窦国仁于1932年11月16日出生在辽宁省北镇县，满族人。1951~1956年受交通部选派，在苏联列宁格勒(现圣彼得堡)水运学院水利工程系学习，获优秀水运工程师称号。1956~1960年在列宁格勒水运学院水利工程系做研究生，从事水力学和泥沙运动力学研究，期间于1959年获技术科学副博士学位，1960年获技术科学博士学位，博士论文为《泥沙运动及河床稳定》。1960年回国后分配在水利电力部、交通部南京水利科学研究所(即现水利部交通运输部国家能源局南京水利科学研究院)工作，直至2001年5月22日在南京逝世。期间于1960~1979年任工程师，1980~1983年任高级工程师、副所长，1983~1993年任南京水利科学研究院院长、教授级高级工程师，1991年当选为中国科学院院士，1994~2001年任交通部技术顾问，南京水利科学研究院名誉院长。
窦国仁教授曾担任国务院学位委员会水利学科评议组召集人、中国海洋学会副理事长、中国海洋工程学会理事长，以及清华大学、北京大学、河海大学等高校兼职教授。他先后被授予交通部、水利电力部和江苏省劳动模范称号，当选为第六届、第七届和第八届全国人民代表大会代表。
