内蒙古农大张燕军/王瑞军团队发表BMC GENOMICS(IF=4.1)||中卫山羊体型性状的全基因组关联分析

2025-01-29 08:49   北京  
鉴定影响中卫山羊生长性状的关键标记或基因对于育种至关重要。确定与体型增长相关的遗传因素可提高育种效率和经济价值。

近日,内蒙古农业大学动物科学学院张燕军/王瑞军团队在国际著名期刊《BMC Genomics》上发表了题为“Genome-wide association study identifies candidate genes affecting body conformation traits of Zhongwei goat”的研究论文,本研究采用MGISEQ-T7平台对240只(133只雄性;107只雌性)属于不同生长阶段(40天和6个月,以下简称40d和6m)的5项生长性状指标(体重(BW)、体高(BH)、体长(BL)、胸围(CC)、管围(TC))的中卫山羊进行了重测序。开展了全基因组关联研究(GWAS),以鉴定与5项体型性状指标相关的候选基因,为后续研究这些基因的生物学功能奠定基础。

共产生了19.89Tb的原始数据,平均测序深度约为20×。质量控制后,共有15,958,716个单核苷酸多态性(SNP)可用于分析。共获得342个全基因组显著性SNP。其中,在40d和6m两个生理阶段,分别有147个和32个SNP与BW显著相关;1个和4个SNP与BH显著相关;19个和6个SNP与BL显著相关;33个和64个SNP与CC显著相关;34个和2个SNP与TC显著相关。这些SNP被注释到425个候选基因上。最终,共鉴定出39个与骨骼肌发育、骨骼形成、胴体品质和胚胎发育等生物过程密切相关的候选基因,其中ADIPOQ、CCDD39、PTPRT、ZNF215、VRTN、ABCD4、DLST、ADAMTS2、ROBO1、AKAP13、AQPI、SOX2和AHSG被确定为可能控制中卫山羊体型性状遗传框架的重要组成部分,值得进一步研究。我们通过KASP验证了11个SNP的多态性,发现Chr13_g.11,700,438 A>G、Chr15_g.37,120,328 A>G、Chr6_g.7,209,383 C>T、Chr20_g.51277932T>A、Chr19_g.17,078,199 A>G和Chr1_g.79,943,276 C>T在验证群体中显著分型(P<0.001)。

总之,本研究是首次对40d和6m中卫山羊的基因组数据进行分析的GWAS研究,旨在了解生长的分子遗传机制。本研究鉴定了一系列与生长性状相关的SNP和候选基因,这有助于我们开发中卫山羊的产肉性状。

论文链接:

https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-024-11097-1

来源:兽医专业交流


 欢迎投稿!

杂志投稿网站(建议优先采用此方式投稿):

http://xq.aiijournal.com

杂志邮箱:xqzy@caas.cn

投稿电话:010-82106255、82106253

地址:北京市海淀区中关村南大街12号农业信息研究所《中国畜禽种业》编辑部(100081)

关于开展肉鸡育种工作者公益宣传活动的通知
关于开展畜禽种质资源保护利用专题征稿的通知

关于开展马种业专题征稿的通知

畜禽新品种配套系培育及性能挖掘征稿启事

畜禽新品种培育历程写作模版

关于开展畜禽繁殖育种技术专刊征稿的通知

《中国畜禽种业》微信公众号顶刊优秀论文征稿启事

中国畜禽种业
《中国畜禽种业》,国际刊号:ISSN 1673-4556,国内刊号:CN11-5342/S,是中国农业科学院农业信息研究所主办的国内外公开发行的畜牧兽医综合类行业期刊(月刊),已被中国知网收录。
 最新文章