公元前99年，飞将军李广的孙子李陵兵败被俘，很快就传出他投降匈奴的消息，汉武帝大怒，朝堂上下人人都骂李陵是个贪生怕死之辈，愧对先祖飞将军之名。
唯有司马迁说：“李陵仅带五千步兵，深入匈奴腹地，搏杀数万之师，敌军死伤无数。他几日内转战千里，即便赤手空拳，依旧殊死搏斗到最后，他的战绩足以传扬天下，古代名将也不过如此。他又怎么会是个贪生怕死之人呢！他之所以不死，必然是想立功赎罪以报效朝廷。”
此时汉武帝处于盛怒之中，根本听不进司马迁的话，还迁怒于他，把司马迁下了监狱，交给廷尉处理。司马迁的案子刚好落到臭名昭著的酷吏杜周手上，对他进行了严刑逼供，司马迁受尽虐待折磨也不认罪屈服，在狱中他崩溃地说：“这是我的罪吗？身为臣子，难道就不能说出看法了吗？”
雪上加霜的是，有传闻说李陵正在匈奴忙着练兵，想对抗汉军。汉武帝听了勃然大怒，立刻下令将李陵全家老少全部诛杀，司马迁也受到牵连判处死刑。
汉朝的死刑是可以用宫刑代替的，但宫刑对男人来说是奇耻大辱，不但辱及祖先，自己也无颜面对世人，所以大多数人宁愿一死，也不愿意被施以宫刑。
但司马迁觉得人固有一死，死有重于泰山，或轻于鸿毛，《史记》尚未写完，自己决不能死，那是父亲的遗命，也是自己一生的理想，哪怕活着受尽世人嘲笑，他也一定要完成，就这样司马迁选择了宫刑。
事实上，李陵并没有给匈奴练兵，只是替一个叫李绪的人背了锅，李陵听说自己的家人全部被斩，彻底心灰意冷，打消了归汉的想法。
而司马迁回到家后，最痛苦的是要和爱妻柳倩娘每日朝夕相对。
柳倩娘是飞将军李广的外孙女，父亲柳振庭是一位饱学之士，在父亲的教导下，她诗词书画无一不精。
柳倩娘十五岁时，随母亲去长安探望外祖父李广，在读过司马迁的文章后，十分仰慕，本想拜他为师，结果在表兄李陵的牵线下，她与司马迁结下了姻缘。
司马迁写《史记》需要积累史料和素材，柳倩娘就随同司马迁，走访名山大川和历史名胜，即便风餐露宿、奔波劳累，她也甘之如饴。
司马迁被施以宫刑后，时常情绪崩溃，柳倩娘一直安抚和鼓励着司马迁一定要完父亲的遗志。
此时夫妻二人已经有了两儿一女，只是司马迁每日和柳倩娘同床共枕时，都会心生悲叹，情绪低落。
柳倩娘明白丈夫的痛苦，为了让他心无旁骛安心撰写《史记》，她选择离开家，只偶尔回去探望他一次。
经过司马迁的不懈努力，终于完成了不朽巨著《史记》，夫妻俩相拥而泣。
司马迁作为汉武帝身边的史官，非常了解武帝的为人，若是他看了这本史书，恐怕自己又会遭来杀身之祸。所以书成之后，司马迁带着副本留在京师，正本则交给妻子保管。
柳倩娘为了守护丈夫毕生的心血，只能忍痛与丈夫诀别，从此改名换姓，带着《史记》返回司马迁的故乡韩城，遁入空门，藏匿于尼姑庵中。
果然没多久，司马迁就死了，正史中并没有关于司马迁死亡的记载，也有可能是被汉武帝杀了。
司马迁死后，女婿杨敞、外孙杨恽，将司马迁的骸骨运回安葬。直到汉宣帝时，女婿杨敞因为迎立汉宣帝有功，得到器重，位列三公，他的儿子杨忠、杨恽都被封侯。
汉宣帝时，政治相对开明，杨家又是朝中重臣，司马迁的外孙杨恽才有机会将《史记》交给汉宣帝公布于世，成为了中国历史上第一部纪传体通史，被列为“二十四史”之首。
