网药究竟还能不能成功发表?纯生信的网药研究还可行吗?围绕这些问题的争议一直持续不断。
当大家讨论的热火朝天的时候,发现总有人能够成功发表相关文章,那我们不禁要问,为什么发表文章的那个人不能是自己呢?果叔认为在科研领域中,很容易出现眼高手低的情况,常常觉得这个研究“水”,那个也“水”,而网药研究尤其容易让人产生这种错觉。然而,实际上网药研究中存在诸多问题,像是数据库可能不靠谱,研究方法也可能存在缺陷等。
实验设计在其中至关重要,特别是如今为了确保研究的可靠性,果叔会帮助之前的朋友设计并补充一些湿实验,或者加入代谢组学分析等。但是呢,果叔就发现有这样一篇纯生信-网药文章,居然顺利地发表出去了,而且速度相当惊人,仅仅17天就被接受了。所以,当你问网药现在还能不能发时,答案是肯定的,当然,这需要我们注重新的“套路”和新思路,只有这样才能在竞争激烈的发文环境中拼出一片空间。
有些苦苦学了一个月网药分析的朋友,到头来觉得毫无下手之处,别担心,果叔就是来帮你解决这个问题的,分享最近发表的一篇纯生信网药文章,看看别人是怎么写的,怎么投的,这本杂志果叔觉得和网药也很适配,咱们多了解总没错!
《Foods》是一本国际同行评审的科学开放获取期刊,创刊于 2012 年。
基本信息:
ISSN:2304-8158;e-ISSN:2304-8158
期刊分区:在中科院分区中,2022 年 12 月升级版属于大类学科农林科学 2 区,小类学科食品科技 2 区;在 JCR 分区等级为 Q1。
影响因子:4.7分。
审稿周期:一审大约 12.4 天,接受后 3.8 天内出版。但根据一些实际投稿经验,从投稿到接受常常不到 1 个月。
年发文量:近年来增长迅速,2020 年发文量为 1856 篇,到 2023 年(截至 8 月 27 号)已发文 1913 篇。
期刊虽然主打食品方向相关的研究,但是关键是对生信友好,接受纯生信,并且发文量也比较大,审稿速度已经超过很多本其他同段位的期刊了,录用率高,投稿难度低,总的来说,半个月拿下一篇2区文,真的很适合毕业党和晋升党!PS:传统的网药文章确实不好发,重点要关注新思路和选的期刊是否适配,这篇能够顺利发出也是基于设计的好、选的好,自己要是有想法发网药但是拿不准设计、方法的朋友,来找果叔帮你就行啦!超十年的行业经验,满意率超高!
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²题目:茶中儿茶素抗高血压的潜在机制:网络药理学、分子对接和分子动力学模拟的整合
²杂志:Foods
²影响因子:IF=4.7
²发表时间:2024年8月
研究背景
茶叶中的儿茶素具有多种健康益处,但其抗高血压的潜在靶点和作用机制尚不清楚。自然产品因其副作用低、安全性高,成为高血压治疗研究的焦点,茶儿茶素具有潜在的抗高血压作用。网络药理学等计算方法可用于深入了解药物治疗疾病的药理机制。
数据来源
在研究过程中,使用了多个公开数据库来获取相关数据,如 PubChem、SEA Search Server、SwissTargetPrediction、DisGeNET、OMIM、GeneCards、STRING、UniProt 等,并明确了数据的获取时间和筛选标准,保证了数据的可靠性和可追溯性。
研究思路
文章中包括了收集儿茶素靶点、筛选高血压相关靶点、构建和分析蛋白质-蛋白质相互作用网络、进行 GO 和 KEGG 通路富集分析、分子对接以及分子动力学模拟等步骤。对于每个步骤,作者都提供了具体的数据库、软件、参数设置和操作流程,所以复现率也是大大滴~
研究结果
八种儿茶素成分的结构式
筛选儿茶素抗高血压的潜在靶点&PPI 网络分析和关键靶点筛选
关键靶点的功能富集分析
分子对接验证
分子动力学模拟和结合自由能计算
文章讨论
Ø慢性炎症是高血压的重要原因,EGCG、GCG 和 CG 具有抗氧化、抗炎和抗血管生成等生物和药理活性,ECG 和 EGCG 可降低血清胆固醇水平,抑制餐后高脂血症。
ØPPI 网络分析确定的 MMP9、HIF1A 和 BCL2 与高血压的发生和进展密切相关,儿茶素成分可能通过与这些靶蛋白相互作用发挥抗高血压作用。
ØGO 和 KEGG 通路富集分析揭示了儿茶素参与高血压治疗的关键通路,计算模拟表明儿茶素与关键高血压相关靶点的结合具有亲和力和稳定性。
文章小结
Ø确定了 CG、GCG、ECG 和 EGCG 为抗高血压的关键儿茶素成分,MMP9、HIF1A 和 BCL2 为潜在的关键治疗靶点。
Ø分子对接和分子动力学模拟结果表明,儿茶素通过氢键和疏水相互作用有效地与关键靶点结合。未来需要进一步的药理和临床研究来验证这些结论。
PS:这篇网药分析简单易复现,不过在常规网药基础上增加了分子动力学模拟部分,这创新点一下就打开了,药理学相关的朋友不妨试试这个“搭子”,起码节省不少时间,比闷头干实验效率高多了,这本接收纯生信的期刊也可继续关注,毕业党可收藏!有任何问题欢迎找果叔助力解决!
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