有这思路,复现爽歪歪!扬州大学团队1区7+:“网络药理学+分子对接+分子动力学”三连击,毕业so easy!

学术   2024-10-08 19:00   上海  

目前,中医药网络药理学文章的分析步骤也较为繁杂,往往需要在多个数据库之间来回切换(TCMID、TCMSP 和 TCM Database@Taiwan 等中药化学成分数据库),以收集中药的活性成分数据。之后,又要使用 PharmMapper对化合物的作用靶点进行预测,接着还得从 DisGeNET 数据库获取疾病相关靶点,再利用 String 数据库研究靶点之间的相互作用,最后用 Cytoscape 软件进行网络可视化。大批量的数据处理,电脑吃力,记得找果叔!用上告诉服务器别提多香了~
整个过程中,看起来就是不断地在不同的工具和数据库之间穿梭。据统计,完成这样一套网络药理学分析流程,可能需要数周甚至数月的时间,对于想发相关SCI,但是碍于分析方法和数据库还不熟悉或者还迟迟拿不准课题创新性的朋友,可真的要抓紧了!时间不等人呀!
果叔今天跟小伙伴们分享一篇发文套路:网络药理学+分子对接+分子动力学,干湿结合,非常完整的网药思路,思路简单但确实能发,7分+极易复现,毕业党赶紧做起来吧!
文章有哪些亮点,果叔给大家掰扯掰扯:
① 作者揭示了中药成分Asiaticoside(AS)通过靶向NLRP3炎症体激活,对帕金森病(PD)具有神经保护作用的新机制。    
② 利用网络药理学、分子对接和分子动力学模拟等先进技术,预测并验证了AS与NLRP3蛋白相互作用的分子机制。
③ 通过体内外实验相结合,首次证实了AS能够通过与NLRP3蛋白结合,有效抑制炎症体的组装和激活,为PD治疗提供了新思路。
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题目:积雪草苷通过靶向NLRP3炎症小体激活发挥神经保护作用
发表时间:2024年5

公众号后台回复“111领取文献资料,文件编号:241008

研究背景

帕金森病(PD)是一种常见的神经退行性疾病,其特征是中脑黑质多巴胺能神经元的进行性丧失和神经炎症。NLRP3炎症体在PD的发病机制中扮演了关键角色,激活可导致促炎细胞因子IL-1β的释放,加剧神经炎症和神经元损伤。因此,靶向NLRP3炎症体的激活成为了PD治疗的潜在策略。    

数据来源

研究思路

 

主要结果

   
1.网络药理学分析AS对PD的影响
通过网络药理学分析预测了AS对帕金森病(PD)的潜在作用靶点,共识别出95个与AS相关的潜在靶点,其中17个与PD治疗相关。通过构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,发现NFκB1、TLR4、MAPK1和NLRP3等关键靶点。基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析进一步揭示了这些靶点的生物学功能,并指出AS可能通过包括NOD样受体信号通路在内的149条信号通路影响PD。这些发现为后续实验提供了理论基础。
2.AS改善MPTP诱导的PD小鼠的运动功能障碍
实验通过旷场测试评估了AS对MPTP诱导的PD小鼠模型的运动功能的影响。结果显示,AS处理显著改善了由MPTP引起的运动功能障碍,提高了小鼠的平均速度和总行走距离。此外,与MPTP处理的小鼠相比,AS治疗的小鼠在运动路径上表现出更广泛的活动范围,表明AS能有效逆转MPTP引起的运动功能损害。    
3.AS减轻MPTP诱导的PD小鼠的多巴胺能神经元丢失
MPTP处理导致中脑黑质(SN)和纹状体(STR)中的多巴胺能神经元退行性变和显著减少,这是PD的特征性病理变化。AS治疗显著减轻了MPTP引起的多巴胺能神经元数量减少,恢复了STR和SN中TH阳性神经元的数量,并在脑区STR和SN中恢复了TH的表达。此外,AS还减少了激活的小胶质细胞和Iba1的表达,表明其在减轻PD中的神经炎症方面具有潜在作用。    
4.分子对接研究和分子动力学模拟
分子对接预测了AS与NLRP3蛋白的结合模式,结果显示AS与NLRP3的结合具有高亲和力。分子动力学模拟进一步验证了AS与NLRP3蛋白结合的稳定性和动态相互作用。模拟结果表明,AS与NLRP3的复合物在100纳秒的模拟过程中温度、动能和势能保持稳定,AS与NLRP3的RMSD值较小,表明对接姿势可靠。此外,通过MM/PBSA和MM/GBSA方法计算的结合自由能表明AS与NLRP3具有较强的结合能力。这些结果表明AS可能通过直接与NLRP3蛋白结合来抑制NLRP3炎症体的激活    

文章小结

① 网络药理学分析预测 AS 对 PD 影响的潜在靶点和通路可能是 NLRP3 蛋白和 NOD 样受体信号通路。
② 体内外实验首次证明 AS 可通过与 NLRP3 蛋白相互作用缓解 MPTP 诱导的 PD 症状,通过结合 NLRP3 有效抑制炎症小体的组装和激活。
③ AS 是一种有潜力的针对 NLRP3 过度激活驱动的 PD 的抑制剂。
PS:除了担忧创新性问题,网药研究涉及大量的数据挖掘和整合工作,从多个数据库获取的数据可能存在准确性问题,诸多因素解决了才能顺利发文!别自己一个人闭门造车,来找果叔助力才是最佳选择!赶在毕业前顺利发出,岂不是美滋滋~  

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