人们认为，血液灌流是足够独特的，值得它自己的并发症表；然而，所有RRT类型都有许多并发症。
1、血管通路并发症：所有的肾脏替代治疗都需要某种形式的血管通路。
无论是瘘管还是血管导管，都存在风险：出血、血管损伤、血流或局部感染、空气栓塞
2、溶血并发症:所有的肾脏替代治疗过滤器都倾向于吞噬红细胞，但对于血液灌流过滤器来说，这个问题更加严重。一定程度的溶血是可以预料到的。
3、血小板减少症：滤筒中细胞血液成分的消耗是显著的，但血小板受到的影响最大。
4、炎症反应：血液灌流膜是一种促炎表面。现代膜有了很大的改进，但仍可预期会有一些炎症反应（特别是补体激活）。除了破裂红细胞的促炎作用外，由于滤筒栓塞，还存在广泛炎症的风险。
5、因回路丢失导致的失血：如果灌注滤筒发生凝血，就像任何其他透析回路一样，整个滤筒都会被丢弃。灌注滤筒可能稍大一些，因此失血量可能会稍大一些。
6、低体温：由于通过回路进行热交换而导致的核心体温下降是通过类似的机制发生的。就像在连续性静脉-静脉血液透析滤过中一样，人可以被血液灌流回路冷却。
7、缺氧：补体激活和炎症机制导致一氧化氮合酶活性增加，这与缺氧性肺血管收缩的正常机制相抵触。分流增加；因此缺氧随之发生。
8、电解质紊乱：活性炭通常不会引起任何类型的电解质变化，但大孔树脂可以从血液中去除磷酸钙和钾。
9、因吸附有用分子导致的营养不良：所有亲脂性分子都会被吸附，因此最终会错过全胃肠外营养中的脂肪酸、脂溶性维生素 A、D、E 和 K 或膳食胆固醇。在最初的一个小时左右，葡萄糖和钙水平可能会下降（即使是使用活性炭血液灌流）。
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