近日，扬州大学动物科学技术学院王梦芝教授团队，联合新疆农垦科学院周平、华中农业大学杨庆勇等团队，在《iMeta》（IF 23.7）期刊发表了题为“The HTIRDB: a resource containing a transcriptional atlas for 105 different tissues from each of seven species of domestic herbivore”的研究论文。该研究构建了目前为止规模最大的设计性的草食动物全组织转录组数据库，旨在为揭示草食动物适应不同环境的演化机制及解读关键经济性状的遗传基础、代谢机制提供数据资源和分析平台。
草食动物因其独特的生物学特性使其能够适应大多数生产环境，并且能够消化利用人类无法利用的低品质饲料原料，生产毛、皮、肉、奶等畜产品，因而在农业生产中发挥着重要的作用。为了将草食动物进一步融入可持续的农业生产中，了解它们的基因型如何与环境相互作用以影响表型是至关重要的。跨物种的全组织转录组数据库，有助于帮助揭示草食动物生物学特征背后的潜在调控机制及关键通路。
研究团队通过标准化的采样方法，获得了总计1,642份来自七种草食动物（牛、绵羊、驴、山羊、马、兔、梅花鹿）、每个物种涵盖105个不同组织样品的自测序转录组数据。此外，还收录了28,710条草食动物相关的高质量公共转录组数据。通过对这一庞大数据集进行统一过滤、处理和分析，构建了草食动物全组织转录组数据库（HTIRDB）。HTIRDB提供了基因表达的电子荧光图示、跨物种/组织的比较转录组、基因共表达网络、可变剪接等分析结果的检索与可视化呈现。此外，还开发整合了一系列用户友好的在线分析工具，包括序列提取（Seqfetch）、比对（BLAST）、GO/KEGG富集分析、比较转录组分析和通路查询等，以帮助研究人员鉴定差异表达基因并预测其功能。截至目前，HTIRDB是可自由访问的最大的设计性的草食动物全组织转录组数据库。其建立将给草食动物转录组相关研究提供便利，有助于揭示不同草食动物在适应不同环境变化的过程中产生的不同生物学特征背后的关键调控通路及作用机制。
扬州大学动物科学技术学院博士后丁洛阳、博士生吴非凡，新疆农垦科学院王逸凡以及华中农大张林娜、罗成方、黄一鸣为论文共同第一作者，新疆农垦科学院周平研究员、华中农大杨庆勇教授，与王梦芝教授为论文共同通讯作者。该研究得到省部共建绵羊遗传改良与健康养殖国家实验室重大项目、科技部十四五重点研发项目，以及江苏省优势学科等资助。
原文链接：
https://doi.org/10.1002/imt2.267
来源：领头羊计划
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