自治旗为内蒙古自治区特有的民族自治地方，行政地位相当于旗，为县级行政区，但是旗的主要少数民族是蒙古族，而自治旗是非蒙古族的少数民族。目前，我国有三个自治旗，均位于呼伦贝尔市，分别为鄂伦春自治旗、鄂温克族自治旗和莫力达瓦达斡尔族自治旗。
莫力达瓦达斡尔族自治旗成立于1958年8月15日，是全区三个少数民族自治旗之一。莫旗地处内蒙古东北部，大兴安岭东南麓，嫩江西岸，大兴安岭与松嫩平原交汇地带。东隔嫩江与黑龙江省讷河市、嫩江县相望，西南与黑龙江省甘南县毗邻，北面和西北分别与鄂伦春旗，阿荣旗接壤。位于呼伦贝尔市最东部、大兴安岭东麓中段、嫩江西岸。现有国土面积约1.04万平方公里。全境南北长203.2公里，东西长125公里，北与鄂伦春自治旗接壤，西、南与阿荣旗、黑龙江省甘南县为邻，东与黑龙江省讷河市、嫩江县隔江相望。面积约1.1万平方公里，属中温带大陆性的季风气候，无霜期平均115天，平均气温1.3℃。平均降水量在400—500毫米之间。该旗辖17个乡镇、220个行政村、13个居委会，总人口32万人。全旗总人口314584人，其中非农业人口63627人，非农业人口约占总人口的20.2%。全旗有17个民族，主体民族是达斡尔族，有人口30497人，占总人口的9%。汉族252619人，占总人口的80.3%；鄂伦春自治旗成立于1951年，是我国最早成立的少数民族自治旗。鄂伦春自治旗位于呼伦贝尔市东北部，大兴安岭南麓，嫩江西岸，北纬48°50′～51°25′，东经121°55′～126°10′之间。北与黑龙江省呼玛县以伊勒呼里山为界，东与黑龙江省嫩江县隔江相望，南与莫力达瓦达斡尔族自治旗、阿荣旗接攘，西与根河市、牙克石市为邻。全旗总面积59880平方公里。是呼伦贝尔市面积最大的旗（市）。地处呼伦贝尔市东北部，大兴安岭东南麓。自治旗境内居住着鄂伦春、蒙古、达斡尔、鄂温克、汉、回、满、朝鲜等23个民族，总人口28万人，其中鄂伦春族2754人。鄂伦春自治旗下辖8镇2乡：阿里河镇、大杨树镇、吉文镇、甘河镇、克一河镇、乌鲁布铁镇、诺敏镇、宜里镇、托扎敏乡、古里乡，82个行政村，其中5个猎区乡镇，7个鄂伦春族猎民村。境内还驻有内蒙古大兴安岭林管局所属的6个林业局、大兴安岭农场局及所属6个国营农场、黑龙江省大兴安岭农工商联合公司、大兴安岭面粉厂。在自治旗境内还设有黑龙江省大兴安岭地委、行署、林管局和加格达奇、松岭两区，加松两地（面积为18910平方公里）占自治旗面积的1/3。鄂温克族自治旗位于内蒙古自治区东北部，呼伦贝尔大草原南端，滨洲铁路海拉尔站南侧，东街大兴安岭脊梁为界。地理坐标北纬47°32′50″——49°15′37″，东经118°48′02″——121°09′25″。东与牙克石市接壤，南同扎兰屯市、兴安盟的科右前旗交界，西和新巴尔虎左旗为邻，北邻海拉尔区、陈巴尔虎旗。旗域如下垂的枫叶状，北缘自海拉尔市断桥距南端的伊和高古达山178.75公里，东部界山伊和布德尔距西部辉河流向北湾处173.25公里。全旗土地总面积为19111平方公里。自治旗地处大兴安岭山地西北坡，处于大兴安岭山地向呼伦贝尔平原的过渡地段，地势由东南向西北倾斜。平均海拔高度800——1000米。最高点是东南部山地的伊和高古达山，海拔1706.6米，最低处在伊敏河谷地，海拔602米.自治旗气候属中温带大陆性季风气候，冬季漫长寒冷，夏季温和短促，降水较集中。年平均气温在-2.4~-2.2℃之间，年平均降水量为350毫米左右。全年无霜期平均在100-120天左右。鄂温克族自治旗是鄂温克族实行区域自治的县级自治地方。全旗辖巴彦托海、伊敏河、红花尔基3个镇，辉、伊敏、 巴彦嵯岗、锡尼河东、锡尼河西5个苏木，大雁矿区和巴彦塔拉达斡尔民族乡。巴彦托海镇是旗党政机关驻地，也是全旗政治、经济、文化的中心。
