物信息学分析方法存在极大差异，RNA测序数据与众多其他类型的数据混合存放于通用测序数据库，缺乏预处理结果和样本元信息等原因，导致此类研究数据仍未得到充分利用，仅有少量附带样本元信息的运动转录组数据库。然而，它们普遍存在聚焦特定物种和组织，缺乏对样本元信息检索和筛选的良好支持，将不同技术测得的基因表达图谱混合存放等缺点。
上海体育大学刘龙华、王茹和徐炳祥合作构建了运动相关多组织基因表达数据库Gene expression profiles of RNA-seq-based exercise responses (GEPREP)。该数据库全面收集、详细注释，并统一分析了RNA测序来源的运动转录组数据，构建了易于使用的专题数据库平台GEPREP，相关成果近日发表于《运动与健康科学（英文）》。
[GEPREP的数据概览、结构和特征]
当前版本的GEPREP收录 69 个由RNA测序技术测定的运动转录组数据集，包括 26个涉及人群的数据集和 43个涉及鼠的数据集，共计2126份样本。其中，人群样本包括 977 份（87.2%）骨骼肌和 143 份（12.8%）血液；鼠样本中存在9 种组织，其中骨骼肌（359份，35.7%）和脑（280份，27.8%）占主要部分。人和鼠的研究均关注长期和急性有氧运动。此外，人群研究中还关注了抗阻运动和其他运动形式，而鼠研究目前仅包括有氧运动的相关数据。
[GEPREP统计数据]
GEPREP汇编了包括物种与组织器官类型、疾病与健康状态、运动与其他生活方式干预策略、测序参数等在内的超过30个元数据属性，样本的元数据属性完整度超过80%。对纳入的测序数据，GEPREP均使用相同的生物信息流程进行了重分析和批次效应校正，以最大成都保证来自不同数据集数据的可比性。
与其他运动转录组数据库相比，GEPREP的一个重要特性是其提供了丰富的样本元数据浏览、检索和过滤选项。借助其前端网站（www.geprep.org.cn），研究者可自由浏览样本元信息并筛选所需样本。此外，GEPREP还提供了对常见基于RNA测序的基因表达定量形式（原始比对片段数，TPM值和FPKM值）及批次效应校正后的数据浏览、下载、汇总以及可视化支持。
[GEPREP前端网站的四级结构及主要功能]
作为首个针对RNA测序来源的运动转录组数据库，GEPREP为缺乏多组学和生物信息学研究经验的研究者提供了接触和使用运动转录组数据的机会，有助于推动运动响应的分子机制这一运动生理学核心领域的相关研究。
本文引用格式 🔽
Sun L, Luan J, Wang J, et al. GEPREP: A comprehensive data atlas of RNA-seq-based gene expression profiles of exercise responses. J Sport Health Sci 2024. doi:10.1016/j.jshs.2024.100992.
视频介绍
作者简介
刘龙华，上海体育大学副教授，上海市青年领军人才（海外），硕士生导师，哥伦比亚大学博士后。主要从事运动与肥胖、糖尿病及动脉粥样硬化等慢性疾病的分子机制研究，并进行相应的药物开发。担任中国生物物理学会代谢生物学分会青年委员，中国营养学会运动营养分会委员，担任Frontiers in Physiology审稿编辑，Acta Pharmaceutica Sinica B, Cellular& Molecular Biology, Journal of Cellular and Molecular Medicine等国际期刊审稿专家。
王茹，教授，博士生导师，上海体育大学运动健康学院院长，教育部长江学者特聘教授，获国务院政府特殊津贴，首批“全国高校黄大年式教师团队”主要成员，上海高水平地方高校创新团队“运动与康复”重点创新团队带头人，上海市“科技创新行动计划”优秀学术带头人。主要研究方向为运动健康促进。获上海市级教学成果奖特等奖，获高等教育（研究生）国家级教学成果奖二等奖。
徐炳祥，上海体育大学运动健康学院副教授、河北工业大学生命科学与健康工程学院副教授，硕士生导师；毕业于中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）；拥有数学、统计学、计算机科学、生命科学、运动人体科学等多学科交叉背景；主要研究方向为生物信息学、分子流行病和卫生统计、健康大数据及应用等；主持/参与国家自然科学基金项目3项；发表论文13篇；获国家发明专利1项。现任中国生物物理学会运动与公共健康分会青年理事。
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Journal of Sport and Health Science《运动与健康科学（英文）》是上海体育大学主办、Elsevier合作开放获取（open-access）出版的学术期刊，聚焦运动医学、运动损伤预防与临床康复、公共健康促进、慢病运动干预、身体活动流行病学、锻炼与脑健康、运动生理学、运动心理学、运动生物力学、运动生物化学与营养、体育教育学、中国传统体育与健康等研究领域与方向。中国大陆第一本SCI和SSCI双收录学术期刊，还被MEDLINE、PubMed Central、Scopus等近20个国际主流数据库收录；2023JCR影响因子9.7，学科排名世界第二，位于Q1区（前2%）；2023CiteScore18.3，学科排名世界第三，位于Q1区（前1%）；中科院期刊分区大类医学1区。荣获中国出版政府奖期刊奖提名奖、中国百强报刊、中国最具国际影响力学术期刊、中国高校杰出科技期刊等荣誉。
期刊主页：
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