废话不多说，咱们开始学习！今天带来的这篇文章，作者以增塑剂——苯二甲酸二乙酯（DEP）、邻苯二甲酸二甲酯（DMP）和邻苯二甲酸二辛酯（DOP）和乳腺癌作为研究对象，基于公共数据集和网络毒理学评估在乳腺癌患者中四者的因果关联，进而为患者的预防和治疗提供有价值的见解。其实在前面的介绍小果已经说到了，要想发文就要懂得分析方法。本文巧妙的关注到网络毒理学这个点，巨大的发文潜力促使作者事半功倍，轻而易举的吸引到审稿人的视线。另外作者做了大量且系统的生信分析如功能富集、PPI网络及分子对接。层层深入，真的忒强了!这篇文章方法简单、易复现，明年毕业的朋友，这都9月了真的可以大胆冲啦！（ps：生信发文难不难？主要就看你的创新点够不够顶，如果对自己分析技术没把握，一大把数据分析起来一团乱麻，最后却只拿到了一点点结果，果叔是真心可惜！大数据得配大产出啊，感兴趣就扫码来找果叔深入分析~）
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l题目：通过网络毒理学和分子对接分析阐明增塑剂诱导乳腺癌的机制
l杂志：Ecotoxicology and Environmental Safety
l影响因子：IF=6.2
l发表时间：2024年8月
研究背景
增塑剂是一类广泛用于提高塑料制品柔韧性和加工性的化学添加剂，其中邻苯二甲酸二乙酯（DEP）、邻苯二甲酸二甲酯（DMP）和邻苯二甲酸二辛酯（DOP）是最常用的化合物。最近有学者怀疑增塑剂会促进乳腺癌的发生，但塑化剂暴露与乳腺癌之间的复杂关系尚不是非常清晰。因此，基于以上问题，作者旨在利用网络毒理学和分子对接技术研究常见增塑剂（DEP、DMP和DOP）与乳腺癌关键蛋白之间的分子相互作用，从而为增塑剂的安全性评估提供新的见解和助力开发针对乳腺癌的预防策略。
数据来源
首先作者利用PubMed、Google Scholar、CNKI和ToxNet等数据库检索了与塑化剂DEP、DMP和DOP相关的疾病信息；随后基于ChEMBL、PharmMapper和DrugBank等数据库中检索塑化剂的靶标；最后基于Genecards和OMIM等数据库下载乳腺癌相关靶基因。
研究思路
首先作者利用相关数据库检索了DEP、DMP和DOP及乳腺癌的相关靶点。对上述四者取交集后进行功能富集分析和PPI网络分析进一步筛选核心靶标。接着作者对上述靶标的表达水平进行了验证，并分别对其与DEP、DMP和DOP进行了分子对接分析。
图1 技术路线
主要结果
1.韦恩图分析
首先作者利用相关数据库进行了全面的文献检索，以检索与DEP、DMP和DOP相关的疾病的相关信息及乳腺癌相关靶点。其中，DEP可靶向288种蛋白，DMP可靶向129种蛋白，DOP可靶向92种蛋白。对上述四者取交集得到235个基因（图2），代表了与塑化剂诱发的乳腺癌相关的潜在靶点。
图2 韦恩图分析
2.功能富集及PPI网络分析
随后作者对上述基因进行功能富集分析（图3），结果表明它们主要富集于细胞内受体信号传导、蛋白酪氨酸激酶活性、细胞质囊泡和PI3K-Akt信号通路。而PPI网络分析进一步筛查了关键基因（图4A），其中图4B显示了前20个基因的程度和压力中心性测量之间的关系。每个点代表一个基因，其位置沿x轴表示Degree中心性，沿y轴表示Stress中心性。以上结果表明上述基因在乳腺癌病理生物学中的多重作用。
图3 功能富集分析
图4 PPI网络分析
3.乳腺癌相关通路核心基因网络分析
图5展示了排名前20个基因的网络分析，而作者使用ClueGO + CluePedia工具套件来阐明核心基因与特定途径之间的关系。其中四个中心基因MAPK1, AKT1, SRC和ESR1在该分析中频繁出现，表明其与VEGF信号通路，催乳素信号通路和乳腺上皮发育的生物学过程相关。网络可视化结果说明了上述基因和通路之间关联的频率和强度，因此作者将AKT1、ESR1、SRC、EGFR、MAPK1和ALB作为关键基因进行下一步分析。
图5 乳腺癌相关通路核心基因网络分析
4.核心基因表示水平分析
随后作者检查了肿瘤样本和正常组织样本之间上述基因的表达水平（图6）。结果表明肿瘤组织中ALB和ESR1的表达水平显著降低，而AKT1、EGFR、SRC和MAPK1的表达水平显著上调。基因表达水平的改变反映了特定的致癌途径，这可能是治疗干预的目标。这些发现为观察乳腺肿瘤的临床行为提供了分子理论基础，将基因表达水平改变与潜在的致病机制和治疗靶点直接联系起来。
图6 乳腺癌相关通路核心基因网络分析
5.分子对接分析
最后作者进行了分子对接分析。AKT1、ESR1、SRC、MAPK1和ALB基因与三种增塑剂结合构象如图8-12所示。其中DEP和DMP结合在SRC上的同一位点（图7）；DEP和DOP结合到ESR1的同一位点，DMP结合到不同的位点（图8）；图9为三种增塑剂与MAPK1的对接结果，结果表明这三种分子结合在MAPK1上的不同位点；但三种增塑剂分子却可以与AKT1蛋白上相同的结合位点相互作用（图10）；ALB与增塑剂的对接结果如图11所示，虽然它们结合的位点不同，但都可以通过氢键与ALB的不同残基相互作用。
图7 SRC与常见增塑剂分子对接分析
图8 ESR1与常见增塑剂分子对接分析
图9 MAPK1与常见增塑剂分子对接分析
图10 AKT1与常见增塑剂分子对接分析
图11 ALB与常见增塑剂分子对接分析
文章小结
作者先是整合公共数据集获取了DEP、DMP和DOP及乳腺癌的相关靶点。基于功能富集分析、PPI网络荧光定量和分子对接揭示了上述四者的因果关系。本文贡献在于充分揭示了塑化剂暴露与乳腺癌之间潜在的机制联系，为环境健康科学和公共卫生政策提供了新的视角。研究结果强调了重新评估常用增塑剂安全性的必要性，并强调了减轻全球乳腺癌负担的可能干预策略，从而促进更有效的预防和治疗策略的发展。0实验SCI在向大家招手了，想复现来找果叔啊！除了为你设计独出心裁的思路，还能提供云服务器全程加速你的数据处理！有需要的快扫码联系果叔哟~
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