Ren HY, et al. (2024). MixtureFinder: Estimating DNA mixture models for phylogenetic analyses. Molecular Biology and Evolution, msae264.
（2024年12月23日发表）
摘要参考翻译：在系统发育研究中，分区模型（partitioned models）和混合模型（mixture models）均用于解释DNA序列比对中位点分子进化的异质性。分区模型需要用户指定位点的分组，并假设每个位点子集可以由单一的共同过程建模。而混合模型无需用户预先指定位点子集，而是计算每个位点在每种模型下的似然值，同时共同估算模型权重和参数。尽管针对用户指定子集的分区模型优化已有大量研究，但对DNA序列比对的混合模型优化研究相对较少。本研究首先探讨分区模型的一个关键假设——即每个用户指定的子集可以由单一的共同过程建模——是否得到数据支持。研究表明，这一假设并不成立。在此基础上，我们设计、实现、测试并应用了一个名为MixtureFinder的算法，用于为标准DNA序列进化模型的Q矩阵混合模型选择最佳类别数。结果表明，该算法在模拟数据和实际数据集上表现良好，并可能对未来的实证研究有帮助。
MixtureFinder已集成到IQ-TREE2中，其使用教程可在此处找到：http://www.iqtree.org/doc/Complex-Models#mixture-models。
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