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辣椒灰霉病（Botuytis cinerea）
病菌随病残体越冬，借气流、水传播。灰霉病属于低温高湿型病害，发病适温为16～20℃，高于24℃侵染缓慢。
防治方法：注意棚室排湿，避免叶面长时间结露。7～8月休闲期高温闷棚，消毒15～20天。平时燃放速克灵FU或百菌清FU预防。喷雾药剂有：50%腐霉利WP1500倍液、25%咪鲜胺EC2000倍液、30%百·霉威WP500倍液、40%嘧霉胺SC1200倍液、20%噁咪唑WP2000倍液、2%丙烷脒AS1000倍液、50%烟酰胺WG1500倍液、40%木霉素WP600倍液、50%异菌脲·福美双WP800倍液、25%啶菌噁唑EC2500倍液、40%多·硫SC600倍液、2%阿司米星（武夷霉素）AS150倍液、50%异菌脲WP1000、50%福美双WP600倍液等。
辣椒菌核病（Sclerotinia sclerotiorum）
病株各部位先形成白霉，后纠结成菌核。病菌在土壤中越冬，萌发产生子囊盘，孢子借气流传播。发病适温为 20℃，适宜的相对湿度为 85%以上，气温在 30℃以上时病情受到抑制。
防治方法：夏季病田灌水浸泡半个月，收获后深翻将菌核埋入深层，地表发现子囊盘时应及时铲除。发病后对植株喷雾，并对茎基部淋灌，药剂有：50%腐霉利 WP1500 倍液、50%异菌脲 WP1000 倍液、40%菌核净 WP1000 倍液、30%噁霉灵 AS800 倍液、2%宁南霉素 AS250 倍液、50%灭霉灵 WP600 倍液、50%乙烯菌核利 WP1000 倍液、50%腐霉利·多菌灵 WP1000 倍液、50%福·异菌 WP800 倍液、50%多霉灵 WP1000 倍液、50%福·菌核 WP600 倍液等。
辣椒枯萎病（Fusarium oxysporum f.sp. vasinfectum）
病菌存在于土中，主要通过灌溉水传播，从根及茎的伤口侵入。
防治方法：实行水旱轮作；出现病株时及时挖除，病穴用石灰水消毒；避免施用未经腐熟的有机肥；定植后至门椒坐果期病害发生前，定期或不定期淋灌药剂预防。发病初期灌根，可选药剂有：25% 咪鲜胺 EC2000 倍喷雾、50% 抗枯灵 WP1000倍液、40% 多·硫 SC 600 倍液、50% 琥珀酸铜 WP 400 倍液、10% 双效灵AS300 倍液、2…5% 咯菌腈 WP1500 倍液、30%苯噻氰 EC1300 倍液、30%噁霉灵 AS800 倍液、30% 甲霜·噁霉灵 AS1000 倍液、32…5% 锰锌·烯唑醇WP1000 倍液、70% 五氯硝基苯 WP600 倍液、25% 络氨铜 AS500 倍液等。
