【线上研讨会预告】中山大学杨建荣教授带您领略高通量测序技术在耐药基因研究中的应用(12.12 10:00)

学术   2024-12-09 07:01   广东  


邀请函


尊敬的老师:

您好!

感谢您一直以来对贝瑞基因的关注与支持。我司将于2024年12月12日 10: 00-11: 30举办线上研讨会。本次会议邀请到中山大学中山医学院杨建荣教授带来报告“对抗菌素耐药基因点突变表型效应的全覆盖高通量测定与进化预测”。

 敬请莅临!

会议时间

2024年12月12日 10: 00-11: 30


贝瑞基因科技服务

2024年12月5日


抗生素的发现是20世纪医学史上最辉煌的成就之一。然而,随着抗生素大量和无序使用,抗生素耐药问题则已成为21世纪人类不得不面对的严峻挑战。抗生素耐药问题不仅是困扰临床的一大难题,“超级耐药细菌”的不断出现更是引起公众的极大恐慌,成为全球普遍关注的公共生物安全问题。从遗传学角度,耐药性的产生是细菌为应对环境变化,尤其是抗生素选择压力下进化的产物。

中山大学中山医学院杨建荣教授作为通讯作者于2024年及2022年分别在国际著名期刊Lancet Microbe(IF=20.9)和Molecular Biology and Evolution(IF=11)上发表论文[1,2],结合二、三代高通量测序技术对耐药基因进行深入研究,为临床抗生素耐药性防控提供有力支撑。

本次贝瑞基因特别邀请到杨建荣教授,于2024年12月12日10: 00-11: 30分享“对抗菌素耐药基因点突变表型效应的全覆盖高通量测定与进化预测”主题报告。本次讲座将针对较为简单却普遍的单基因耐药性现象,从以下两个角度展开讨论:

一、是否能通过高通量地测定大量耐药基因突变体表型(耐药能力)的方法,实现对耐药基因进化方向/路径的预测?

二、是否/在什么条件下能借助进化的力量使耐药基因迅速消失,从而实现耐药性进化的逆转?

在参加线上研讨会之前,让我们先结合杨建荣教授发表的论文,一起学习一下吧~


2024年6月发表于微生物领域国际著名期刊Lancet Microbe(IF=20.9)的“Assessment of the reversibility of resistance in the absence of antibiotics and its relationship with the resistance gene’s fitness cost: a genetic study with mcr-1[1]”研究论文,聚焦多粘菌素耐药基因mcr-1,首次提出假说:当细菌耐药基因同时符合两大条件时,禁抗策略将能有效降低耐药性的传播。这两大条件包括:1)耐药基因具有强适应性代价;2)耐药基因近端突变体中不含(或少见)保留耐药性且适应性代价低的突变体(costless-resistant variants)。

该研究阐明在没有多粘菌素抗性选择压力下mcr-1流行率会下降,且可以基于群体遗传学模型估算mcr-1流行率下降的速率。同时,该研究还揭示当耐药基因具有较高且无法被简单突变消除的适应性代价时,可以通过限制相应抗生素的使用来控制甚至逆转耐药性。该论文研究结果为遏制耐药性的传播及相关政策的制定提供了新思路。贝瑞基因为本研究提供三代PacBio测序服务。

图1 mcr-1基因大规模突变扫描的工作流程[1]




2022年5月发表于Molecular Biology and Evolution(IF=11)的“Prediction of Antibiotic Resistance Evolution by Growth Measurement of All Proximal Mutants of Beta-Lactamase[2]“研究论文,以临床广泛流行的超广谱β-内酰胺酶耐药基因blaCTX-M为研究模型,构建了包含blaCTX-M所有单点突变基因型的大肠杆菌克隆文库,结合高通量测序和神经网络模型实现了对耐药基因进化的溯源和前瞻性预测。

研究团队开发的高通量平台可用于精准预测抗生素耐药基因的进化轨迹、辅助抗菌药物设计和指导药物使用,为临床抗生素耐药性防控提供有力支撑

图2 评估blaCTX-M-14基因型和细菌生长速度之间关系的实验工作流程[2]


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关于贝瑞基因

贝瑞基因始终致力于从科研、产品、硬件三大维度不断深化对于三代测序的布局。目前,公司拥有21台PacBio Sequell/lle 和 5台Revio,下机Cell数超过12000,完成了15000多例样本的提取,积累了覆盖人、动植物、水产、昆虫等数百个物种的测序和分析经验。同时,贝瑞基因已和3000+高校、科研院所和医院建立了合作,助力多领域科研人员发表论文1600+篇,影响因子累积超过8000分。发表的项目文章涉及基因组组装、单细胞、转录组、甲基化等研究领域,多次发表在Nature、Nature Genetics、Nature Communications、Cell Research、Nature Methods、Nature Metabolism、Advanced Science等国际著名学术期刊。



参考文章

[1] Guo Z ,Feng S ,Liang L , et al.Assessment of the reversibility of resistance in the absence of antibiotics and its relationship with the resistance gene's fitness cost: a genetic study with mcr-1.[J].Lancet Microbe,2024,5(8):100846-100846.

[2] Feng S, Wu Z, Liang W , et al. Prediction of Antibiotic Resistance Evolution by Growth Measurement of All Proximal Mutants of Beta-Lactamase.[J].Molecular Biology and Evolution. 2022,39(5):msac086.


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