《药师忏》是以药师如来为本尊而举行的忏悔罪障的修行法门，是依据《药师如来本愿功德经》而作成的一种忏法。
药师如来一般称为“药师佛”，又称为药师琉璃光如来、大医王佛、十二愿王，是东方净琉璃世界的教主。药师佛在过去世行菩萨道时，曾经发十二大愿，愿为众生解除疾苦，使具足诸根，导入解脱，所以依据此愿而成佛，居住在净琉璃世界，其国土庄严如极乐国。
凡有所愿，所求皆得
彼世尊药师琉璃光如来本行菩萨道时，发十二大愿，令诸有情，所求皆得。以无量无边智慧方便，令诸有情皆得无尽所受用物，莫令众生，有所乏少。闻我说是药师琉璃光佛。各各得心中所愿。仕官皆得高迁。财物自然长益。饮食充饶皆得富贵。
除一切病、身体端正、智慧增长、身心安乐
若诸有情，其身下劣，诸根不具，丑陋、顽愚、盲、聋、喑、哑、挛躄、背偻、白癞、颠狂、种种病苦；闻我名已，一切皆得端正黠慧，诸根完具，无诸疾苦。若诸有情众病逼切，无救无归，无医无药，无亲无家，贫穷多苦；我之名号一经其耳，众病悉除，身心安乐，家属资具悉皆丰足，乃至证得无上菩提。复次、曼殊室利！彼药师琉璃光如来得菩提时，由本愿力，观诸有情，遇众病苦瘦挛、干消、黄热等病；或被厌魅、蛊毒所中；或复短命，或时横死；欲是等病苦消除所求愿满。
衣食丰足、资财丰足
若诸有情饥渴所恼，为求食故造诸恶业；得闻我名，专念受持，我当先以上妙饮食饱足其身，后以法味毕竟安乐而建立之。若诸有情贫无衣服，蚊虻寒热，昼夜逼恼；若闻我名，专念受持，如其所好即得种种上妙衣服，亦得一切宝庄严具，华鬘、涂香，鼓乐众伎，随心所玩，皆令满足。
远离一切灾难、牢狱之灾
若诸有情王法所录，缚录鞭挞，系闭牢狱，或当刑戮，及余无量灾难凌辱，悲愁煎逼，身心受苦；若闻我名，以我福德威神力故，皆得解脱一切忧苦！若此经宝流行之处，有能受持，以彼世尊药师琉璃光如来本愿功德，及闻名号，当知是处无复横死；亦复不为诸恶鬼神夺其精气，设已夺者，还得如故，身心安乐。
远离一切恐怖和怪事
若复有人，忽得恶梦，见诸恶相；或怪鸟来集；或于住处百怪出现。此人若以众妙资具，恭敬供养彼世尊药师琉璃光如来者，恶梦、恶相诸不吉祥，皆悉隐没，不能为患。或有水、火、刀、毒、悬险、恶象、狮子、虎、狼、熊、罴、毒蛇、恶蝎、蜈蚣、蚰蜒、蚊、虻等布；若能至心忆念彼佛，恭敬供养，一切怖畏皆得解脱。若他国侵扰，盗贼反乱，忆念恭敬彼如来者，亦皆解脱。
解冤解仇、冤家仇敌转生欢喜
若诸有情好喜乖离，更相斗讼，恼乱自他，以身语意，造作增长种种恶业，展转常为不饶益事，互相谋害。告召山林树冢等神；杀诸众生，取其血肉祭祀……是诸有情，若得闻此药师琉璃光如来名号，彼诸恶事悉不能害，一切展转皆起慈心，利益安乐，无损恼意及嫌恨心，各各欢悦，于自所受生于喜足，不相侵凌互为饶益。佛言世间愚痴人辈。两舌斗诤恶口骂詈更相嫌恨。或就山神树下鬼神。日月之神南斗北辰诸鬼神。所作诸咒誓。或作人名字或作人形像。或作符书以相厌祷咒咀言说。闻我说是药师琉璃光佛本愿功德。无不两作和解。俱生慈心恶意悉灭。各各欢喜无复恶念。若有恶心来相向者。心当存念琉璃光佛。山中诸难不能为害。若他方怨贼偷窃恶人。怨家债主欲来侵陵。心当存念琉璃光佛。则不为害。
灭一切罪
佛告文殊世有恶人。虽受佛禁戒触事违犯。或杀无道偷窃他人财宝。欺诈妄语淫他妇女。饮酒斗乱两舌恶口。骂詈毁人犯戒为恶……有如是之罪应堕恶道。闻我说是药师琉璃光佛名字之者。一切过罪自然消灭。南无药师琉璃光王如来，若称彼佛如来名者。一切殃罪悉皆除灭。
儿女端正、聪明、少病寿长
闻我说是药师琉璃光佛。各各得心中所愿……若他妇女生产难者。皆当念是琉璃光佛。儿则易生身体平正。无诸疾痛六情完具。聪明智慧寿命得长。不遭抂横善神拥护。不为恶鬼舐其头也。或有女人，临当产时，受于极苦；若能志心称名礼赞，恭敬供养彼如来者，众苦皆除。所生之子，身分具足，形色端正，见者欢喜，利根聪明，安隐少病，无有非人，夺其精气。
菩萨、护法保护
（文殊菩萨）曼殊室利童子白佛言：‘世尊！我当誓于像法转时，以种种方便，令诸净信善男子、善女人等，得闻世尊药师琉璃光如来名号，乃至睡中亦以佛名觉悟其耳。若于此经受持读诵。或复为他演说开示；若自书、若教人书；恭敬尊重，以种种华香、涂香、末香、烧香、花鬘、璎珞、幡盖、伎乐，而为供养；以五色彩，作囊盛之；扫洒净处，敷设高座，而用安处。尔时、四大天王与其眷属，及余无量百千天众，皆诣其所，供养守护。尔时，众中有十二药叉大将，俱在会坐，所谓：宫毗罗大将，伐折罗大将，迷企罗大将，安底罗大将，頞你罗大将，珊底罗大将，因达罗大将，波夷罗大将，摩虎罗大将，真达罗大将，招杜罗大将，毗羯罗大将：此十二药叉大将，一一各有七千药叉，以为眷属：“若有流布此经，或复受持药师琉璃光如来名号恭敬供养者，我等眷属卫护是人，皆使解脱一切苦难，诸有愿求悉令满足”。
恭敬供养，一切如意
欲供养彼世尊药师琉璃光如来者，应先造立彼佛形像，敷清净座而安处之。散种种花，烧种种香，以种种幢幡庄严其处。七日七夜，受八分斋戒，食清净食，澡浴香洁，着清净衣，应生无垢浊心，无怒害心，于一切有情起利益安乐，慈、悲、喜、舍平等之心，鼓乐歌赞，右绕佛像。复应念彼如来本愿功德，读诵此经，思惟其义，演说开示。随所乐求，一切皆遂：求长寿，得长寿，求富饶，得富饶，求官位得官位，求男女得男女。
持戒清净
若有无量无边有情，于我法中修行梵行，一切皆令得不缺戒、具三聚戒；设有毁犯，闻我名已还得清净，不堕恶趣！
于所受中或有毁犯，怖堕恶趣，若能专念彼佛名号，恭敬供养者，必定不受三恶趣生。
远离邪教、外道、恶见
若诸有情行邪道者，悉令安住菩提道中；苦行声闻独觉乘者，皆以大乘而安立。令诸有情出魔罥网，解脱一切外道缠缚；若堕种种恶见稠林，皆当引摄置于正见，渐令修习诸菩萨行，速证无上正等菩提！
后世升天享福或往生净土
佛言假使寿命自欲尽时临终之日。得闻我说是药师琉璃光佛本愿功德者。命终之后皆得上生天上。不复历三恶道中。天上福尽若下生人间。当为帝王家作子。或于豪姓长者居士富贵家生。皆当端正聪明智慧高才勇猛。若是女人化成男子。无复忧苦患难者也。临终往生药师净琉璃净土，或由八大菩萨护送往生阿弥陀佛的西方极乐世界。（八大菩萨：南无文殊师利菩萨，南无观世音菩萨，南无得大势菩萨，南无无尽意菩萨，南无宝檀华菩萨，南无药王菩萨，南无药上菩萨，南无弥勒菩萨）
南无药师琉璃光王如来
南无药师琉璃光王如来
南无药师琉璃光王如来
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