Cell:李家洋院士团队王冰等揭示独脚金内酯信号感知在低氮抑制分蘖中的关键作用 | Cell Press对话科学家

学术   2024-11-08 17:02   河北  

生命科学

Life science

2024年11月4日,李家洋院士团队王冰研究员等人在Cell Press细胞出版社旗下的顶级学术期刊Cell上发表了题为 “Regulatory Mechanisms of Strigolactone Perception in Rice” 的研究论文,揭示了植物激素独脚金内酯信号感知过程的启动、终止和调控机制,发现低氮通过调控独脚金内酯信号感知抑制水稻分蘖发育,为深入理解植物生长发育的可塑性提供了全新的视角,为实现作物的减肥增产提供了理论依据。该成果是研究团队继2020年在Nature发表独脚金内酯早期响应基因及其信号转导机制后的又一重大突破。


中国科学院遗传与发育生物学研究所博士后胡庆亮为该论文的第一作者,王冰研究员为该论文通讯作者,中国科学院遗传与发育生物学研究所/崖州湾国家实验室李家洋院士对本研究进行了重要指导。本研究得到了国家重点研发计划项目、国家自然科学基金委、中国科学院基础研究领域青年团队计划以及中国科学院青促会的资助。

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独脚金内酯是近年来发现的一类重要植物激素,不仅对植物分枝(分蘖)数目具有重要的调控作用,而且在植物适应低磷、低氮等复杂环境条件方面也发挥着不可或缺的作用。在独脚金内酯信号转导领域,过去十五年的研究发现α/β水解酶DWARF14 (D14)及其同源蛋白是独脚金内酯的受体,与D3、D53蛋白相互作用,从而触发下游信号转导。此前,其信号感知机制存在诸多争议,信号感知过程中的精细调控及其背后所蕴含的生物学意义也一直模糊不清。


研究团队通过系统的生化和遗传实验,对受体蛋白D14的关键氨基酸位点进行了深入分析,全面解析了独脚金内酯信号启动的机制,解决了不同独脚金内酯信号感受模型之间的争议。该团队进一步聚焦独脚金内酯信号感受的终止机制,发现独脚金内酯诱导D14发生泛素化和降解,该过程依赖于D14与D3的直接相互作用,以及N端无序结构域(N-terminal disordered domain, NTD)(图1)。

图1 水稻独脚金内酯信号感受及其在低氮中的作用模型

更重要的是该研究发现D14的NTD结构域存在磷酸化修饰,在水稻分蘖发育调控中发挥关键作用。土壤中的低氮环境增强了D14的磷酸化修饰进而抑制蛋白降解,增强独脚金内酯信号感受。遗传分析证明D14在N端的磷酸化是低氮信号抑制水稻分蘖的重要机制。对D14的磷酸化位点进行精准改良,能够显著降低水稻分蘖对氮肥的依赖性,实现“减氮肥少减分蘖”甚至“减氮肥不减分蘖”(图2)。

图2 D14磷酸化位点突变提高水稻在低氮环境中的分蘖数

作者专访

Cell Press细胞出版社特别邀请论文通讯作者王冰研究员进行了专访,请她为大家做进一步的深入解读。

CellPress:

本文的研究背景是怎样的?



王冰研究员:

绝大部分陆生植物在生长过程中不能移动,植物经过长期的演化和适应,具备了在复杂多变的环境中生长发育和繁衍后代的能力。植物的生长是如何控制的?高等植物如何适应环境变化?是Science杂志125个人类未知的重大科学问题。


作为近年来新发现的重要植物激素,独脚金内酯在调控侧芽伸长过程中发挥重要作用,进而抑制植物的分枝发育。植物对独脚金内酯合成和信号途径的调控可能在分枝发育的可塑性中发挥重要功能。


分蘖作为水稻、小麦等禾本科植物形成的特化分枝,是决定作物产量的关键因素。在水稻中,D14是独脚金内酯的受体,能够以依赖独脚金内酯的方式与 F-box 蛋白 D3 以及抑制蛋白 D53 相互作用,促使 D53 发生泛素化修饰并降解,从而启动下游的信号转导过程。植物细胞究竟如何感知独脚金内酯信号,一直以来都是该研究领域备受关注的热点与难点问题。基于受体复合物结构和体外生化研究,科学家们提出了不同的信号感知模型,存在一定争议。从遗传和生化层面清晰地阐明植物感知独脚金内酯的方式,以及植物如何精准地调控其受体蛋白的动态变化,进而更好地适应不同外界环境,具有极为重要的科学意义。

CellPress:

本研究最让您印象深刻的亮点是什么?



王冰研究员:

本研究的亮点主要有三个方面:其一,我们系统分析了受体蛋白D14的保守氨基酸在形成受体复合物中的功能,通过酵母体系对165个氨基酸位点进行了逐一突变,揭示了独脚金内酯信号感受的启动机制。其二,我们发现在信号启动后D3蛋白直接参与了D14的泛素化修饰和降解,从而终止信号感受。这一过程构成了独脚金内酯信号感受的 “油门” 与 “刹车” 机制,能够精准调控独脚金内酯信号感受的时长和强度。其三,我们发现了D14的磷酸化机制以及N端的无序结构域的新功能。


在这些亮点中,最令我印象深刻的是第三点。因为我们首次发现独脚金内酯信号途径中的组分能发生磷酸化修饰,而且D14的磷酸化能够抑制其自身的泛素化,进而抑制自身蛋白降解。有趣的是,D14的磷酸化主要发生在其N端的无序结构域NTD上,这是一个单子叶植物特有的结构域。我们的研究发现,当NTD 结构域缺失时,D14的降解随之消失,水稻获得了对独脚金内酯更强的感知能力。但令人意外的是,缺失NTD的D14蛋白泛素化水平显著升高了,且泛素化修饰就是介导蛋白降解的类型。为了解释这一违背现有认知的“矛盾”数据,我们开展质谱分析,在D14的互作蛋白中找到了若干26S蛋白酶体亚基,并通过生化和遗传实验发现NTD结构域介导了D14与OsRPN9b亚基的直接相互作用,缺失NTD的D14蛋白能够被D3泛素化修饰但是不能被26S蛋白酶体降解,因此在细胞中积累。该发现说明泛素化修饰和蛋白降解之间存在一个新的调控层次,是植物中未被报道过的机制。

CellPress:

该研究有什么科学意义和应用潜力?



王冰研究员:

从科学意义层面上,我们发现了水稻中独脚金内酯信号感知的激活、终止和调控机制,解决了多年来不同模型之间的争议问题,丰富了我们对植物激素信号转导网络的理解;同时阐明了受体蛋白 D14通过其N端无序结构域和磷酸化调控自身降解的新机制,让我们得以深入理解植物如何巧妙调控独脚金内酯信号感受的持续时间和信号强度,在复杂多变的环境中实现最优的生长发育状态;进一步揭示了低氮信号通过增强D14的磷酸化修饰提高独脚金内酯信号感知能力的新机制,为独脚金内酯信号感知及其在植物发育可塑性中的关键作用提供了新见解。

 

在应用潜力层面,在现代农业生产中,氮肥等化肥的大量投入在提高粮食产量、保障粮食安全中发挥了重要作用,但同时也引发了一系列严重的环境问题。减少农业生产中的化肥投入,实现绿色可持续发展已成为当务之急。本研究发现改变 D14 NTD 结构域的磷酸化修饰,能够使水稻在低氮条件下的分蘖数目接近野生型在中氮条件下的水平。通过基因编辑技术对这些优异位点进行精准改良,有望实现降低氮肥投入而不减少水稻分蘖,对于减肥增产水稻新品种的设计育种具有重要指导意义。

CellPress:

您团队对于该项目后续有哪些研究计划?



王冰研究员:

团队目前的研究已经明确独脚金内酯在水稻对氮、磷等外界环境响应中发挥着重要作用。团队将深入解析在不同环境条件下,独脚金内酯如何精细调控作物发育可塑性以及耐逆抗病性的功能和分子机制。期望通过精准定向改良独脚金内酯的合成、转运及信号转导过程,实现作物产量提升与环境适应性增强的协同发展目标,最终培育出高产、高效、稳产的新型作物品种,为保障全球粮食安全和农业可持续发展贡献力量。

作者介绍





王冰

研究员

王冰,国家自然科学基金委“优秀青年基金”获得者,中国科学院青年创新促进会优秀会员,在植物激素独脚金内酯作用机理以及作物株型和环境适应性调控领域取得系列原创性成果,如阐明了独脚金内酯信号感知的新机制,揭示了独脚金内酯在水稻低氮和低磷响应中的核心功能和作用机理,提高了水稻在低氮、低磷环境中的分蘖数目和产量;突破独脚金内酯信号途径研究瓶颈,系统鉴定了独脚金内酯早期响应基因,发现了新型双功能抑制蛋白;揭示了独脚金内酯与其他信号分子协同调控植物的株型、耐盐碱及抗病性的分子机理。其系统性研究工作为作物产量提升和盐碱地综合利用提供了理论指导和基因资源。以第一或通讯作者在Cell、Nature、Mol Plant、Plant Cell、Annu Rev Plant Biol、PNAS等国际期刊发表论文20余篇。获全国创新争先奖奖牌、第二届优秀女青年奖,担任The Innovation 青年编委、The Innovation Life编委以及National Science Review学科编辑组优秀成员。

相关论文信息

论文原文刊载于Cell Press细胞出版社旗下期刊Cell ,点击“阅读原文”或扫描下方二维码查看论文

论文标题:

Regulatory mechanisms of strigolactone perception in rice


论文网址:

https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0092867424011577

DOI:

https://doi.org/10.1016/j.cell.2024.10.009


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