概述
信使RNA（mRNA）的poly A尾是腺苷的重复序列（A），它是疫苗和基因疗法开发中常见的形态。在3'端，该尾巴长度的增加为“核心”序列提供了额外的稳定性，该序列可保证细胞核中mRNA的稳定和细胞质中mRNA的降解，调配mRNA与核糖核蛋白的结合以及随后的宿主免疫反应。鉴于mRNA稳定性的挑战以及当前递送方式的挑战，了解poly A尾降解的情况是改善治疗的重要方式。在此应用中，使用RNase H酶酶解了1250个核苷酸的mRNA核苷酸链，然后将其进样到Biozen 2.6μm Oligo中。我们证明了HPLC和高分辨率质谱法（HRMS）区分自然降解的聚A尾的能力。
LC条件
色谱柱：Biozen 2.6μm Oligo
规格：50x2.1mm
货号：00B-4790-AN
流动相：
A: 95mM HFIP, 5.7mM DIEA水溶液
B: 7.1mM HFIP, 2.1mM DIEA于80%甲醇溶液
梯度：
Time (min) | %B |
0 | 3 |
45 | 35 |
45.6 | 80 |
50 | 80 |
50.5 | 3 |
60 | 3 |
流速：0.3mL/min
进样量：5μL
温度：70℃
仪器：Vanquish™ UHPLC
检测：HRMS
HRMS 条件
扫描方式：Full MS
极性：负极
分辨率：140,000
AGC目标：3e6ms
Max IT：200ms
扫描范围：450 to 3500m/z
扫描方式：MS2
分辨率：35,000
AGC目标：1e5ms
Max IT：50ms
离子源：HESI
离子源温度：320℃
鞘气压力：30psi
辅助气压力：8psi
电喷雾电压：3000V
S-lens RF Level：50
辅助气体温度：30℃
图表1. 总离子流图中的单核苷酸分辨率：Poly A尾<5ppm
图表2. mRNA Poly A尾长度与相应保留时间
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