基于烟草专卖制度，烟草行业实行“统一领导、垂直管理、专卖专营”的体制，明显的政企不分。
在国家层面，国家烟草专卖局和中国烟草总公司是“一个机构两块牌子”，负责全面的行政和工商管理；在地方，大多数省份呈现“工商分设”的局面，省级烟草专卖局（公司）和省级中烟公司互为兄弟单位，级别相同，各有职责，前者主要负责烟草销售，后者主要负责卷烟生产。
这个庞大而封闭的系统隐藏着巨大的腐败风险。从2021年末开始，中央纪委国家监委对烟草系统展开了一系列反腐行动，上至国家烟草专卖局，下至各地的烟草专卖局，揭露了烟草行业的利益链条和腐败问题。
据不完全统计，仅2023年就有大批烟草系统官员落马被查。
以下是2023年部分被查官员名单：
1月6日，国家烟草专卖局原党组成员、副局长何泽华涉嫌严重违纪违法，接受纪律审查和监察调查。
1月16日，云南中烟工业有限责任公司原党组成员、副总经理顾波，原党组副书记、总经理张水长涉嫌严重违纪违法，接受纪律审查和监察调查。
1月16日，安徽中烟工业有限责任公司原总经济师姜亚维涉嫌严重违纪违法，接受纪律审查和监察调查。
2月10日，安徽省烟草专卖局党组成员、副局长俞进祥涉嫌严重违纪违法，接受纪律审查和监察调查。
4月6日，广东省烟草专卖局（公司）原党组书记、局长、总经理郑伟，江西中烟工业有限责任公司人力资源部一级业务经理付武军涉嫌严重违纪违法，接受纪律审查和监察调查。
5月12日，中国烟草机械集团有限公司原副总经理兼总会计师宋春华涉嫌严重违纪违法，接受纪律审查和监察调查。
6月2日，云南中烟工业有限责任公司原党组副书记、总经理朱绍明涉嫌严重违纪违法，接受纪律审查和监察调查。
6月4日，安徽中烟工业有限责任公司物流中心主任杨波涉嫌严重违纪违法，接受纪律审查和监察调查。
6月6日，云南中烟工业有限责任公司原党组成员、副总经理武怡涉嫌严重违纪违法，接受纪律审查和监察调查。
7月10日，江西省烟草专卖局（公司）原处级干部李本坚涉嫌严重违纪违法，接受纪律审查和监察调查。
7月11日，国家烟草专卖局科技司原司长张虹，涉嫌严重违纪违法，接受纪律审查和监察调查。
10月23日，国家烟草专卖局原党组书记、局长凌成兴涉嫌严重违纪违法，接受中央纪委国家监委纪律审查和监察调查。
为何烟草系统的腐败问题如此严重，大批官员会不顾后果“前仆后继”？2023年3月《中国新闻周刊》的一篇文章《反腐风暴中的云南烟草》对此进行了深刻的分析。
文章指出，“圈子文化”和“能人”腐败，是云南烟草系统腐败案件高发的重要原因。这也是整个烟草系统的通病。该文指出，
云南烟草系统在用人选人上或多或少存在“小圈子”情况，烟二代、“近亲繁殖”现象比较普遍，形成了“桥牌圈”“吃喝圈”“网球圈”“高尔夫球圈”“麻将圈”等“圈子文化”。
该文还援引《瞭望周刊》报道：
云南烟王”的余云东在位长、能力强，是近20年来云南省最强势的烟草局长。他在任期间，云南省烤烟收购量实现翻番，卷烟税利由135亿元增长至435亿元，年均增长17.4％。他还借鉴酒庄模式兴建烟草庄园，在国内首开先河，带动旅游发展。其成绩多次被国家烟草专卖局与原国家旅游局点名表扬。
然而，这位烟草系统的“能人”，却在选人用人、烟草设备招标等多方面存在问题。《廉政瞭望》报道称，余云东在主政云南省烟草专卖局的8年间，其女余静雯被当地烟草系统人员暗讽为“长公主”。从几十万的办公楼装修绿化到上亿元的烟草基地建设，乃至重要人事任命，她都有插手的空间。
长期以来，烟草系统内领导在业务和人事安排上均拥有很大的权力。一些落马干部依靠烟草产品的特殊性，利用自身职务的影响力在产业链上卡住关键环节，在上下游大做文章，谋取暴利。
广东汕尾“史上最牛烟草局长”陈文铸就是一个典型例子。他是汕尾市烟草专卖局成立以来的第三任局长，而首任局长是他的亲舅舅蔡秀任。据相关调查结果显示，汕尾烟草系统与他有亲戚关系的职工至少有22名，主要集中分布在汕尾市陆丰烟草局和汕尾市烟草局。
另一个典型例子是烟草产业链中的腐败。从烟标到纸盒包装，再到香精香料供应，乃至过滤嘴、废铝箔回收、物流运输，处处存在着腐败的可能。一些落马干部正是利用这些环节大肆谋取利益。
据报道，中央纪委国家监委对烟草系统的反腐行动显示出国家对烟草系统腐败治理的决心。烟草行业的特殊性和复杂性决定了反腐工作的难度和重要性。只有通过加强制度建设、完善监督机制、提高透明度、规范权力运行、严惩腐败分子等措施，才能有效遏制和预防烟草系统的腐败现象，保障国家利益和公共利益。
