成本低,效果好:新方法LEAP-RBP高效鉴定和分析RNA结合蛋白

学术   科学   2024-07-23 07:30   北京  

本文通过ChatGLM/GPT进行辅助对近期Bio-protocol 期刊发表的方案进行解读和概括,若感兴趣请点击“阅读原文”查看详细的实验流程及试材。如果解读中有任何错误或遗漏,敬请指正

2024年7月20日,Bio-protocol 期刊在线发表了美国杜克大学医学院(Duke University School of Medicine)Christopher V. Nicchitta团队题为“Rapid and Efficient Isolation of Total RNA-Bound Proteomes by Liquid Emulsion–Assisted Purification of RNA-Bound Protein (LEAP-RBP)”的方法文章。

https://doi.org/10.21769/BioProtoc.5236
关键词LEAP-RBP RNA结合蛋白 紫外交联 RNA互作组 RNA结合蛋白谱

RNA结合蛋白(RNA-binding protein)简称"RBP",是一类伴随RNA的调控代谢过程,与RNA结合的蛋白质的总称。RBP伴随RNA生命始终,可以不夸张的说:没有RBP,RNA寸步难行。其主要作用是介导RNA的成熟、转运、定位和翻译;一个RBP可能存在多种靶标RNA;且其表达缺陷会造成多种疾病

RNA结合蛋白(RBPs)对RNA生物学至关重要,催生了多种基于紫外线(UV)交联和RNA富集步骤的方法来鉴定和评估RBPs功能。然而,这些方法在RBP回收的偏见和实验噪声方面存在局限性。为克服这些问题,我们开发了一种名为Liquid Emulsion–Assisted Purification of RNA-Bound Protein(LEAP-RBP)的新方法,该方法通过信噪比指标有效提高了速度、成本效益、效率和选择性,是研究RNA-蛋白复合物的理想工具


  • LEAP-RBP方法能够无偏倚地高效地从生物样本中分离出RNA结合蛋白、RNA和蛋白质。

  • 该方法在全蛋白质组范围内识别RNA交互组和验证直接RNA结合蛋白功能方面具有良好成本效益。

  • 通过使用补充锂的异质溶剂系统,LEAP-RBP为蛋白-RNA复合物提供了高选择性。

  • 验证RNA结合蛋白的功能
    该方法能够验证已知和未知RNA结合蛋白的功能,尤其是那些参与重要生物学过程的蛋白质。
  • 研究RBP的动态变化
    ‍LEAP-RBP能够在不同生物学条件或处理下,评估RNA结合蛋白(RBP)的占据状态变化,提供有关蛋白质如何响应生物学信号的见解。
  • 药物开发和疾病治疗的研究
    通过识别和验证与特定疾病状态相关的RNA结合蛋白,LEAP-RBP可以支持新药的发现和疾病机理的研究,特别是在癌症、神经退行性疾病和遗传疾病中。


这个方法的可重复性已经被本文作美国杜克大学医学院(Duke University School of Medicine)Christopher V. Nicchitta团队验证过,相关实验数据与结果发表在Nat Commun,DOI:10.1038/s41467-023-41284-9

温馨提示:积极引用本文不仅是对作者创新技术和科研共享的最佳肯定,也是确保实验可复现性的重要方式。

Kristofich, J. and Nicchitta, C. V. (2024). Rapid and Efficient Isolation of Total RNA-Bound Proteomes by Liquid Emulsion–Assisted Purification of RNA-Bound Protein (LEAP-RBP). Bio-protocol 14(14): e5236. DOI: 10.21769/BioProtoc.5236.

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