抗日战争进入相持阶段，国民党顽固派在坚持积极反共，消极抗日的方针的同时，对人民群众采取了残酷的政治压迫和经济剥削，致使国统区物价飞涨，经济崩溃，饥鸿遍野，民不聊生，特别是甘肃南部地区的广大回、汉、藏、东乡、撒拉等民族的人民，更是处在水深火热之中。他们极端的穷困潦倒，生活苦不堪言，整日里在死亡线上挣扎。
早在1935年，中国工农红军进入甘南，在这里播下了革命火种。许多有识之士接受了革命思想，为国家和民族寻找出路。时任国民党十四师四九三旅团长的任谦和师参谋长史鼎新、师警备团连长王德一等人准备与八路军、共产党取得联系，待机起义。
他们与爱国进步人士、西安民盟领导人杜斌丞、许权中（中共党员）建立了关系。1940年，任谦派杨景周、赵鹤天赴西安，接受了杜斌丞“要走共产党的道路”的指示。1941年秋，任谦在西安与许权中、史鼎新见面，商定如果潼关失守，陕甘两省便联合起来打游击。
之后，史鼎新与王仲甲、肖焕章等人在临洮木厂以开羊肉馆为名，酝酿农民起义。
史鼎新、王仲甲、肖焕章等人，多次在兰州、临洮商议发动起义之事，并与卓尼县水磨川寺庙活佛、藏族领袖肋巴佛、康乐县回族领袖马福善，以及马子祥、李耀山、范大、王作宾、毛克让、王得一、毛德功等联系积极进行起义的准备。
1943年1月10日前后，马福善、马继祖、吕百元、吕百林、边永祥和马木个等人，率领回、汉农民数百人，在临洮卧龙寺，喊出了“官逼民反民不得不反，若要不反，免粮免款”的口号，打响了甘南农民起义的第一枪。
国民党临洮县县长张德西和保安第四团，急忙派一个中队前往镇压。起义军从边家湾主动撤退，把敌人吸引到西坪，利用有利地形，向敌人发起反攻。在临洮牙下集一带活动的王仲甲、肖焕章等人，带领60多人前来支援，保安队大部被俘，中队长跳入洮河才得以逃脱。
初战胜利鼓舞了起义军，在马福善、马继祖、肖焕章等的率领下，前往临洮牙下集、庙家山等地，消灭了恶霸地主王杰仁、沈进禄的反动地主武装，处死了王杰仁，夺取枪支，开仓济贫，穷苦百姓纷纷参加起义军。
部队经整编后，成立了西北农民抗日义勇军，下辖两个团，马继祖任司令，刘财旺为回民团团长，肖焕章为汉民团团长。
国民党甘肃省保安司令部派保安处副处长胡毓英率十二师一部前往镇压，1月27日到达临洮，兵分3路向牙下集的起义军进攻。经过激战，起义军击溃敌军6个连后，向岷县、陇西、渭源、漳县一带转移，开展游击战。
后来马继祖部转战康乐、宁定等地，另一部由肖焕章带领回到牙下集，与王仲甲部会合，经整编成立3个团，王仲甲任司令，肖焕章、蒲万祥、何建吉等为团长。整编后部队转移到会川一带活动。
2月中旬，卓尼县水磨川一带汉、藏群众100余人，在活佛肋巴佛领导下，举起“饥饿团”旗帜，在临潭县冶力关起义，攻破临潭县城，杀死县长和国民党县党部书记，起义部队迅速扩大到8000多人。
2月27日，临洮北乡毛克让率领100多名农民在马衔山起义，袭击叶家坪飞机场，击溃守卫机场的保安中队，打死中队长；在新添镇袭击敌军火运输队，缴获军火两车；又在马继祖部的支援下，进攻青天镇保安大队，击毙大队长，缴获轻重机枪各一挺，步枪百余支。
3月，安华雄在皋兰率部起义，袭击了皋兰县管辖的西果园汽车站，缴获一批枪支和手榴弹等武器。同月，洮沙（今属临洮）杨华如率部起义，在安华雄部的配合下，在七道岭伏击押送壮丁的敌小股部队，缴枪百余支，解救壮丁数百人。
在这期间，临洮尧店的刘化一、南乡的李德旺、紫松乡的刘鸣、通渭的王子元、陇西、渭源的毛德功、郭化如、榆中的黄作宾、王作宾、水振东等也先后率众起义。
从1943年1月到3月，农民起义席卷甘肃南部的临洮、康乐、陇西、宕昌、会川、渭源、临潭、卓尼、武都、岷县、礼县、和政、洮沙、西固（今舟曲县）和定西、榆中、皋兰、武山、通渭等20余县，还波及兰州近郊的西果园、夏官营、阿干镇等地.
起义军已达3.7万人，有各种枪2000余支，相继在临洮漫山、榆中新营镇、陇西首阳等地会师，并推举毛克让为总司令，王仲甲、马继祖为副司令。
4月，起义军100多位领导人在岷县申都、闾井举行会议，作了4项重要决定：起义军的名称统一为甘肃抗日救国义勇军；设立集团军总司令部，下设路、旅（团）、营、连，起义人员一律佩戴红色臂章；开展“抗兵抗粮”、“分粮食，打富济贫”、“打倒土豪劣绅”等活动；南下松潘茂州割据待机而动，由马继祖率部分起义军，向会宁、海原、固原等回民集聚区行动，联络回民群众，并向陇东发展，沟通与陕甘宁边区的联系。
起义军南下过程中，在岷县蒲麻与肋巴佛率领的2000名藏族起义军会师，起义军又推举肋巴佛为总司令，王仲甲为副司令。接着起义军又在武都县境内与刘鸣和张英杰部会师。随后，起义军领导人在草川崖举行会议，决定将起义军的名称改为西北各民族抗日义勇军，张英杰为总司令，王仲甲为副总司令，刘鸣为参谋，下辖3个路军和一个番兵师（武都起义的王得一部到达后又增编一路），肖焕章、何文远、景兴保分任第一、二、三路军司令，肋巴佛任番兵师师长。会议还决定起义军向武都、成县、康县等地进发，攻占武都，控制陇南。
6月，起义军两次攻打武都县城未克，遂撤回草川崖一带，这时向海固地区发展的马继祖、闵福元、黄作宾、杨华如、毛克让等部，向北发展受阻，便南下向王仲甲部靠拢，起义军约12万之众齐聚陇南，发展到鼎盛时期。
国民党政府对甘南农民起义极为震惊，急命范汉杰为“剿匪”总司令，调集了59师、71师、8师、12师、暂编15师和交通司令部等数十几万正规部队和大批地方反动武装民团，向各支义军进行残酷、血腥的“围剿”和镇压。
4月中旬，起义军在武山滩歌镇一带与敌交战，损失较大，渐渐不支，便分散撤退。王仲甲、杨华如部撤向洛门；马继祖、肖焕章率部撤向临洮；刘鸣部撤过洮河，分别与敌人展开激战。
失去统一指挥和联系的各路起义军，人数虽多，武器却很差，在与武器精良的国民党正规军交战中处于劣势，先后失败。起义军领导人刘鸣、张英杰、黄作宾、王作宾、赵寿山、张守礼、董含贞等先后被敌人杀害，轰轰烈烈的甘南农民起义失败了。
甘南农民起义是甘肃近百年革命斗争史上，声势最大，范围最广的一次起义。
起义失败后，许多人仍坚持着斗争。1944年，肖焕章、毛得功、郭化如、杨友柏、肋巴佛等人带领数十人，组成地下武装，一直坚持到1946年解放战争时期，成为中共陇右工委领导的地下游击队，他们中间的很多人，后来参加了中国共产党。
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