2024年6月,Horticulture Research在线发表了贵州大学精品果树团队完成的题为Comparative population genomics reveals convergent and divergent selection in the apricot–peach–plum–mei complex 的研究论文。
这项研究组装了蜂糖李的T2T参考基因组,通过HiFi和Hi-C读取得到的251.25和251.29 Mb的两种单倍型。比较基因组学分析揭示了杏基因组与桃、李和梅相比存在约1.17 Mb的染色体易位,特别是涉及到影响可滴定酸度(TA)、pH值和糖含量的D位点。群体遗传学分析揭示了APPM复合体中的趋同选择和分歧选择信号,如抗逆性、花发育和果实成熟的趋同选择,以及李子中的体细胞胚胎发生、梅中的花粉萌发和桃中的激素调控的分歧选择。在染色体7上发现了选择性扫描,涉及关键的果实软化基因PG,该基因受ERF和RMA1H1的调控。
综上,该研究不仅深入揭示了APPM复合体的遗传多样性、进化历史和驯化过程,还为这些重要果树作物的遗传研究和育种项目提供了新的视角和重要的基因组学数据支持。
贵州蜂糖李的种植历史可追溯至20世纪80年代,蜂糖李以独特的甜味和高品质闻名,被誉为"李子中的茅台"。这种李子果实大而均匀,果形近圆,外裹天然蜡粉,果顶一侧微突,一侧缝合线深,果皮浅黄绿色,果肉淡黄色,核小离核,可食率高。其味道甘甜如蜂蜜,果肉致密有香气,食后难忘。
图2杏与桃、李和梅基因组的比较,约1.17 Mb的染色体易位
杨选文博士(现在中国热带农业科学院工作)为该论文的第一作者,苏颖和黄思洋为共同第一作者,贵州大学乔光教授、中国农业科学院深圳农业基因组研究所周永锋研究员和中国农业科学院郑州果树研究所曹珂研究员为论文的共同通讯作者。贵州大学文晓鹏教授、侯黔东博士和贵州省农业科学院马玉华研究员参与了研究工作。该研究得到贵州省科技支撑重点项目(黔科合支撑[2022]重点018)、贵州省优秀青年科技人才计划项目(黔科合平台人才-YQK[2023]008)和贵州省科技创新基地建设项目(黔科合中引地[2023]009)的资助。
合照
文章链接:
https://doi.org/10.1093/hr/uhad265
Hortic Res | 中国农科院郑州果树所揭示了桃红肉形成及果实提前成熟的机制
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