ChromEvol v.3:染色体数目演化速率异质性的建模工具

学术   2024-12-17 06:28   云南  
Shafir A, et al. (2024). ChromEvol v.3: modeling rate heterogeneity in chromosome number evolution. New Phytologist, doi: 10.1111/nph.20339.

(2024年12月16日发表)


摘要参考翻译:染色体数目变化是植物演化的重要驱动力,对生态多样化、抗逆性及性状产生深远影响。ChromEvol是一个广泛使用的软件,可解析目标系统发育中的染色体数目变化模式。它通过评估数据与不同模型的拟合度,估算不同类型事件的转换率(transition rates),并推断系统发育树各分支上预期事件的发生次数。我们现推出ChromEvol v.3,该版本包含多项新颖的方法学改进,可捕捉系统发育树中转换率的变化。这一版本能够更好地帮助研究者识别非整倍性(dysploidy)和多倍性(polyploidy)速率如何随染色体数目、离散性状或系统发育树中特定分支的不同而变化。我们以茄科(Solanaceae)的系统发育树为例,展示了新模型的适用性。分析结果表明,茄科中存在4种染色体数目转换模式,各自特征化了不同的茄科分支。此外,研究还揭示了自交兼性(self-compatibility)与染色体数目进化动态变化之间的关联。ChromEvol v.3
(下载地址:https://github.com/anatshafir1/chromevol)为研究者提供了一种更灵活、全面且精准的工具,以探究染色体数目演化及其影响机制。


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EcoloJi
生态学泛读。他山之石,(说不定)可以攻玉。
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