他们来到新监狱以后，正式开启了属于秦城的时代。
这批战犯刚到秦城监狱后不久，从1961年开始，先后特赦了四批战犯（1961年/1963年/1964年/1966年）。因为是一批接着一批的特赦，因此那些还在监狱里面的战犯们，心情也是很轻松的，他们知道迟早会轮到自己，搞不好过一年或者是两年，自己就能上特赦名单了。哪知道，后面事情的发展超出了他们的意料。
1966年，第四次战犯特赦以后，到下一次特赦，居然一等就是九年的光阴。
时间来到1966年，秦城监狱来了一批军管人员，这也就意味着这所监狱正式被军队接管了。而原来的那些管理人员们，境遇好一些的就只能靠边站着看，没有他们什么事；境遇差一些的，每天都要自我反省，写检查，甚至还要参加劳动。
当时，军管人员们统一住在一个地方，在他们住的地方的大门口，有一个白石头垒起来的大标语，上面刻着十个字：千万不要忘记阶级斗争。
当军管人员来到以后，战犯们都不知道发生了什么。起初，他们自己的牢狱生活没有受到什么影响，依旧比较悠闲。反倒是以前管理他们的一些工作人员，他们受到的待遇更像是囚犯。
但是没有过多久，战犯们就明显感觉到了影响。
军管之后的秦城，出了一条新的规定，就是这些战犯们相互之间，不允许在称呼同学，而替代成称呼同犯。从称呼的改变上，张方面就明显感觉到了和之前待遇的不同了。
这一天，战犯们的情绪很低落，甚至有的战犯居然还小声的哭泣，他们并不是为了自己哭泣，而是为了三个曾经的管理员伤心，这是为什么呢？
原来，这一天某个战犯去外面挑水，在路上看到了战犯管理局的三个领导干部住在牛棚里，而且还戴着脚链和手铐。这个战犯回来之后，就把自己的所见所闻告诉给狱友们，在这之前，这三个干部对战犯们特别好。因此，他们是为了那三个管理干部的境遇而伤心。
监狱被军管之后，除了称呼上的改变之外，还让这些战犯们互相之间揭发，每天都让他们写材料、交待之前的问题。
当然，上有政策，下有对策。
一些聪明的人，说自己只是一介武夫，只晓得在战场上拼命搏杀，而面对文字就抓瞎了，有的甚至说自己是文盲。除此之外，他们还有一个态度，就是不管军管人员怎么说，他们都保持，不反对也不支持的态度。
如果组织他们学习，他们就乖乖的学习，也不反抗，如果让他们写材料也是照办。
当然，军管人员也不敢体罚他们，因此面对他们这样的态度，也是有些无可奈何。
秦城监狱刚修建的时候，只有四栋监楼。不过后面又进行了扩建，最后有十栋监楼。
起初，这所新监狱住的都是战犯，但是从1966年开始，陆陆续续有新的人进来，最多的时候有超过500人。和这些新进来的人相比，战犯们的生活可谓是很悠闲的，白天就负责打扫卫生，做一些清洁工作，有时候也会去到监狱后面的农场进行劳动，或者是摘一些花种一些树，要么就是修整一下农田。
而那些新来的人境遇就不好了，每天都要疲于拼命的应付提审。
到了1973年，秦城监狱才开始恢复了正常的工作秩序。
他们日常的小组学习也恢复了，互相之间又可以称呼同学了，除此之外，图书馆和娱乐室也重新开放了，而且他们还可以和家属见面，也可以给家属写信。
1975年，这一年的3月9号，秦城监狱举行了最后一场特赦典礼，在这场典礼上，剩下的293个战犯获得了全部特赦。
