SmartMat |研究论文:通过机器学习和毒物动力学模型的联合利用来评估纳米颗粒在水生生物中的可比生物浓度潜力

学术   科技   2024-09-10 09:30   天津  
SmartMat

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文章信息

Shipeng Dong,  Zihao Wu,  Mingjie Wang,  Xiaoyan Sun,  Liang Mao. Assessing comparable bioconcentration potentials for nanoparticles in aquatic organisms via combined utilization of machine learning and toxicokinetic models

SmartMat. 2023; 4:e1155.

https://doi.org/10.1002/smm2.1155

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文章简介




毒物动力学(TK)模型衍生的动力学生物浓度因子(BCFk)提供了一个定量的可比指标来估计纳米颗粒(NPs)在水生生物中几乎没有达到热力学平衡的生物积累潜力,但实验数据对各种NPs有限。在本研究中,应用机器学习模型为不同NPs的动态体负荷提供可靠的计算机预测,并为TK模型推导相应的参数。开发的eXtreme Gradient Boosting衍生TK (XGB‐TK)模型用于预测大范围金属或碳质NPs的BCF-k结果,预测R2为0.96。BCFk值是基于所选变量特征的随机组合来预测的,揭示了它们的生物积累潜力与NP密度或生物体大小总体呈负相关。通过重要性分析和部分依赖图,揭示了NP密度和生物大小是影响生物蓄积潜力的最重要特征。联合使用的XGB-TK模型可以对不同的NPs进行先验比较,并直接推导出特征的依赖关系,这也可以指导生物积累机制的探索和实验条件的制定。














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图文导读





图 1. 机器学习模型的性能。极端梯度增强模型直接预测(A)体负荷或(B)瞬时浓度因子(BCFi)的准确性和稳定性。虚线斜率为1。





图 2. (A)从极端梯度增强模型得到的描述符的重要性分数。不同颜色的柱分别代表纳米颗粒参数(黄色)、生物特征(绿色)和实验条件(蓝色)。(B)随着最重要描述符数量的减少而训练的模型预测精度的比较。(C)部分依赖图(PDP),说明预测结果与暴露时间的非线性关系。






图 3. 极端梯度增强(XGBoost)衍生的毒性动力学模型(XGB-TK)对四种已知暴露与纳米颗粒(NPs)和测试生物的不同组合的预测性能:(A)多壁碳纳米管和Daphniamagna, (B) FLG和Danio rerio, (C) ZnO NP和Daphniamagna, (D) Cu NP和Artemia salina。点表示XGBoost预测的生物浓度(Ct),线表示一级动力学模型的拟合曲线。从训练数据集中删除红点和红线作为测试数据集。(E)在训练和测试数据集阶段用XGB-TK模型预测动力学生物浓度因子(BCFk)。从实际测量中获得的生物积累数据也适用于TK模型,以获得报告数据集的BCKk。






图 4. 纳米粒子(NPs)和生物体的每种组合的预测结果摘要。一个随机的特征组合被分配作为输入来运行预测,每个组合有三个重复。根据体型大小将生物物种分配到x轴上。NPs按密度排列。


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作者简介


毛亮南京大学环境学院教授、博士生导师,国家杰出青年科学基金获得者、国家高层次人才特殊支持计划拔尖人才。担任《National Science Open》地球与环境科学副主编、《中国化学快报》青年编委、中国环境科学学会POPs专委会委员、中国毒理学会青年委员会委员。主要研究领域为应用放射化学方法研究污染物的环境过程及机制,包括放射性核素分析平台的搭建、放射性核素的环境行为和生态风险以及利用同位素标记技术研究污染物在生殖系统的迁移转化过程和相关毒理机制





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